Fördjupad mikrobiologisk information 2017

Redovisningen är en komplettering till de årsrapporter av anmälningspliktiga smittsamma sjukdomar 2017 som Folkhälsomyndigheten publicerat. I avsnittet presenteras kortfattat aktuella resultat från de mikrobiella och immunologiska övervakningsprogrammen samt valda delar av diagnostik och studier som utförs på myndigheten. Grundläggande information om de nationella mikrobiella övervakningsprogrammen och diagnostik samt övriga mikrobiologiska analyser finns tillgängliga på myndigheten under Mikrobiologi & laboratorieanalyser.

Campylobacterinfektion 2017

Campylobacter ingår sedan 2017 i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram där insamling av isolat sker två gånger per år, vecka 11 och vecka 34, av isolat från personer rapporterade som smittade i Sverige. Under 2017 var målet att även jämföra med Livsmedelsverkets campylobacterisolat från kyckling som insamlades under året, för att identifiera vilken typ av kyckling som har störst påverkan på humanhälsan.

Vecka 11, under utbrottsperioden, var majoriteten av alla typade isolat av typen ST-918. Isolaten var dessutom genetiskt mycket lika/oskiljbara och har därmed ett i tiden nära gemensamt ursprung. I jämförelse mot Livsmedelsverkets isolat visade det sig att de klustrade med isolat från en stor producents produkter. Under insamlingsvecka 34, vilket normalt är högsäsong för campylobacterinfektion, identifierades fortfarande utbrottstammen (ST-918) och utgjorde dessutom det största klustret. Sammantaget visade den jämförande kartläggningen att typning av campylobacterisolat från patienter och kycklingkött i butik ger utförlig information om förekomst, spridningsvägar samt kopplingar till sjukdomsfall och utbrott. Denna typ av kunskap kan användas för riktade åtgärder som gör kyckling till ett säkrare livsmedel och därmed minskar antalet campylobacterinfektioner i befolkningen.

För mer information se även separata rapporter rörande typningsresultaten.

Årsrapport campylobacter 2017

Clostridioides difficile-infektion 2017

C. difficile ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2017 typades totalt 554 C. difficile-isolat (n=392 för 2016 och n=413 för 2015). De 15 vanligaste typerna utgjorde cirka 70 procent av samtliga isolat – en siffra som varit relativt stabil de senaste åren. Totalt 96 typer identifierades och typ 014, 020 och 002 var vanligast (figur 1).

Figur 1. Förekomst av de 15 vanligaste C. difficile-typerna i Sverige 2014–2017. Data är sorterade i fallande ordning efter deras relativa andel 2017.

Typdistributionen per åldersgrupp, mellan kön och mellan öppen- eller slutenvård visade inga eller små skillnader. En tendens till olika typfördelning kunde ses för åldersgrupperna under respektive över 64 års ålder (P =0,05, chi2-test). Analysen kräver sannolikt minst två års data för upptäcka eventuella mönster i typfördelning avseende ovan variabler.

De utbrottsbenägna typerna har tidigare år utgjorts av PCR ribotyperna 012, 017, 027, 046 och 231. Jämfört med åren 2012–2014 hittades få av dessa typer 2017. Ett mindre utbrott av typ 027 resistent mot tre testade indikatorantibiotika (moxifloxacin, eytromycin och klindamycin) identifierades i Gävle (figur 2). Typ 027 resistent mot alla tre antibiotika påvisades också i Örebro, Sundsvall och Skövde (ett isolat vardera).

Av övriga isolat som var resistenta mot ovan antibiotika identifierades tre isolat av typ 046 (i Stockholm, Visby respektive Trollhättan), två isolat av typ 012 (Uppsala), ett isolat av 017 (Trollhättan) och ett isolat av typ 231 (Uppsala). Tre isolat av typ 001 resistent mot två eller tre av ovan nämnda antibiotika hittades i Sundsvall. Inget isolat var resistent mot behandlingsalternativen metronidazol eller vankomycin.

Mer information om antibiotikaresistens presenteras i Swedres 2017.

Figur 2. Andelen C. difficile-isolat resistenta mot indikatorantibiotika moxifloxacin, erytromycin och klindamycin per län 2017.

Årsrapport Clostridium difficile 2017

Difteri 2017

År 2017 testades 16 isolat av korynebakterier vid Folkhälsomyndigheten för förekomst av toxin-gen med PCR respektive toxinbildning med immunoprecipitation (Elek) och i fyra isolat kunde toxinbildning påvisas: två isolat var C. diphtheriae och två C. ulcerans.

Laboratoriernas val av diagnostiska metoder spelar stor roll för detektion av korynebakterier. Vid övergång till nyare metoder, såsom MALDI-TOF, påvisas ett bredare spektrum av agens i provmaterialet vilket kan påverka i vilken utsträckning korynebakterier påträffas.

Årsrapport difteri 2017

Ehec 2017

Ehec ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2017 utfördes typning på 274 isolat från 271 fall, två inhemska och ett utlandssmittat fall bar på en dubbelinfektion. Av totalt 504 anmälda fall typades 64 procent av de inhemska och 40 procent av de utlandssmittade fallen (figur 3 och 4). Vad skillnaden i isoleringsfrekvens mellan inhemska och utlandssmittade fall beror på är inte klarlagt. En orsak kan vara att olika län har olika rutiner för när isoleringsförsök görs av PCR-positiva prover. De två vanligast förekommande serotyperna för både inhemska och utlandssmittade fall var O26:H11 och O157:H7 (figur 3 och 4). Totalt identifierades 20 varianter av subtyper av shigatoxingener (stx), de två vanligaste var stx1a och stx2a (figur 5).

Vissa serotyper är vanligast hos personer som rapporterats smittade i Sverige och andra ses nästan enbart hos fall smittade utomlands. Liksom tidigare år detekterades serotypen O111:H8 enbart hos utlandsresenärer och O121:H19 enbart hos fall smittade i Sverige (figur 3 och 4). Serotypen O121:H19 bär nästan uteslutande på subtypen stx2a och är kopplad till HUS. Under 2017 detekterades för första gången sedan 2005 ett fall med den mycket ovanliga kombinationen stx1a + stx2a. Fallet hade koppling till lantgård.

