Kvalitetssäkring av PCR-snabbtester för influensadiagnostik viktigt för säker påvisning

18-05-03: I sitt uppdrag som nationellt referenslaboratorium för influensa har Folkhälsomyndigheten samlat in och typat de influensaisolat som cirkulerat i landet säsongen 2017-2018. Vidare har paneler med typade stammar skickats till åtta mikrobiologiska laboratorier för att kontrollera att de olika PCR-snabbtester som används i landet detekterar aktuella stammar.

Nationellt referenslaboratorium för influensa övervakar cirkulerande stammar

Folkhälsomyndigheten är nationellt referenslaboratorium för influensa samt WHOs nationella influensa center. Myndigheten samlar varje influensasäsong in material från landets laboratorier för karaktärisering och isolering på vävnadskultur. Utöver det utförs sentinelprovtagning på vårdcentraler under influensasäsong. För mer information om övervakningssystem se veckorapporter för influensa.

Karaktärisering med sub- och linjetypning, helgenomsekvensering och virusodling

Under säsongen typar Folkhälsomyndigheten alla positiva sentinelprover för subtyp respektive linjetyp. Även ett representativ urval av prover från de mikrobiologiska laboratorierna sub- och linjetypas. Utöver det karaktäriseras ett urval av alla subtyper/linjetyper med helgenomsekvensering. Ett urval av de karaktäriserade stammarna odlas även för att utgöra underlag vid WHOs val av möjliga vaccinstammar.

Landets egna stammar används till kvalitetspaneler av PCR-snabbtester

Materialet från virusisoleringen används även för att bistå landets kliniska mikrobiologiska laboratorier med material för att kontrollera de kommersiella PCR-snabbtester som används för diagnostik av influensa. Det finns generellt ingen information att tillgå avseende vilken del av influensagenomet som detekteras med de olika PCR-snabbtesterna, vilket medför att in silico analyser inte kan göras. Endast genom att analysera de olika varianter av influensa som cirkulerar i Sverige med de olika snabbtesterna kan avvikande resultat orsakade av mutationer i amplifierat område påvisas.

PCR-snabbtester inventeras och testas varje säsong

Inför varje influensasäsong genomför Folkhälsomyndigheten en enkät för att kartlägga vilka PCR-snabbtester som används och vid vilka laboratorier. Myndigheten frågar även vilka laboratorier som kan delta i panelutskick för kvalitetssäkring av PCR-snabbtesterna. Under säsongen 2017-2018 testades tio olika molekylära metoder av åtta laboratorier (se tabell 1 nedan). Resultaten från prövningarna återkopplades löpande till de kliniska mikrobiologiska laboratorierna och i influensaveckorapporterna under säsongen. Panelutskick genomfördes vid två tillfällen under influensarapporteringssäsongen 2017-2018. Panelerna omfattade totalt åtta prover, sex positiva för influensa A (två A(H1N1)pdm09) och fyra A(H3N2)) och två prov positiva för influensa B (B/Yamagata). Till panelerna valdes stammar av olika genetiska varianter.

PCR-snabbtester identifierade samtliga stammar under säsongen 2017-2018

Samtliga deltagande laboratorier rapporterade korrekta resultat för alla prov med ett undantag. FilmArray luftvägspanel version 1 påvisade samtliga prover i utskicken men gav resultatet Influensa A "Equivocal" (obestämbart) på ett prov, även vid upprepad analys. Vid analys av en ny version av FilmArray luftvägspanel (version 2; finns kommersiellt tillgänglig från och med höst 2017) föll provet ut positivt för influensa A(H3), vilket var korrekt. Detta visar på vikten av att använda de senaste versionen av snabbtesterna.

Tabell 1. Använda kommersiella PCR-snabbtest och laboratorier som analyserat respektive test

Typ av PCR-snabbtest/-er (producent/-er)Kliniskt mikrobiologiskt laboratorium
Simplexa™ Flu A/B & RSV Kit (Focus Diagnostics) Laboratoriemedicin, Västerås
Cobas® Liat® Influenza A/B & RSV (Roche) Klinisk mikrobiologi, Karlstad
Xpert® Flu (Cepheid) och Xpert® Flu/RSV XC (Cepheid) Klinisk mikrobiologi, Linköping
Xpert® Flu/RSV XC (Cepheid) och Xpert® Xpress Flu (Cepheid) Klinisk Mikrobiologi, Trollhättan
Alere™ Influenza A & B Test (Abbott) och Allplex, panel 1,2 och 3 (Seegene) Klinisk Mikrobiologi, Uppsala
LightMix® Modular A, B, RSV (Roche) och Xpert® Flu/RSV XC (Cepheid) Klinisk Mikrobiologi, Borås
FILMARRAY® Respiratory Panel (Biomérieux) Klinisk mikrobiologi, Växjö
FTD Respiratory pathogens 33 (Fast-track Diagnostics) Klinisk mikrobiologi, Jönköping
Gå till toppen av sidan