Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 som fått stor spridning och betydelse för pandemiutvecklingen i vissa länder uppmärksammats. Dessa benämns Variants Of Concern (VOC) dvs. virusvarianter av särskild betydelse. De har genetiska förändringar som kan orsaka ökad smittspridning eller påverka immunitet efter infektion eller vaccination.

I Sverige är målet för 2021 att arvsmassan från minst 10 procent av prover positiva för SARS-CoV-2 skall kartläggas med helgenomsekvensering. Folkhälsomyndigheten bevakar i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse. Det finns olika system att benämna dessa men huvudsakligen används den genetiska gruppen enligt Pangolin-klassificering:

  • B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien och nu är vanligt förekommande i Sverige. B.1.1.7 med aminosyrautbytet E484K bevakas särskilt.
  • B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika.
  • P.1 som först rapporterades från Brasilien.

Som ett stöd för övervakning, riskbedömning och smittspårning har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive virusvariant (typnings-PCR). Detta möjliggör snabbare svar men efterföljande typning med sekvensering kan vara nödvändig.

Under perioden vecka 5-13 har Folkhälsomyndigheten använt typnings-PCR storskaligt. Detta i syfte att få en nationell överblick av förekomst och utveckling av VOC. Övervakning av VOC initierad av Folkhälsomyndigheten övergår från och med vecka 14 helt till helgenomsekvensering. Från och med vecka 14 sker därmed användning av typnings-PCR utifrån regionala behov och beslut, men resultaten rapporteras fortsatt till SmiNet.

Tabell 1 nedan visar de mutationer eller deletioner som det i nuläget finns riktade typningsanalyser för. Olika laboratorier använder olika kombinationer av analyser.

Genom sekvensering av hela genomet fastställs genetisk grupp enligt Pangolin-klassificering och om de genetiska förändringar som definierar VOC finns i provet.

Tabell 1. Förekomst av mutationer, som analyseras med typnings-PCR, hos de tre nu aktuella virusvarianterna av särskild betydelse (VOC).
Mutationer eller deletioner
(påverkad aminosyra och dess position anges)
B.1.1.7
(brittisk variant)
B.1.351
(sydafrikansk variant
P.1
(brasiliansk variant)
A570D Ja
A570wt Ja Ja
N501Y Ja Ja Ja
N501wt
Y144DEL Ja
Y144wt Ja Ja
D3L Ja
D3wt Ja Ja
E484K Ja/Nej Ja Ja
E484wt Ja/Nej
N439K
N439wt Ja Ja Ja
K417T Ja
K417N Ja
K417wt Ja

Resultat av både typnings-PCR och sekvensering rapporteras i fältet genotyp i SmiNet, där mutationerna skiljs åt med semikolon. Tabell 2 visas hur resultaten som rapporteras i SmiNet ska tolkas.

Tabell 2. Tolkning av resultat från typnings-PCR som indikerar virusvariant av särskild betydelse, samt tolkning av helgenomsekvensering.
Diagnostisk metodResultat i fältet genotyp i SmiNet*Tolkning
Nukleinsyrapåvisning Y144DEL;N501Y Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning N501Y;A570D Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning N501Y;A570D;E484K Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad.
Nukleinsyrapåvisning D3L Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning D3L;N501Y Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien.
Nukleinsyrapåvisning D3L;N501Y;E484K Sannolik B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad.
Nukleinsyrapåvisning Y144wt;N501Y Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning Y144wt;N501Y;E484K Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning N501Y;A570wt Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning D3wt;N501Y Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning D3wt;N501Y;E484K Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Nukleinsyrapåvisning E484K Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Sekvensering B.1.1.7 B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien.
Sekvensering B.1.1.7+E484K B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien. Mutationen E484K påvisad.
Sekvensering P.1 P.1 som först rapporterades från Brasilien.
Sekvensering B.1.351 B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika.
Sekvensering Andra kombinationer Ingen av de genetiska grupper som är under särskild övervakning.

* wt = wild type, ingen påvisad mutation i angiven position.

Läs mer