Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 som fått stor spridning i vissa länder uppmärksammats. Dessa virusvarianter benämns som Variants Of Concern (VOC) dvs. varianter av särskild betydelse. De har genetiska förändringar som potentiellt skulle kunna orsaka ökad smittspridning eller påverka immunitet efter infektion eller vaccination. Analyser av varianternas egenskaper pågår. De bedömningar som finns i dagsläget grundar sig huvudsakligen på epidemiologiska data. Världsläget när det gäller spridning av VOC är i nuläget osäkert. I Sverige är målet för 2021 att arvsmassan från minst 10 procent av prover positiva för SARS-CoV-2 skall kartläggas med helgenomsekvensering. För närvarande bevakar Folkhälsomyndigheten i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av tre virusvarianter av särskild betydelse, så kallade Variants Of Concern (VOC):

  • VOC 202012/01 (tillhörande genetisk grupp B.1.1.7 enlig Pangolin klassificering) som har orsakat omfattande smittspridning i Storbritannien och Europa
  • 501Y.V2 (tillhörande genetisk grupp B.1.351 enlig Pangolin klassificering) som cirkulerar i Sydafrika
  • P.1 som främst cirkulerar i Brasilien.

Som en del av den mikrobiologiska övervakningen har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar i spike-proteinet vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive VOC (typnings-PCR). Detta möjliggör snabbare svar men vidare typning med sekvensering är ofta nödvändig. Tabell 1 nedan visar de mutationer eller deletioner som det i nuläget finns riktade typningsanalyser för. Olika laboratorier använder olika kombinationer av mutationer.

Genom sekvensering av hela genomet fastställs genetisk grupp enligt Pangolin klassificering och om de genetiska förändringarna som definierar VOC finns i provet.

Tabell 1. Förekomst av mutationer, som analyseras med typnings-PCR, hos de tre nu aktuella virusvarianterna av särskild betydelse (VOC).
Mutationer eller deletioner
(påverkad aminosyra och dess position anges)
B.1.1.7
(brittisk variant)
B.1.351
(sydafrikansk variant
P.1
(brasiliansk variant)
A570D Ja
A570wt Ja Ja
N501Y Ja Ja Ja
N501wt
Y144DEL Ja
Y144wt Ja Ja
D3L Ja
D3wt Ja Ja
E484K Ja/Nej Ja Ja
E484wt Ja/Nej
N439K
N439wt Ja Ja Ja
K417T Ja
K417N Ja
K417wt Ja

Resultat av både typnings-PCR och sekvensering rapporteras i fältet genotyp i SmiNet, där mutationerna skiljs åt med semikolon. Tabell 2 visas hur resultaten som rapporteras i SmiNet ska tolkas.

Tabell 2. Tolkning av resultat från typnings-PCR som indikerar virusvariant av särskild betydelse, samt tolkning av helgenomsekvensering.
Diagnostisk metodResultat i fältet genotyp i SmiNet*Tolkning
Nukleinsyrapåvisning Y144DEL; N501Y Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning N501Y; A570D Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning N501Y; A570D; E484K Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad.
Nukleinsyrapåvisning D3L; N501Y Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades frånStorbritannien.
Nukleinsyrapåvisning D3L; N501Y; E484K Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad.
Nukleinsyrapåvisning Y144wt; N501Y Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning Y144wt; N501Y; E484K Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien
Nukleinsyrapåvisning N501Y; A570wt Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien
Nukleinsyrapåvisning D3wt; N501Y Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien
Nukleinsyrapåvisning D3wt; N501Y; E484K Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien
Nukleinsyrapåvisning E484K Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien
Sekvensering B.1.1.7 B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien
Sekvensering P.1 P.1 som först rapporterades från Brasilien
Sekvensering B.1.351 B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika
Sekvensering Andra kombinationer Ingen av de genetiska grupper som är under särskild övervakning

* wt = wild type, ingen påvisad mutation i angiven position.

Läs mer