B.1.1.7 virusvariant av särskild betydelse som först upptäcktes i Storbritannien
Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y i kombination med A570D alternativt Y144DEL)
Resultat från vecka 11 med typnings-PCR från 18 regioner i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 45 och 92 procent. I 17 av regioner utgör varianten 50 procent eller mer. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte ett geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen misstänkt B.1.1.7 bland proverna som analyserats med typnings-PCR anges nedan i tabell 1 och tabell 2. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För Norrbotten saknas resultat för vecka 9 på grund av byte av laboratorium.
Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering förutsatt att virusnivåerna i provet är tillräckligt höga.
| Region | Vecka 5&6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 9, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 10, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 11, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 (0–3) | 3,3 (0,4–11,5) | 11 (6–19) | 50 (41–58) | 71 (63–78) | 84 (78–89) |
| Dalarna | 18 (13–25) | 22 (16–28) | 42 (35–50) | 57 (52–62) | 71 (67–75) | 77 (74–81) |
| Gävleborg | 22 (19–24) | 45 (41–49) | 60 (57–64) | 72 (69–75) | 83 (81–85) | 89 (87–91) |
| Halland | 20 (18–23) | 31 (28–34) | 51 (47–54) | 58 (54–62) | 73 (70–77) | 78 (74–81) |
| Jämtland/ Härjedalen | 20 (12–30) | 27 (21–34) | 50 (42–58) | 56 (50–61) | 63 (57–69) | 77 (72–81) |
| Jönköping | 16 (13–20) | 35 (30–40) | 39 (33–45) | 66 (62–71) | 84 (81–86) | 92 (90–93) |
| Kalmar | 23 (18–29) | 43 (36–50) | 49 (43–55) | 71 (65–77) | 83 (78–88) | 83 (77–87) |
| Kronoberg | 2,7 (1,2–5,1) | 5 (3–8) | 6 (3–9) | 16 (12–22) | 40 (34–46) | 67 (60–73) |
| Norrbotten | 6 (4–8) | 14 (10–20) | 11 (9–15) | – | 48 (40–55) | 45 (41–49) |
| Skåne | 16 (14–17) | 25 (24–27) | 32 (30–35) | 50 (48–53) | 65 (62–67) | 76 (74–78) |
| Stockholm | 27 (24–31) | 41 (37–45) | 53 (49–58) | 66 (61–70) | 79 (76–81) | 84 (82–86) |
| Sörmland | 8 (6–10) | 22 (18–26) | 37 (33–41) | 48 (43–52) | 67 (63–71) | 77 (74–80) |
| Uppsala | 9 (6–13) | 13 (8–21) | 56 (46–65) | 51 (46–57) | 64 (59–69) | 67 (62–72) |
| Värmland | 12 (8–19) | 17 (12–23) | 26 (20–33) | 46 (40–51) | 53 (49–58) | 67 (62–71) |
| Västernorrland | 5 (3–9) | 19 (15–24) | 40 (33–46) | 68 (62–73) | 77 (73–81) | 86 (82–89) |
| Västmanland | 11 (9–15) | 19 (14–24) | 25 (20–31) | 40 (34–46) | 53 (48–58) | 71 (66–75) |
| Västra Götaland | 24 (23–26) | 36 (34–37) | 47 (45–48) | 57 (55–59) | 73 (71–74) | 78 (77–80) |
| Örebro | 8 (5–12) | 31 (23–39) | 40 (33–48) | 61 (54–68) | 73 (67–78) | 86 (82–90) |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
| Region | Vecka 5&6, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 9, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 10, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 11, antal misstänkt B.1.1.7 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 | 2 | 11 | 65 | 102 | 146 |
| Dalarna | 37 | 42 | 73 | 227 | 334 | 526 |
| Gävleborg | 215 | 335 | 572 | 681 | 1 005 | 970 |
| Halland | 154 | 256 | 448 | 387 | 473 | 460 |
| Jämtland/ Härjedalen | 17 | 52 | 77 | 166 | 176 | 266 |
| Jönköping | 71 | 113 | 112 | 317 | 624 | 943 |
| Kalmar | 55 | 81 | 139 | 149 | 194 | 173 |
| Kronoberg | 9 | 12 | 20 | 39 | 97 | 134 |
| Norrbotten | 28 | 32 | 51 | – | 85 | 274 |
| Skåne | 545 | 531 | 590 | 744 | 947 | 1 218 |
| Stockholm | 203 | 231 | 259 | 324 | 819 | 1 967 |
| Sörmland | 41 | 82 | 212 | 246 | 364 | 613 |
| Uppsala | 31 | 16 | 68 | 174 | 268 | 274 |
| Värmland | 18 | 32 | 49 | 146 | 238 | 291 |
| Västernorrland | 17 | 66 | 88 | 211 | 328 | 422 |
| Västmanland | 57 | 52 | 62 | 123 | 209 | 303 |
| Västra Götaland | 1 195 | 1 325 | 1 744 | 1 806 | 2 408 | 2 906 |
| Örebro | 16 | 42 | 68 | 134 | 179 | 297 |
Figur 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-11.
Konstaterade fall av B.1.1.7 utifrån helgenomsekvensering
4 237 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till och med vecka 10 till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.
B.1.351 och P.1 virusvarianter av särskild betydelse som först upptäcktes Sydafrika respektive Brasilien
Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR
Resultat från vecka 11 med typnings-PCR från 18 regioner i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0,2 och 16 procent. I fyra regioner utgör varianterna 10 procent eller mer. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen möjliga övriga VOC bland av analyserade prover anges nedan i tabell 3 och 4. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För Norrbotten saknas resultat för vecka 9 på grund av byte av laboratorium.