Figur 3. Fördelning av antalet isolat från smittade i Sverige uppdelat efter typningsresultat under 2017 (n=190). Kategorin "Övriga serotyper" inkluderar serotyper med 1–5 isolat per serotyp.

Figur 4. Fördelning av antalet isolat från utlandssmittade uppdelat efter typningsresultat under 2017 (n=81). Kategorin "Övriga serotyper" inkluderar serotyper med 1–2 isolat per serotyp.

Figur 5. Fördelning av shigatoxinsubtyper för samtliga isolat som inkommit till Folkhälsomyndigheten för serotypning under 2017 (n=274). Kategorin "Övriga sxt-subtyper" inkluderar sxt-subtyper med 1–10 isolat per serotyp.

Inom en serotyp kan kombinationen av stx-gener skilja för typer som isoleras från fall smittade i Sverige och utomlands. För O157:H7 finns tydliga skillnader, till exempel den inhemska varianten klad 8 som antingen bär på stx2a eller kombinationen stx2a+stx2c (figur 6). O157:H7 klad 8 bär på en specifik mutation och är mer virulent än andra serotyper. Den förekommer endast hos fall smittade i Sverige och är vanligt förekommande hos svenska nötkreatur.

Figur 6. Fördelning av shigatoxinsubtyper/kombinationer hos O157:H7 för fall smittade i Sverige och utomlands 2017.

Hemolytiskt uremiskt syndrom (HUS) är en allvarlig komplikation som drabbat cirka tre procent av fallen de senaste två åren. Det är framför allt barn under fem år och äldre som drabbas. Tidigare erfarenheter pekar på att det i stort sett enbart är subtyper hos stx2 som är förknippade med HUS, då framför allt subtyperna stx2a eller stx2a + stx2c. Under 2017 anmäldes 18 fall av HUS varav hälften kunde serotypas (tabell 1). Majoriteten typades till O157:H7 klad 8, två av dessa fall tillhörde ett utbrott (se fördjupad information om utbrott). Två fall typades till O113:H4 med stx-subtyper som inte vanligtvis förknippas med HUS. Fallen för 2017 stärker bilden av att stx2 och framförallt stx2a, men även kombinationen stx2a + stx2c är kopplad till HUS.

Allt fler kliniska laboratorier går över till multiplexa PCR-paneler för analys av fecesprover, vilket innebär att ehec blir en del av analyspaketet. Detta betyder att fler prover analyseras för ehec än tidigare. För majoriteten av Sveriges län/regioner har man tidigare antingen aktivt begärt en ehec-analys, alternativt haft en screeningsstrategi där till exempel alla barn upp till en viss ålder screenas. Denna nya analysstrategi med multiplexa PCR-paneler kommer att leda till att fler ehec-fall upptäcks. Ökningen kommer troligtvis bli störst i regioner där man sedan tidigare inte haft någon form av screening för ehec. Som exempel kan nämnas region Örebro där antalet fall ökat markant sedan multiplex PCR-panelen på feces infördes i juni 2017. Tidigare utfördes ehec-analys enbart på specifik begäran. Antalet anmälda ehec-fall de senaste fem åren har i regionen legat på mellan 0–5 fall årligen men för 2017 har 40 fall anmälts.

Under 2017 infördes nya rutiner för smittskyddsåtgärder för ehec där åtgärderna skiljer sig beroende på shigatoxintyp (Läkartidningen 33-34/2017). Därmed är det viktigt att multiplexa PCR paneler kan separera stx1 från stx2 i PCR-analysen.

Årsrapport ehec 2017

Enterovirus (Enterovirus-meningoencefaliter) 2017

Övervakning av enterovirus ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram för polio. Typning utfördes för 206 prover från 195 patienter under 2017. Av dessa kom 131 prover från patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit (64 procent).

Bland alla prover som typades var de fem vanligast förkommande enterovirustyperna under 2017 Echovirus 30 (E-30) (16 procent), Enterovirus B (HEV-B) serotyp Coxsackievirus -B5 (CV-B5) (14 procent), E-6 (nio procent), E-18 (sju procent) och Enterovirus A, serotyp Coxsackievirus-A6 (CV-A6) (sex procent) (figur 7).

Figur 7. De fem vanligast förekommande enterovirustyperna 2017 jämfört med åren 2011–2016.

Fördelningen av serotyper visade liten variation beroende av vilket provmaterial som analyserades: E-30 var den vanligast förekommande serotypen i både likvorprover och avföringsprover/isolat (19 procent respektive 16 procent) följt av CV-B5 (18 procent respektive 11 procent). I likvorprover påvisades det utöver E-30 även E-6 (elva procent), E-9 (sju procent) och E-18 (sex procent). I avföringsprover/isolat var serotyperna CV-A6 (10 procent), E-6 (åtta procent) och E-18 (åtta procent) bland de fem vanligast förekommande serotyperna.

Årsrapport viral meningoencefalit 2017

Karbapenemasproducerande Enterobacteriaceae (ESBL_CARBA) 2017

ESBL_CARBA ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2017 utfördes helgenomsekvensering på alla isolat från fall rapporterade i SmiNet. Den vanligaste arten av karbapenemasproducerande Enterobacteriaceae var E. coli (60 procent) följt av K. pneumoniae (33 procent, figur 8). ESBL_CARBA-producerande gener har även hittats hos flera andra arter inom Enterobacteriaceae-familjen. Den dominerande enzymtypen under 2017 var OXA-48, i de flesta fall tillsammans med CTX-M (= ESBLA). För fall smittade i Sverige var det nästan lika många fall som bar på bakterier med enzymtyperna OXA-48 och NDM (17 respektive 15 fall).

Figur 8. Antalet isolat av ESBL_CARBA-producerande E. coli, K. pneumoniae och övriga arter inom familjen Enterobacteriaceae 2012–2017. En fördelning av enzymtyper inom respektive art och år visas i stapeldiagrammet.

