B.1.1.7 virusvariant av särskild betydelse som först upptäcktes i Storbritannien
Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y i kombination med A570D alternativt Y144DEL)
Resultat från vecka 9 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 16 och 72 %. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte ett geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen misstänkt B.1.1.7 bland proverna som analyserats med typnings-PCR anges nedan i tabell 1 och tabell 2. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För vissa regioner saknas resultat för vissa veckor på grund av byte av laboratorium.
Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering förutsatt att virusnivåerna i provet är tillräckligt höga.
| Region | Vecka 5&6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) | Vecka 9, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI) |
|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 (0–3) | 3,3 (0,4–11,5) | 11 (6–19) | 50 (41–58) |
| Dalarna | 18 (13–25) | 22 (16–28) | 42 (35–50) | 57 (52–62) |
| Gävleborg | 22 (19–24) | 45 (41–49) | 60 (57–64) | 72 (69–75) |
| Halland | 20 (18–23) | 31 (28–34) | 51 (47–54) | 58 (54–62) |
| Jämtland/ Härjedalen | 20 (12–30) | 27 (21–34) | 50 (42–58) | 56 (50–61) |
| Jönköping | 16 (13–20) | 35 (30–40) | 39 (33–45) | 66 (62–71) |
| Kalmar | 23 (18–29) | 43 (36–50) | 49 (43–55) | 71 (65–77) |
| Kronoberg | 2,7 (1,2–5,1) | 5 (3–8) | 6 (3–9) | 16 (12–22) |
| Norrbotten | 6 (4–8) | 14 (10–20) | 11 (9–15) | – |
| Skåne | 16 (14–17) | 25 (24–27) | 32 (30–35) | 50 (48–53) |
| Stockholm | 27 (24–31) | 41 (37–45) | 53 (49–58) | 66 (61–70) |
| Sörmland | 8 (6–10) | 22 (18–26) | 37 (33–41) | 48 (43–52) |
| Uppsala | 9 (6–13) | 13 (8–21) | 56 (46–65) | 51 (46–57) |
| Värmland | 12 (8–19) | 17 (12–23) | 26 (20–33) | 46 (40–51) |
| Västernorrland | 5 (3–9) | 19 (15–24) | 40 (33–46) | 68 (62–73) |
| Västmanland | 11 (9–15) | 19 (14–24) | 25 (20–31) | 40 (34–46) |
| Västra Götaland | 24 (23–26) | 36 (34–37) | 47 (45–48) | 57 (55–59) |
| Örebro | 8 (5–12) | 31 (23–39) | 40 (33–48) | 61 (54–68) |
| Östergötland | 18 (14–23) | 13 (8–22) | – | – |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
| Region | Vecka 5&6, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7 | Vecka 9, antal misstänkt B.1.1.7 |
|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 | 2 | 11 | 65 |
| Dalarna | 37 | 42 | 73 | 227 |
| Gävleborg | 215 | 335 | 572 | 681 |
| Halland | 154 | 256 | 448 | 387 |
| Jämtland/ Härjedalen | 17 | 52 | 77 | 166 |
| Jönköping | 71 | 113 | 112 | 317 |
| Kalmar | 55 | 81 | 139 | 149 |
| Kronoberg | 9 | 12 | 20 | 39 |
| Norrbotten | 28 | 32 | 51 | – |
| Skåne | 545 | 531 | 590 | 744 |
| Stockholm | 203 | 231 | 259 | 324 |
| Sörmland | 41 | 82 | 212 | 246 |
| Uppsala | 31 | 16 | 68 | 174 |
| Värmland | 18 | 32 | 49 | 146 |
| Västernorrland | 17 | 66 | 88 | 211 |
| Västmanland | 57 | 52 | 62 | 123 |
| Västra Götaland | 1 195 | 1 325 | 1 744 | 1 806 |
| Örebro | 16 | 42 | 68 | 134 |
| Östergötland | 63 | 14 | – | – |
Figur 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-9.
Konstaterade fall av B.1.1.7 utifrån helgenomsekvensering
3 483 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.
