Det virus som orsakar fladdermusrabies hos fladdermöss i Europa kallas European Bat Lyssavirus (EBLV) och tillhör släktet Lyssavirus. Till samma släkte hör klassiskt rabiesvirus, det vill säga det virus som orsakar rabies hos marklevande djur i stora delar av världen. Under 2008 inledde Smittskyddsinstitutet, Statens Veterinärmedicinska Anstalt och Naturvårdsverket med Jordbruksverket som delfinansiär ett samarbetsprojekt med målet att undersöka om fladdermöss i Sverige kan vara infekterade med EBLV. Hos åtta vattenfladdermöss som fångades 2009  kunde antikroppar mot EBLV påvisas. Läs mer om betydelsen av resultatet här .