Tabell 2 visar fördelningen av de olika subtyperna av ESBL_CARBA-gener. För OXA-48-gruppen var OXA-48 vanligast följt av OXA-244. För NDM-gruppen var NDM-5 vanligast. Isolat med ESBL_CARBA bär ofta många andra resistensgener, vilket ger väldigt få alternativ för antibiotikabehandling.

Förutom helgenomsekvensering utfördes även fenotypisk resistensbestämning av alla ESBL_CARBA-isolat (tabell 3). Resistens mot imipenem och meropenem var högre bland KPC- eller MBL-positiva isolat jämfört med OXA-48-positiva isolat. En majoritet av E. coli-isolaten var känsliga för nitrofurantoin; tre procent av KPC-MBL-positiva isolaten och 7 procent av OXA-48-positiva isolaten var resistenta.

1) Gradient test
2) Beräknat på tre P. mirabilis isolat
3) Endast brytpunkter för E. coli är validerade enligt EUCAST

Årsrapport ESBLcarba 2017

Gonorréinfektion 2017

I nämnardatainsamlingen för N. gonorrhoeae ingår det att rapportera antalet provtagna personer och/eller antalet genomförda diagnostiska tester.
För 2017 rapporterades provtagningsdata för 13 av 20 län (Blekinge och Kronobergs län rapporterar tillsammans) och 11 av dessa 13 län analyserades för perioden 2015–2017. Provtagningsfrekvensen ökade med cirka 3 procent mellan 2016 och 2017 (figur 9) och den kraftiga incidensökningen 2017 (42 procent) kan sannolikt inte förklaras av en ökad provtagning.

Figur 9. Provtagningsfrekvensen av N. gonorrhoeae per län.*

* Endast 11 län visas på grund av delvis saknad information för åren 2015–2017. Karolinska sjukhusets laboratorium (KS) rapporterade antalet tester men de övriga laboratorierna rapporterade antalet testade personer vilket gör att KS inte är direkt jämförbart med övriga.

Andelen positiva personer eller prover var i genomsnitt cirka 0,3 procent för de län som rapporterar över 1 000 prover per 100 000 invånare. Stockholms län avvek med en högre andel positiva prover eller andel positiva personer (3 och 7 procent för KS respektive Unilabs 2017). Dessutom testades män i högre utsträckning i Stockholms län jämfört med övriga län.

Andelen stammar resistenta mot ciprofloxacin var fortsatt hög 2017 medan resistensnivån mot övriga behandlande antibiotika var stabil eller sjunkande. För mer detaljerad information om antibiotikaresistensutveckling hos gonorré se Swedres 2017.

Årsrapport gonorré 2017

Hepatit A 2017

Hepatit A ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Av de 73 fall av hepatit A som typades under 2017 utgjordes 59 procent av subgenotyp IA, 34 procent av IB och 7 procent av IIIA (tabell 4).

* Fastställt med sekvensering

Av de totalt 43 fallen med subgenotyp IA som sekvenserats 2017, tillhörde 26 fall något av de tre utbrottsklustren; V16-25801, HAV-RIVM-16-090 och VRD-521_2016 (figur 10 samt Utbrott 2017 tabell 1). Merparten av dessa var smittade utomlands.

Figur 10. Fylogenetiskt träd- Hepatit A (PDF, 141 kB)

Årsrapport hepatit A 2017

Hepatit B 2017

Folkhälsomyndigheten har bedrivit en molekylär övervakningsstudie sedan 2013 där prover från hepatit B-fall med akut infektion analyserats för att undersöka släktskap mellan virusstammar som cirkulerar. År 2017 genotypades 46 prover från 77 av de rapporterade fallen av akut hepatit B infektion (figur 11).

Genotypfördelningen var: genotyp D (57 procent), genotyp A (13 procent), genotyp C (13 procent), genotyp B (6 procent), genotyp F (9 procent) och genotyp E (2 procent). Bland de genotypade proverna identifierades tre kluster. Det största klustret var sex närbesläktade fall varav fem uppgavs vara smittade i Thailand. Det näst största klustret var fem fall som var närbesläktade med 83 fall som genotypades under 2014–2016 och då främst sågs bland personer som injicerar droger vilket talar för en fortgående smittspridning. Tre närbesläktad fall av genotyp F upptäcktes bland män som har sex med män i Stockholm vilket belyser vikten av vaccination i gruppen.

I ett prov från en icke HBV-vaccinerad person, påvisades två mutationer (D144A och G145A) som studier visat som möjliga vaccine escape-mutationer för HBV-vaccin. Inga mutationer som orsakar antiviral resistens påvisades hos de analyserade stammarna.

Figur 11. Fylogenetiskt träd av hepatit B. (PDF, 126 kB)

Årsrapport hepatit B 2017

Influensa 2016–2017

Influensa ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Viruskarakteriseringen av 240 prover från sentinelprovtagningen och från laboratorier i landet visade att de flesta A(H1N1)pdm09- A(H3N2)- och B/Victoria-stammarna tillhörde genetiska grupper där majoriteten har visat sig var antigeniskt lika de stammar som ingick i det trivalenta säsongsinfluensavaccinet, eller det fyrvalenta vaccinet (B/Yamagata). Dock hade vaccinstammen för A(H3N2) som odlades upp i ägg vissa mutationer som medförde att vaccinkomponenten för denna influensatyp inte gav lika bra skydd som förväntat. Vid analys av cirkulerande influensastammar påvisades att andelen vaccinationsgenombrott (d v s patienter som fått laboratoriebekräftad influensa trots vaccination) ökade inom sentinelprovtagningen när andelen cirkulerande A(H3N2)-stammar med mutation T135K ökade i slutet av december. Inom sentinelprovtagning var 28 procent av patienterna med känd vaccinationsstatus med laboratoriebekräftad influensa vaccinerade. Dessa hade en medianålder på 74 år.

Ingen resistens mot neuraminidashämmarna oseltamivir och zanamivir har påvisats bland de 266 virusstammarna som analyserats.

