Sedan acellulärt kikhostevaccin infördes i barnvaccinationsprogrammet 1996 har incidensen av rapporterad kikhosta i landet minskat tiofalt från cirka 150 till 9–17 per 100 000 under åren 2001–2004.

En särskild uppföljning av kikhosteläget i landet genomförs sedan 1997 av SMI på uppdrag av det europeiska läkemedelsorganet, EMEA, med stöd från berörda vaccintillverkare. Av 7-årsrapporten från denna undersökning framgår att minskningen av kikhosta är mindre uttalad bland spädbarn – särskilt bland ovaccinerade barn under 3 månaders ålder (225 per 100 000 personer/år) och barn som endast fått en dos (före 5 månaders ålder, 211 per 100 000 personer/år). De helt ovaccinerade spädbarnen vårdas i betydligt större utsträckning på sjukhus; 71 % av rapporterad laboratorieverifierad kikhosta under 3 månaders ålder jämfört med 42 % av ovaccinerade och 32 % av vaccinerade med en dos kikhostevaccin. Sjukhusvård på grund av kikhosta är ovanligt efter två eller tre doser.

Kikhosta har minskat kraftigt för de årskullar som fått minst två doser kikhostevaccin. Under åren 2000–2003 observerades den högsta åldersspecifika incidensen för barn födda under tidigt nittiotal det vill säga innan allmän kikhostevaccination hade införts. Denna trend bröts 2004. Den högsta incidensen efter spädbarnstiden observeras nu bland barn födda 1996, den första årskullen som fick kikhostevaccin i programmet. Detta är det första klara tecknet på att skyddseffekten av de acellulära vaccinerna börjar avta 6–7 år efter tre vaccinationer under spädbarnsåret. Den observerade tendensen bör bekräftas med en bestående trend under ytterligare ett år innan man tar ställ-ning till när en fjärde dos kikhostevaccin bör ges, vilket också bör medföra en sammanslagning av påfyllnadsdoserna för difteri, stelkramp och polio. Det främsta skälet för en eller flera påfyllnadsdoser av kikhostevaccin är att om möjligt minska svår kikhosta bland spädbarn, ett kvarstående problem inte bara i Sverige utan även i länder som vaccinerat spädbarn och förskolebarn sedan många år.