Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 som fått stor spridning och betydelse för pandemiutvecklingen globalt uppmärksammats. Dessa benämns Variants Of Concern (VOC) dvs. virusvarianter av särskild betydelse. De har genetiska förändringar som kan orsaka ökad smittspridning eller påverka immunitet efter infektion eller vaccination.

I Sverige är målet för 2021 att arvsmassan från minst 10 procent av prover positiva för SARS-CoV-2 skall kartläggas med helgenomsekvensering. Folkhälsomyndigheten bevakar i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse. ECDCs lista uppdateras då det epidemiologiska läget ändras eller viktig ny information om en virusvariant tillkommit.

Det finns olika system att benämna virusvarianter av särskild betydelse men huvudsakligen används den genetiska gruppen enligt Pangolin-klassificering samt benämning med grekiska bokstäver enligt WHO. Aktuella virusvarianter av särskild betydelse är:

  • B.1.351 (beta) som först rapporterades från Sydafrika.
  • P.1 (gamma) som först rapporterades från Brasilien.
  • B.1.617.2 (delta) som först rapporterades från Indien och nu dominerar i Sverige. Till delta hör även dess undergrupper med beteckningar som börjar med AY.
  • B.1.1.529 (omikron) som först rapporterades från Sydafrika och nu ökar i många länder. Till omikron hör även dess undergrupper med beteckningar som börjar med BA.

Från och med 3 september 2021 har B.1.1.7 (alfa) och B.1.1.7 med aminosyrautbytet E484K nedgraderats och de betraktas inte längre som virusvarianter av särskild betydelse. Detta då de nu endast påvisas i en liten andel av positiva fall i Europa, och då vaccineffekten mot dem är god.

Som ett stöd för övervakning, riskbedömning och smittspårning har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive virusvariant (typnings-PCR). Detta möjliggör snabbare svar men efterföljande typning med sekvensering kan vara nödvändig.

Under perioden vecka 5-13 samt 23-27 använde Folkhälsomyndigheten typnings-PCR storskaligt. Detta i syfte att få en nationell överblick av förekomst och utveckling av virusvarianter av särskild betydelse. På grund av omikronvariantens ökning i Europa och världen har storskalig typnings-PCR åter initierats från Folkhälsomyndigheten från vecka 48. Den löpande övervakningen baserad på helgenomsekvensering fortsätter parallellt.

Resultaten från typnings-PCR rapporteras fortsatt till SmiNet

Tabell 1 nedan visar de mutationer eller deletioner som det i nuläget finns riktad typnings-PCR för. Olika laboratorier använder olika kombinationer av analyser.

Genom sekvensering av hela genomet fastställs genetisk grupp enligt Pangolin-klassificering och om de genetiska förändringar som definierar en virusvariant av särskild betydelse finns i provet. Genetisk grupp enligt Pangolin rapporteras till SmiNet för alla typade prover.

Tabell 1. Förekomst av mutationer, som analyseras med typnings-PCR, hos nu aktuella virusvarianter av särskild betydelse (VOC) och hos alfavarianten. Uppdaterad 2021-12-17.
Mutationer eller deletioner (påverkad aminosyra och dess position anges)B.1.1.7 alfaB.1.351 betaP.1 gammaB.1.617.2 * deltaB.1.1.529 *** omikron
D3L Ja
D3wt Ja Ja Ja Ja
HV69/70DEL (Ger S-gene target failure, SGTF) Ja - - - Ja
Y144DEL Ja Ja
Y144wt Ja Ja Ja
157-158DEL Ja
157-158wt Ja Ja Ja Ja
ins214EPE Ja
K417T Ja
K417N Ja Ja
K417wt Ja Ja
L452R Ja
L452wt Ja Ja Ja Ja
E484K Ja/Nej Ja Ja
E484Q –**
E484A Ja
E484wt Ja/Nej Ja**
N501Y Ja Ja Ja Ja
N501wt Ja
A570D Ja
A570wt Ja Ja Ja Ja
P681R Ja
P681H Ja
P681wt Ja Ja Ja

* B.1.617.2 (delta) har utvecklat undergrupper med beteckningar som börjar med AY.
** Ett fåtal fall av B.1.617.2 (delta) med E484Q har påvisats.
*** B.1.1.529 (omikron) har utvecklat undergrupper med beteckningar som börjar med BA. Inom omikron finns genetisk variation som gör att alla mutationer inte finns hos alla fall av omikron.

Resultat av både typnings-PCR och sekvensering rapporteras i fältet genotyp i SmiNet, där mutationerna skiljs åt med semikolon. Tabell 2 visar hur resultaten som rapporteras i SmiNet ska tolkas.

Tabell 2. Tolkning av resultat från typnings-PCR som indikerar deltavariant eller omikronvariant, samt tolkning av helgenomsekvensering. Uppdaterad 2021-12-17.
Diagnostisk metodResultat i fältet genotyp i SmiNetTolkning
Nukleinsyrapåvisning Förekomst av en eller flera markörer för omikron (Tabell 1) Möjlig B.1.1.529 (omikron)*
Nukleinsyrapåvisning Avsaknad av markör för delta (Tabell 1) Möjlig B.1.1.529 (omikron)*
Nukleinsyrapåvisning Förekomst av en eller flera markörer för delta och avsaknad av markör för omikron (Tabell 1) Sannolik B.1.617.2 (delta)
Sekvensering B.1.1.7 B.1.1.7 (alfa)
Sekvensering B.1.1.7+E484K B.1.1.7 (alfa). Mutationen E484K påvisad.
Sekvensering P.1 P.1 (gamma)
Sekvensering B.1.351 B.1.351 (beta)
Sekvensering B.1.617.2 B.1.617.2 (delta)
Sekvensering AY-grupper, ex. AY.1 Undergrupper till B.1.617.2 (delta)
Sekvensering B.1.1.529 B.1.1.529 (omikron)
Sekvensering BA-grupper, ex. BA.1 Undergrupper till B.1.1.529 (omikron)
Sekvensering Andra pangolintyper Ingen av de genetiska grupper som betecknar virusvarianter av särskild betydelse (VOC)

* Alla fall av misstänkt omikron skall helgenomsekvenseras.

Läs mer