Fullständig rapport Influenza in Sweden – Season 2016–2017

Årsrapport influensa 2017

Invasiv infektion med Haemophilus influenzae 2017

Hi som orsakar invasiv infektion ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Insamling av invasiva Hi-isolat sker från barn under fem år sker kontinuerligt och ungefär var femte år samlas isolat från samtliga fall av invasiva Hi infektioner in (senaste gjordes detta 2016). Av de 15 fall hos barn yngre än fem år 2017 orsakades 11 fall av icke typbar Hi (NTHi), 2 fall av serotyp a, 1 fall av serotyp b och 1 fall av serotyp f. Barnet med infektion orsakad av Hi serotyp b (Hib) var vaccinerat mot Hib.

Årsrapport iHi 2017

Invasiva infektioner med grupp A streptokocker (iGAS) 2017–2018

I Folkhälsomyndighetens nationella mikrobiella övervakningsprogram ingår en årlig karaktärisering med emm-typning av de isolat som skickats till Folkhälsomyndigheten provtagna under perioden februari-april. (Typningarna har antingen utförts på Folkhälsomyndigheten, eller för Skånes del lokalt. Utöver typningar av isolat från fall provtagna februari-april 2018 finns typningsresultat registrerade i SmiNet för ytterligare 99 av säsongens fall. Det är framförallt Gävleborgs län och Region Skåne som valt att låta typa isolat provtagna över hela året) Under säsongen 2017-2018 rapporterades 328 av säsongens 800 fall under denna period och 285 isolat (87 procent) typades, vilket är jämförbart med andelen typade samma period föregående säsong (85 procent). Bland de 285 isolaten identifierades 28 olika emm-typer varav de sex vanligaste typerna återfanns hos 82 procent av isolaten (figur 10).

Typen emm1 utgjorde 47,7 procent (n=136/285) av alla typade isolat provtagna februari-april, vilket är jämförbart med motsvarande period 2017 (46,0 procent, n=81/176) och med den tidigare rekordsäsongen 2013 (47,6 procent, n= 130/273). Åren däremellan utgjorde andelen emm1 omkring 30 procent under samma period. Den höga incidensen 2013 visades korrelera med en då ökad förekomst av emm1-isolat, vilket övervakades kontinuerligt med typning av inskickade isolat under hela säsongen. Förmodligen bidrar emm1 till den högre incidensen både säsongen 2017-2018 och 2016-2017. Antalet anmälda fall under perioden februari-april 2018 är dock 60 procent högre än den under samma period 2017, trots att andelen emm1-isolat i stort sett var lika. Typ emm1 har tidigare visats vara vanligare vid mer allvarliga iGAS-infektioner och det noteras också då typningsinformation kopplas till de kliniska anmälningarna. Av de 22 fall av STSS som anmäldes under februari-april var 17/20 isolat (85 procent) emm1. Under samma period anmäldes 17 fall av NF och bland dem var 14/16 (88 procent) emm1. Bland de 43 patienter som avled inom 30 dagar efter att infektionen inträffat (under februari-april) var 22/40 (55 procent) typade isolat emm1. Dödligheten under februari-april var totalt 13 procent (medianålder 80 år, spridning 0-96 år). Motsvarande dödlighet vid STSS var 18 procent (4 fall) och vid NF 12 procent (2 fall) och isolaten från de 6 patienterna typades till emm1.

Undantaget typ emm1 sågs inga direkta förändringar i trend för de övriga vanligaste förekommande typerna emm28, 89, 3, 12 och 4, som varit de vanligaste under februari-mars de senaste sju åren (figur 10).

Figur 10. Fördelning av emm-typer för typade iGAS-isolat identifierade under februari-april 2012-2018.

Geografisk fördelning av emm-typer över landet

Förekomsten av emm1 bland de typade isolaten provtagna februari-april, var signifikant snedfördelad över landet (Fishers test, P <0,001). De återfanns bland isolat från alla län bortsett från Jämtland, Västerbotten och Dalarna. Särskilt hög förekomst av emm1 noterades i Västra Götaland (30/45), Södermanland (11/14) och Jönköping (8/12) (figur 11). Även emm3 var signifikant snedfördelad över landet (P=0,011) och var framförallt vanligare i Jämtland (5/8) och Östergötland (4/14), men saknades bland typade isolat från 14 län/regioner. Den geografiska anhopningen av specifika emm-typer varierar i frekvens över åren. Orsaken till detta är inte klarlagt men immunitet mot specifika typer hos befolkningen tros vara en bidragande orsak.

Figur 11. Fördelning av de 6 vanligaste emm-typerna per län under perioden februari-april 2018 redovisade som antal isolat. Övriga län avser dem med 7 eller färre typade isolat under samma period.

Fördelning av emm-typer bland kön och i åldersgrupper

Det fanns ingen skillnad mellan kvinnor och män avseende fördelning av typer bland isolat provtagna februari-april. Inte heller fanns det någon skillnad mellan åldersgrupper.

Årsrapport 2017-2018

Invasiv meningokockinfektion 2017

Invasiv meningokockinfektion ingår i myndighetens mikrobiella övervakningsprogram och typning utförs på nationella referenslaboratoriet för Neisseria meningitidis vid Universitetssjukhuset Örebro. Av de totalt 49 fallen odlingsverifierades 43 fall, ytterligare tre fall diagnostiserades och typades med PCR-teknik. För tre fall utfördes ingen vidare typning då proverna inte skickades till det nationella referenslaboratoriet.

Grupp W var den vanligaste gruppen med 16 fall, därefter följde grupp Y med 14 fall, grupp C åtta fall, grupp B sju fall, samt ett fall av grupperna W/Y (figur 12). Gruppen förblev okänd för tre fall. De flesta av grupp W-stammarna (n=15) hörde till W:P1.5,2:F1-1:ST-11 (cc11). Bland grupp Y-stammarna var Y:P1.5-2,10-1:F4-1:ST-23 (cc23) vanligast (n=6). Av personer som avled i sjukdomen hade fem grupp W-infektion, två grupp Y, en grupp C och en grupp B-infektion. För en var gruppen okänd.

