Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 som fått stor spridning i vissa länder uppmärksammats. Dessa virusvarianter benämns som Variants Of Concern (VOC) dvs. varianter av särskild betydelse. De har genetiska förändringar som potentiellt skulle kunna orsaka ökad smittspridning eller påverka immunitet efter infektion eller vaccination. Analyser av varianternas egenskaper pågår. De bedömningar som finns i dagsläget grundar sig huvudsakligen på epidemiologiska data. Världsläget när det gäller spridning av VOC är i nuläget osäkert. I Sverige är målet för 2021 att arvsmassan från minst 10 procent av prover positiva för SARS-CoV-2 skall kartläggas med helgenomsekvensering. För närvarande bevakar Folkhälsomyndigheten i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av tre virusvarianter av särskild betydelse, så kallade Variants Of Concern (VOC):
- VOC 202012/01 (tillhörande genetisk grupp B.1.1.7 enlig Pangolin klassificering) som har orsakat omfattande smittspridning i Storbritannien och Europa
- 501Y.V2 (tillhörande genetisk grupp B.1.351 enlig Pangolin klassificering) som cirkulerar i Sydafrika
- P.1 som främst cirkulerar i Brasilien.
Som en del av den mikrobiologiska övervakningen har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar i spike-proteinet vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive VOC (typnings-PCR). Detta möjliggör snabbare svar men vidare typning med sekvensering är ofta nödvändig. Tabell 1 nedan visar de mutationer eller deletioner som det i nuläget finns riktade typningsanalyser för. Olika laboratorier använder olika kombinationer av mutationer.
Genom sekvensering av hela genomet fastställs genetisk grupp enligt Pangolin klassificering och om de genetiska förändringarna som definierar VOC finns i provet.
Mutationer eller deletioner (påverkad aminosyra och dess position anges) | B.1.1.7 (brittisk variant) | B.1.351 (sydafrikansk variant | P.1 (brasiliansk variant) |
---|---|---|---|
A570D | Ja | – | – |
A570wt | – | Ja | Ja |
N501Y | Ja | Ja | Ja |
N501wt | – | – | – |
Y144DEL | Ja | – | – |
Y144wt | – | Ja | Ja |
D3L | Ja | – | – |
D3wt | – | Ja | Ja |
E484K | Ja/Nej | Ja | Ja |
E484wt | Ja/Nej | – | – |
N439K | – | – | – |
N439wt | Ja | Ja | Ja |
K417T | – | – | Ja |
K417N | – | Ja | – |
K417wt | Ja | – | – |
Resultat av både typnings-PCR och sekvensering rapporteras i fältet genotyp i SmiNet, där mutationerna skiljs åt med semikolon. Tabell 2 visas hur resultaten som rapporteras i SmiNet ska tolkas.
Diagnostisk metod | Resultat i fältet genotyp i SmiNet* | Tolkning |
---|---|---|
Nukleinsyrapåvisning | Y144DEL; N501Y | Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. |
Nukleinsyrapåvisning | N501Y; A570D | Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. |
Nukleinsyrapåvisning | N501Y; A570D; E484K | Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad. |
Nukleinsyrapåvisning | D3L; N501Y | Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades frånStorbritannien. |
Nukleinsyrapåvisning | D3L; N501Y; E484K | Sannolik B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad. |
Nukleinsyrapåvisning | Y144wt; N501Y | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien. |
Nukleinsyrapåvisning | Y144wt; N501Y; E484K | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Nukleinsyrapåvisning | N501Y; A570wt | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Nukleinsyrapåvisning | D3wt; N501Y | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Nukleinsyrapåvisning | D3wt; N501Y; E484K | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Nukleinsyrapåvisning | E484K | Möjlig B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Sekvensering | B.1.1.7 | B.1.1.7 VOC202012/01 som först rapporterades från Storbritannien |
Sekvensering | P.1 | P.1 som först rapporterades från Brasilien |
Sekvensering | B.1.351 | B.1.351 501.V2 som först rapporterades från Sydafrika |
Sekvensering | Andra kombinationer | Ingen av de genetiska grupper som är under särskild övervakning |
* wt = wild type, ingen påvisad mutation i angiven position.
Läs mer
- För information till smittskyddsenheter om resenärer från utlandet för nya varianter av SARS-CoV-2: Vägledning för smittspårning av covid-19
- Rekommendationer till dig som reser in i Sverige från utlandet