Då N501Y förekommer bland annat i B.1.351 och P.1 virusvarianterna tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.
| Region | Vecka 5&6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 9, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 10, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 11, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 (0–3) | 0 (0–6) | 1 (0–5,5) | 3,8 (1,3–8,7) | 1,4 (0,2–5) | 0,6 (0–3,2) |
| Dalarna | 6 (4–11) | 4,1 (1,8–8) | 15 (10–21) | 20 (16–24) | 17 (14–21) | 11 (9–14) |
| Gävleborg | 0,2 (0–0,7) | 0 (0–0,5) | 0,2 (0–0,8) | 0,6 (0,2–1,4) | 0,3 (0,1–0,8) | 0,3 (0,1 -0,8) |
| Halland | 0 (0–0,5) | 0,5 (0,1–1,2) | 0,8 (0,3–1,6) | 0,7 (0,2–1,7) | 0,2 (0–0,9) | 2 (1–3) |
| Jämtland/ Härjedalen | 0 (0–4,2) | 1,6 (0,3–4,5) | 1,9 (0,4–5,6) | 1,7 (0,5–3,9) | 3,2 (1,5–6) | 1,2 (0,3–2,9) |
| Jönköping | 0,2 (0–1,3) | 0 (0–1,1) | 0,3 (0–1,9) | 0,4 (0,1–1,5) | 0,4 (0,1–1,2) | 1 (1–2) |
| Kalmar | 0 (0–1,5) | 0 (0–1,9) | 0,4 (0–2) | 0 (0–1,7) | 0 (0–1,6) | 1 (0,1–3,4) |
| Kronoberg | 1,2 (0,3–3) | 2,7 (1,1–5,5) | 1,4 (0,4–3,2) | 10 (6–14) | 2,9 (1,2–5,8) | 0,5 (0–2,8) |
| Norrbotten | 0 (0–0,7) | 0 (0–1,7) | 0 (0–0,8) | – | 0 (0–2,1) | 0,2 (0–0,9) |
| Skåne | 0 (0–1) | 1 (0–1) | 1 (0–1) | 0,2 (0–0,6) | 1 (1–2) | 1 (1–2) |
| Stockholm | 3 (2–5) | 6 (4–8) | 6 (4–9) | 5 (4–8) | 3 (2–5) | 3 (2–3) |
| Sörmland | 1,7 (0,8–3,2) | 3 (1–5) | 2 (1–3) | 0,8 (0,2–2) | 0,9 (0,3–2,1) | 0,8 (0,3–1,6) |
| Uppsala | 0,3 (0–1,6) | 0,8 (0–4,6) | 1,6 (0,2–5,8) | 10 (7–14) | 8 (6–11) | 10 (7–14) |
| Värmland | 4,8 (1,9–9,6) | 8 (5–13) | 6 (3–11) | 8 (5–11) | 10 (8–13) | 16 (13–20) |
| Västernorrland | 0 (0–1,2) | 0,3 (0–1,6) | 0,9 (0,1–3,2) | 0 (0–1,2) | 0,5 (0,1–1,7) | 1,8 (0,8–3,4) |
| Västmanland | 2 (1–4) | 2,9 (1,2–5,6) | 2 (0,7–4,6) | 10 (7–14) | 14 (11–18) | 10 (7–13) |
| Västra Götaland | 2 (2–2) | 3 (3–4) | 4 (3–4) | 4 (4–5) | 4 (3–5) | 7 (6–8) |
| Örebro | 2,9 (1,1–6,1) | 2,9 (0,8–7,3) | 5,3 (2,4–9,8) | 3,2 (1,3–6,5) | 7 (5–12) | 6 (3–9) |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
| Region | Vecka 5&6, antal möjlig annan VOC | Vecka 7, antal möjlig annan VOC | Vecka 8, antal möjlig annan VOC | Vecka 9, antal möjlig annan VOC | Vecka 10, antal möjlig annan VOC | Vecka 11, antal möjlig annan VOC |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 | 0 | 1 | 5 | 2 | 1 |
| Dalarna | 13 | 8 | 25 | 79 | 79 | 77 |
| Gävleborg | 2 | 0 | 2 | 6 | 4 | 3 |
| Halland | 0 | 4 | 7 | 5 | 1 | 10 |
| Jämtland/ Härjedalen | 0 | 3 | 3 | 5 | 9 | 4 |
| Jönköping | 1 | 0 | 1 | 2 | 3 | 12 |
| Kalmar | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| Kronoberg | 4 | 7 | 5 | 23 | 7 | 1 |
| Norrbotten | 0 | 0 | 0 | – | 0 | 1 |
| Skåne | 17 | 16 | 12 | 3 | 14 | 19 |
| Stockholm | 23 | 31 | 30 | 27 | 35 | 63 |
| Sörmland | 9 | 10 | 11 | 4 | 5 | 6 |
| Uppsala | 1 | 1 | 2 | 34 | 34 | 41 |
| Värmland | 7 | 15 | 11 | 25 | 45 | 69 |
| Västernorrland | 0 | 1 | 2 | 0 | 2 | 9 |
| Västmanland | 10 | 8 | 5 | 32 | 57 | 43 |
| Västra Götaland | 92 | 130 | 136 | 132 | 129 | 256 |
| Örebro | 6 | 4 | 9 | 7 | 18 | 19 |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
Figur 2: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-11.
Konstaterade fall av B.1.351 och P.1 utifrån helgenomsekvensering
Till och med vecka 10 har:
- 257 fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
- 17 fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
Nämnardata helgenomsekvensering (senaste uppdatering 2021-03-25)
Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 10, är 12 361.