Figur 12. Incidens (fall per 100 000 invånare) av invasiv meningokockinfektion per grupp 2008–2017.

MIC-bestämning med Etest utfördes på alla odlingsverifierade meningokockisolat. Nedsatt känslighet för penicillin G (MIC > 0,064 mg/l) sågs i 6 fall (14 procent) vilket är en minskning jämfört med föregående år (30 procent). I övrigt var alla isolat känsliga för de antibiotika som kommer ifråga för behandling av och profylax mot meningokockinfektion. Inga β-laktamasproducerande meningokocker har ännu identifierats i Sverige. Vid behov kan nedsatt känslighet mot penicillin G undersökas även hos odlingsnegativa prover med hjälp av PCR-teknik och sekvensering av penA genen. Denna analys utförs då vid det nationella referenslaboratoriet.

Årsrapport invasiv meningokockinfektion 2017

Invasiv pneumokockinfektion 2017

Invasiva pneumokocker ingår i Folkhälsomyndighetens övervakningsprogram. År 2017 utfördes mikrobiologisk typning för isolat från ca 97 procent av fallen. De vanligaste serotyperna var i fallande ordning typ 3 (15 procent), 22F (10 procent), 19A (9 procent), 8 (8 procent), 9N och 6C och 12F (5 procent var).

Av alla typade isolat tillhörde 30 procent de som ingår i det 13-valenta vaccinet. Av isolat från fall i åldrarna 65 år och äldre tillhörde 29 procent serotyper som ingår i det 13-valenta vaccinet och 65 procent serotyper som ingår i det 23-valenta polysackaridvaccinet.

Serotyper som orsakar invasiva infektioner hos barn under två år har varierat från år till år och inga klart dominerande serotyper har observerats. Sedan 2011 har endast enstaka fall i den åldersgruppen varit orsakade av de tio serotyper som ingår i båda vaccinerna. Under 2017 var alla fall bland barn under två år där stammen kunde typas orsakade av serotyper som inte ingår i något av vaccinerna. Antalet fall orsakade av icke-vaccinserotyper har legat på en jämn nivå de senaste fem åren.

Årsrapport invasiv pneumokockinfektion 2017

Klamydiainfektion 2017

I nämnardatainsamlingen för C. trachomatis ingår det att rapportera in antalet provtagna personer och/eller antalet genomförda diagnostiska tester. För 2017 rapporterades data för 14 län som jämfördes med tidigare år.

Resultaten visar att andelen provtagna i de undersökta länen ökat med cirka 14 procent under 2017 jämfört med 2016 (figur 13). Kronobergs län ökade kraftigt liksom Dalarnas län. Region Skåne visade låga siffror för 2016 men vad detta beror på är oklart. I övrigt var siffrorna relativt lika mellan 2016 och 2017.

Figur 13. Provtagningsfrekvens av klamydia per län 2015–2017. På grund av saknade siffror för vissa län visas bara län med kompletta siffror (14 län).

Incidensen kan öka om provtagningen ökar. Dock sågs ingen tydlig korrelation mellan incidens och provtagning för vare sig 2016 eller 2017 (figur 14). Ser man till andelen positiva prover finns det dock en tendens till att andelen minskar med ökad provtagning. Detta var tydligast när 2017 års data analyserades (figur 15).

Figur 14. Incidens av klamydia som funktion av antalet testade personer eller antalet tester för 2016 respektive 2017 samt tillhörande regressionslinjer. Varje punkt motsvarar ett län.

Figur 15. Andelen personer positiva för klamydia per laboratorium som funktion av antalet testade personer.

Sammanfattningsvis är provtagningsfrekvensen generellt hög för klamydia och ökade även 2017. Det finns inga tecken på att provtagningsfrekvensen påverkat incidensen nämnvärt för 2017. Dock en tendens till mättnad där höga provtagningsfrekvenser korrelerar till minskad andel positiva prov.

Årsrapport klamydia 2017

Legionella 2017

Legionella ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2017 typades 35 legionellafall och av dessa kom tolv från Stockholms län, tio från Skåne län, sex från Västra Götalands län, tre från Jönköpings län. Övriga fyra var från spridda delar av landet.

Vid nio smittspårningar (totalt 15 fall) kunde legionella-isolat från miljön typas och jämföras med fynd hos patienter. Av dessa visade sex smittspårningar (12 fall) samband mellan fallet/fallen och en smittkälla i miljön. Vid ytterligare en smittspårning, där den misstänkta smittkällan fanns i Sverige, kunde samband bekräftas mellan typningsresultat från miljöprov i Sverige och patientisolat som typats i Danmark.

Den vanligast förekommande sekvenstypen var sekvenstyp 1 (ST1) med elva fall under 2017. ST 93 påvisades vid tre tillfällen och ST2523 vid två tillfällen. Övriga 16 fall tillhörde olika sekvenstyper. I tre fall kunde ingen sekvenstyp erhållas.
Andelen legionellafall som typas av Folkhälsomyndigheten är 15–20 procent av de rapporterade inhemska fallen per år, vilket gör att underlaget för vilka sekvenstyper som förekommer i Sverige och i vilken frekvens är relativt litet. En sammanställning av den epidemiologiska typningen av L. pneumophila under 2012–2016 visade att av 70 kliniska isolat identifierades 37 olika sekvenstyper. ST1 identifierades i 14 av alla isolat (20 procent). ST23, ST68 och ST93 identifierades i fem isolat var (7,1 procent) och ST42 i fyra isolat (5,7 procent). Övriga 37 isolat tillhörde sekvenstyper som endast påvisades en eller två gånger under denna femårsperiod.

