Norovirus är en mycket vanlig orsak till utbrott av magsjuka inom vården, i skolor, på daghem och i samhället i övrigt. Ofta sprids norovirus via smittad mat och vatten. Vi har som ambition att karaktärisera norovirusorsakade utbrott med hjälp av sekvensering. Det är de preliminära PCR-resultaten från ett 90-tal utbrott som presenteras här (figur 1).

Figur 1. Molekylär typning av norovirusutbrott; juli 2004 - aug 2005

I huvudsak har vi använt en PCR-metod riktad mot polymerasgenen för dessa analyser. Vid livsmedelsutbrott har vi ibland varit tvungna att använda en multiplex-PCR riktad mot skiftet kapsid/polymerasgen för positivt resultat. Där det varit möjligt har vi slumpvis valt ut minst 10 utbrott per månad på ett sätt så att olika delar av landet och olika typer av utbrott har blivit representerade.

Redan i september 2004 uppträdde den stam (Lordsdale/Grimsby; G2:4) som kom att dominera våra typningar hela säsongen. Den har fått ”arbetsnamnet” JAM efter att ha dykt upp på ett stort scoutläger (Jamboree) i Holland under sensommaren 2004. Stammen är mycket lik, men tydligt skiljd från den norovirusstam som ställde till så mycket problem under vintern 2002-3.

Alla våra typade utbrott från vården har orsakats av genotyp G2:4 och nästan alla hör till JAM-stammen. I år liksom tidigare har däremot mat- och vattenutbrotten orsakats av en mer varierande uppsättning virustyper (figur 2).

Figur 2. Typade utbrott; juli 2004 - aug 2005

Smittskyddsinstitutet får prov från en begränsad del av landet, varför det vore intressant att jämföra våra sekvenseringar med resultat från andra laboratorier. Som framgår av diagrammen, ingår få utbrott utanför vården. Vad som cirkulerar på skolor, förskolor och samhället i övrigt har vi dålig kunskap om.

I samarbete med landets övriga virologiska laboratorier hoppas vi i framtiden öka kunskapen om norovirus roll även vid samhällsförvärvade smitta.

/Kjell-Olov Hedlund