Årsrapport legionella 2017

Listeria (invasiv) 2017

Listeria ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2017 utfördes typning med helgenomsekvensering på 76 av totalt 81 anmälda fall. Den vanligaste molekylära serotypen var IIa (68 procent) följt av IVb (24 procent), IIb (5 procent) och IIc (3 procent). Serotyp IIa har de senaste åren varit den dominerande serotypen i Sverige, följt av IVb. De molekylära serotyperna kan i stort översättas till de klassiska serotyperna 1/2a, 4b, 1/2b samt 1/2c. Förutom molekylär serotyp definieras även sekvenstyp (ST) med hjälp av helgenomssekvensering. Olika ST kan tillhöra samma serotyp och under 2017 var de tre vanligaste sekvenstyperna ST-37, ST-451 samt ST-6 (figur 16).

Figur 16. Antal sekvenstyper (ST) av listeria fördelat på molekylära serotyper 2017.

Sedan 2014 utförs helgenomsekvensering på inkomna isolat. Detta innebär att klusteranalysen sker mer i realtid, jämfört med tidigare pulsfältsanalys. Genom den molekylära jämförelsen inom samma ST kan kluster (isolat av samma stam) påvisas och ofta även kopplas till en misstänkt smittkälla. Identiska eller nära identiska isolat av listeria har påvisats inom vissa ST över flera års tid. En anledning till detta kan vara att det skett en etablering av dessa stammar av listeria i produktionsmiljöer där de då och då växer till och därmed hamnar i livsmedel och orsakar sjukdom. Exempelvis har samma stam inom IIa-ST-451 återkommit de senaste tre åren (figur 17) med totalt tretton isolat. Till skillnad från ST-451 är majoriteten av ST-37 unika och klustrar inte (figur 18). ST-37 var den vanligaste förekommande ST under 2017, en typ som har ökat de senaste åren. Vad denna ökning beror på är ännu oklart.

Figur 17. Fördelningen inom IIa ST-451 mellan åren 2014–2017. De ljuslila staplarna visar isolat som är identiska, det vill säga, de tillhör ett kluster.

Figur 18. Fördelningen inom IIa ST-37 mellan åren 2014–2017. De ljuslila staplarna visar isolat som är identiska, det vill säga, de tillhör ett kluster.

Årsrapport listeria 2017

Meticillinresistent Staphylococcus aureus (MRSA) 2017

MRSA ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. På grund av byte av typningsmetod redovisas bara data för första halvåret 2017. År 2017 utfördes epidemiologisk typning, spa-typning i kombination med analys av PVL-status, på isolat från 97 procent (n=1 766) av alla MRSA fall anmälda januari till och med juni 2017. Av dessa var alla utom åtta isolat typbara. För 191 av de typbara isolaten (11 procent) saknas PVL-status.

De tio vanligaste spa-typerna var: t304 (n=208), t223 (n=177), t127 (n=127), t002 (n=93), t008 (n=67), t386 (n=56), t044 (n=55), t019 (n=53), t437 (n=38) och t688 (n=34). Två av spa-typerna t437 och t688 fanns inte med bland de tio vanligaste spa-typerna 2016. Hela 51 procent (n=908) av MRSA-fallen hade en topp-tio spa-typ. De vanligaste tio spa-typerna återfanns både bland fall smittade i Sverige och utomlands (figur 19). Information om var fallet smittats saknades för 100 fall.

Figur 19. De tio vanligaste spa-typerna med PVL-status för MRSA-fall smittade i Sverige (n=848) och utomlands (n=870) januari till och med juni 2017.

Samhällssmitta var den vanligaste smittvägen för alla fallen med de tio vanligaste spa-typerna (figur 20). Bland fallen som angavs vara smittade på sjukhus var de vanligaste spa-typerna t304 och t386 som ingick i de två neonatalutbrotten. För fall smittade i vård och/eller omsorg utanför sjukhus var t002 vanligast.

Figur 20. De tio vanligaste spa-typerna för inhemskt smittade fall i relation till epidemiologisk klassificering januari till och med juni 2017. Presenterad som andel (procent) av alla fall (n).

Årsrapport MRSA 2017

Mässling 2017

Mässling ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Epidemiologisk typning utfördes för 41 prover från 37 fall. 29 fall tillhörde genotyp B3 och åtta fall genotyp D8, vilket överensstämde med cirkulerande virusstammar i Europa, respektive smittland eller närliggande länder, i den mån stammar fanns att jämföra med (figur 21). Tre fall hade genotyp A (vaccinstam), medan ett prov inte kunde typas på grund av för lite virus i provet. Elva fall av B3 gruppen tillhörde mässlingsutbrottet i Västra Götalandsregionen.

Figur 21. Fylogenetiskt träd över de genotypade mässlingsfallen. (PDF, 18 kB)

För fem prover utfördes serologisk konfirmering (mässlingvirusspecifikt IgM och IgG) med god överensstämmelse. Resultatet bekräftades av WHO-laboratoriet i Berlin.

Årsrapport mässling 2017

Pneumokocker med nedsatt känslighet för penicillin G (PNSP) 2017

PNSP ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Isolat med den tidigare brytpunkten PcG MIC ≥ 0,5 mg/l som gräns samlas in och under 2017 typades totalt 319 isolat, vilket är ungefär samma antal som 2016 (n=325). Totalt tillhör ca 40 procent av dessa isolat serotyper som ingår i något av de konjugatvaccin som ingår i det nationella barnvaccinationsprogrammet. Serotypsfördelningen för de tio vanligaste serotyperna för dessa isolat var, i minskande ordning: NT (23 %), 19F (16 %), 35B (11 %), 19A (9 %), 11A (6 %), 9V (5 %), 6B (4 %), 14,23F och 9N (3 %).

Av de 61 isolaten med en PcG MIC högre än 1 mg/l som anmäldes enligt smittskyddslagen 2017, analyserades 55 för serotyp. Av dessa tillhörde 60 procent serotyper som täcks av de vaccin som ingår i det nationella barnvaccinationsprogrammet. De sju isolaten med höga MIC-värden (PcG MIC > 2 mg/l) fördelade sig på sju olika serotyper (Figur 22). De fem isolaten från invasiva fall (blod och likvor) var av serotyp 14, 19F, 9N och 10A.

Figur 22. Fördelningen av MIC-värden hos serotyper av S. pneumoniae med nedsatt känslighet för penicillin G. *Serotyper inkluderade i konjugatvaccin.

Årsrapport PNSP 2017

Påssjuka 2017

Påssjuka (parotit) ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. År 2017 utfördes epidemiologisk typning för 19 fall. Fjorton (74 procent) var av genotyp G, två av genotyp K och ett fall av genotyp C; ett prov kunde inte typas på grund av för lite virus i provet. Genom åren har det nästan uteslutande varit parotitvirus av genotyp G i som påvisats bland typade virusstammar från personer som smittats i Sverige (figur 23).

Figur 23. Fylogenetiskt träd över de genotypade fallen av påssjuka. (PDF, 17 kB)

Årsrapport påssjuka 2017

Salmonella 2017

Salmonella ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram (inhemskt smittade fall). Epidemiologisk typning utförs också för fall smittade utomlands men då inom ramen för Folkhälsomyndighetens avgiftsbelagda verksamhet. 2017 typades isolat från 988 fall; 93 procent av alla fall smittade i Sverige och 16 procent av alla fall smittade i utlandet. Bland fall smittade i Sverige är S. Typhimurium, monofasisk S. Typhimurium och S. Enteritidis de vanligaste serotyperna, men fördelningen mellan dessa serotyper varierar mellan åren vilket till stor del återspeglar vilka serotyper som orsakat större utbrott (figur 24). Ytterligare ett sextiotal serotyper identifierades hos fall smittade i Sverige under året. Av de fall som smittats utomlands och typades var S. Enteritidis vanligast (39 procent).

Myndigheten var med i ett flertal internationella utredningar initierade av den europeiska smittskyddsmyndigheten ECDC. Vid detektion av internationella kluster där utbrottssignalen framför allt varit en gemensam MLVA-profil mellan medlemsstaterna görs kompletterande jämförelser med hjälp av helgenomsekvensering. Den efterföljande bioinformatiska analysen kan göras av ECDC, alternativt av de deltagande medlemsländer, som har kapacitet att göra denna typ av analyser. Den största internationella utbrottsutredningen som Sverige deltagit i under 2017 finns beskriven i avsnittet om utbrott.

Under 2017 har ett större utbrott av S. Kentucky pågått. Ett flertal fall bedöms ha haft ett långt bärarskap vilket kan påverka själva salmonellabakteriens ytegenskaper. Erfarenhetsmässigt har Folkhälsomyndigheten sett att salmonella som funnits i kroppen länge kan förändras i sin morfologi. Den kan till exempel bli mucoid (kapsla in sig) och blir då svår att klassiskt serotypa med agglutination. Detta kan leda till att isolaten inte kan bli fullständigt typade avseende serotyp. Bakterien svaras då utefter subspecies och de ytegenskaper (antigen) som gått att få fram via agglutination. I Kentuckyutbrottet 2017 svarades alla prov ut som S. Kentucky med antigenformel 8,20:i:z6, utom tre. Dessa tre prover svarades ut som subspecies I med antigenformel 8,20:-:-. Ett av dessa prover isolerades från urin, övriga från feces.

Alla isolat som inkom till Folkhälsomyndigheten och som typades till S. Kentucky och isolat med den begränsade antigenformeln analyserades även med helgenomsekvensering. Resultatet visade att alla prover ingick i samma kluster, dvs. även de som svarades som enbart subspecies I, vilket indikerar att även dessa har sitt ursprung i en gemensam smittkälla.

Figur 24. Fördelning i procent av de vanligaste serotyperna av salmonellafall smittade i Sverige 2012–2017.

Årsrapport salmonella 2017

Shigella 2017

Den vanligaste frågeställningen är om isolatet är en EIEC (enteroinvasiv E.coli) eller en shigella, där enbart shigella är anmälningspliktig enligt smittskyddslagen. Både EIEC och shigella bär på markörgenen ipaH, som ingår i många PCR-system. Insända isolat av shigella artbestäms och serotypas med biokemiska tester, agglutinering samt i vissa fall med PCR. Vid smittspårningar och utbrottsanalyser används helgenomsekvensering för att fastställa samband och en eventuell gemensam smittkälla.

Totalt inkom 97 isolat och av dessa blev 62 stycken shigella sp., 10 stycken EIEC och 25 stycken negativa för shigella/EIEC (tabell 5). Liksom tidigare år blev den vanligaste arten S. sonnei.

Årsrapport shigella 2017

Tuberkulos 2017

Multiresistent tuberkulos, så kallad MDR-TB, ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. För samtliga MDR-TB isolat utförs fenotypisk resistensbestämning mot alla relevanta första- och andrahandsläkemedel. Den helgenomsekvensering som utförs möjliggör också kompletterade genotypisk resistensanalys genom att mutationer kan identifieras i gener som är kopplade till resistens.

Under 2017 anmäldes elva fall av MDR-TB vilket är hälften så många som under 2016. Andelen MDR-TB av alla odlingsverifierade fall blir då 2,6 procent att jämföra med 3,7 procent under 2016. Två av fallen var resistenta mot någon aminoglykosid men inte mot någon kinolon vilket gör att inget fall under 2017 klassades som XDR-TB. Inget av de elva fallen var yngre än 18 år och endast en bedömdes vara smittad i Sverige av en nära anhörig och upptäcktes vid smittspårning. Ett av fallen är född i Sverige men är mest troligt smittad i ett annat land.

Målsättningen i Sverige är att typa alla odlingsverifierade fall av tuberkulos och under 2017 har hittills 99 procent av dessa typats. Detta görs för att se om fall bildar kluster och då undersöka om det kan bero på inhemsk smittspridning. Typning underlättar också upptäckt av eventuella kontaminationer mellan prover på laboratorier vilket kan ge felaktigt positiva provsvar. Några kluster där man inte kände till kopplingen har upptäckts under året, men i de flesta fall har resultaten verifierat redan tidigare känd koppling eller visat unika stammar vilket då talar emot smitta i Sverige i närtid.

Folkhälsomyndigheten använder sedan september 2016 helgenomsekvensering för genotypning då det ger bättre upplösning och minskar risken för att fall som inte hör ihop ändå hamnar i samma kluster. I Göteborg används fortfarande MIRU-VNTR men de planerar också att byta till helgenomsekvensering under 2018. Det innebär då att alla isolat typas med samma metod och då blir jämförbara över hela landet. Dessutom går helgenomsekvensering betydligt snabbare än tidigare typningsmetoder. Av de 349 fall som typats med helgenomsekvensering så var 78 procent unika, det vill säga att de inte klustrade med något annat isolat. Av de 74 isolat som typats med MIRU-VNTR så var 47 procent unika, delvis beroende på att det finns mera äldre MIRU-VNTR data men också på grund av sämre upplösning som ger en del falska kluster

Årsrapport tuberkulos 2017

Tyfoidfeber 2017

Ingen undertypning utförs för salmonella Typhi då ytterst få fall identifieras per år. Det viktigaste är att mikrobiologiskt kunna särskilja dessa från de salmonellatyper som utgör fallen av salmonellos. Isolat som skickas till myndigheten identifieras eller verifieras som salmonella Typhi fenotypiskt och med PCR. Av alla 19 isolat kom 18 från blododling, för ett fall saknades information om provmaterial.

Årsrapport tyfoidfeber 2017

Vankomycinresistenta Enterococcus faecium och Enterococcus faecalis (VRE) 2017

VRE ingår i Folkhälsomyndighetens mikrobiella övervakningsprogram. Under 2017 utfördes typning på alla inskickade VRE-isolat vilket motsvarar 234 (96 procent) av 244 fall rapporterade i SmiNet. I 227 fall (97 procent) hittades E. faecium och av dessa bar 131 vanA (56 procent), 67 bar vanB (29 procent) och 30 bar både vanA och vanB (13 procent). Sju av de typade fallen var E. faecalis och av dessa bar 5 vanA (2 procent) och 2 bar vanB (1 procent). Totalt 2 fall rapporterades med både E. faecium och E. faecalis.

Under 2017 var de vanligaste sekvenstyperna hos E. faecium ST80 (42 procent), ST203 (28 procent), ST552 (6 procent), ST117 (5 procent), ST18 (3 procent). Flera av dessa sekvenstyper var också vanliga under 2016 (figur 25). Skillnaderna i antalet fall inom respektive sekvenstyp och år beror oftast på vilka ST som förekommit olika utbrott.

Figur 25. Fördelning av de vanligaste sekvenstyperna (ST) under 2016–2017 hos E. faecium.

De 227 fallen av E. faecium fördelades på 30 olika sekvenstyper, medan de sju fallen av E. faecalis endast var fördelade mellan två olika sekvenstyper, ST6 och ST774. Samma totalantal av sekvenstyper sågs 2017 och 2016. Bland E. faecium som klassificerade som unika är fördelningen av ST stor och innefattar ca 25 olika sekvenstyper (figur 26).

Figur 26. Fördelningen av sekvenstyper hos unika VRE-isolat från 2017.*

* Förutom detektion av genen för vankomycinresistens vid helgenomssekvensering så fås också sekvenstyp, ST, samt en fördjupad nivå av släktskapsrelation mellan olika VRE-isolat genom SNP-analys. Den nationella nomenklaturen som Folkhälsomyndigheten använder för VRE är utformad enligt följande, art (Efm= Enterococus faecium, Efs=Enterococcus faecalis), följt av van-typ (A,B,D), följt av årtal då det första isolatet av denna typ påträffades, följt av ett arbiträrt löpnummer för respektive typ (SE-EfmB-1701). Ett isolat utan likhet till andra VRE-isolat i databasen får beteckningen unik (EfmA unik).

Under 2017 identifierades tio sjukhusrelaterade smittspridningar av VRE. Nio av spridningarna var med E. faecium, varav fyra spridningar var av större karaktär med fler än 25 fall och fem var mindre spridningar med två till fyra fall vardera. En mindre spridning med två fall av E. faecalis identifierades också under 2017 (figur 27).

Figur 27. Antalet VRE-fall inom de 10 sjukhusrelaterade smittspridningarna under 2017 samt respektive sekvenstyp.

Endast ett isolat med linezolidresistens identifierades under 2017 (2 under 2016). Resistensen kunde verifieras både fenotypiskt och genotypiskt. Analysen av helgenomsekvenseringen visade genetiska mutationer i ribosomala 23S vilket kan ge upphov till linezolidresistens. I Folkhälsomyndighetens analys ingår de mest kända mutationerna av ribosomala 23S samt cfr- och optrA-generna som också kan ge upphov till linezolidresistens. Höggradig aminoglykosidresistens för E. faecium uppvisades i 155 (68 procent) av de 227 typade VRE fallen och liknande nivå sågs också hos E. facealis där 5 av 7 typade VRE fallen var höggradigt resistenta mot aminoglykosider. 2016 var andelen 49 procent (n=151) höggradig aminoglykosidresistens för E. faecium. Detta är betydligt högre nivåer än de resistensnivåer som ses hos icke vankomycinresistenta enterokocker (ca 20 procent).

Årsrapport VRE 2017

Yersinia 2017

Till Folkhälsomyndigheten skickas framför allt isolat där det inte varit möjligt att vid lokalt laboratorium bedöma om det är en yersinia som tillhör anmälningsplikten för yersiniainfektion. Ett sådant exempel är Y. enterocolitica biotyp 1A som generellt inte betraktas som humanpatogen, men som kan vara sjukdomsframkallande.

Av de isolat som skickades in för artbestämning och typning vid Folkhälsomyndigheten (n=56) föll 39 ut som någon typ av de icke anmälningspliktiga Yersinia sp. Majoriteten (n=31) var Y. enterocolitica BT1A, medan resterande var Y. bercovieri, Y. kristensenii, Y. rohdei samt Y. massiliensis (totalt 8 isolat), medan två föll ut såsom negativa för Yersinia sp (figur 28).

Figur 28. Antalet rapporterade fall av yersinia per species och smittland under 2017 (n=243).

Årsrapport yersinia 2017