B.1.351 och P.1 virusvarianter av särskild betydelse som först upptäcktes Sydafrika respektive Brasilien
Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR
Resultat från vecka 9 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0 och 20 procent. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen möjliga övriga VOC bland av analyserade prover anges nedan i tabell 3 och 4. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För vissa regioner saknas resultat för vissa veckor på grund av byte av laboratorium.
Då N501Y förekommer bland annat i B.1.351 och P.1 virusvarianterna tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.
| Region | Vecka 5&6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) | Vecka 9, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI) |
|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 (0–3) | 0 (0–6) | 1 (0–5,5) | 3,8 (1,3–8,7) |
| Dalarna | 6 (4–11) | 4,1 (1,8–8) | 15 (10–21) | 20 (16–24) |
| Gävleborg | 0,2 (0–0,7) | 0 (0–0,5) | 0,2 (0–0,8) | 0,6 (0,2–1,4) |
| Halland | 0 (0–0,5) | 0,5 (0,1–1,2) | 0,8 (0,3–1,6) | 0,7 (0,2–1,7) |
| Jämtland/ Härjedalen | 0 (0–4,2) | 1,6 (0,3–4,5) | 1,9 (0,4–5,6) | 1,7 (0,5–3,9) |
| Jönköping | 0,2 (0–1,3) | 0 (0–1,1) | 0,3 (0–1,9) | 0,4 (0,1–1,5) |
| Kalmar | 0 (0–1,5) | 0 (0–1,9) | 0,4 (0–2) | 0 (0–1,7) |
| Kronoberg | 1,2 (0,3–3) | 2,7 (1,1–5,5) | 1,4 (0,4–3,2) | 10 (6–14) |
| Norrbotten | 0 (0–0,7) | 0 (0–1,7) | 0 (0–0,8) | – |
| Skåne | 0 (0–1) | 1 (0–1) | 1 (0–1) | 0,2 (0–0,6) |
| Stockholm | 3 (2–5) | 6 (4–8) | 6 (4–9) | 5 (4–8) |
| Sörmland | 1,7 (0,8–3,2) | 3 (1–5) | 2 (1–3) | 0,8 (0,2–2) |
| Uppsala | 0,3 (0–1,6) | 0,8 (0–4,6) | 1,6 (0,2–5,8) | 10 (7–14) |
| Värmland | 4,8 (1,9–9,6) | 8 (5–13) | 6 (3–11) | 8 (5–11) |
| Västernorrland | 0 (0–1,2) | 0,3 (0–1,6) | 0,9 (0,1–3,2) | 0 (0–1,2) |
| Västmanland | 2 (1–4) | 2,9 (1,2–5,6) | 2 (0,7–4,6) | 10 (7–14) |
| Västra Götaland | 2 (2–2) | 3 (3–4) | 4 (3–4) | 4 (4–5) |
| Örebro | 2,9 (1,1–6,1) | 2,9 (0,8–7,3) | 5,3 (2,4–9,8) | 3,2 (1,3–6,5) |
| Östergötland | 0,3 (0–1,6) | 0 (0–3,5) | – | – |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
| Region | Vecka 5&6, antal möjlig annan VOC | Vecka 7, antal möjlig annan VOC | Vecka 8, antal möjlig annan VOC | Vecka 9, antal möjlig annan VOC |
|---|---|---|---|---|
| Blekinge | 0 | 0 | 1 | 5 |
| Dalarna | 13 | 8 | 25 | 79 |
| Gävleborg | 2 | 0 | 2 | 6 |
| Halland | 0 | 4 | 7 | 5 |
| Jämtland/ Härjedalen | 0 | 3 | 3 | 5 |
| Jönköping | 1 | 0 | 1 | 2 |
| Kalmar | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Kronoberg | 4 | 7 | 5 | 23 |
| Norrbotten | 0 | 0 | 0 | – |
| Skåne | 17 | 16 | 12 | 3 |
| Stockholm | 23 | 31 | 30 | 27 |
| Sörmland | 9 | 10 | 11 | 4 |
| Uppsala | 1 | 1 | 2 | 34 |
| Värmland | 7 | 15 | 11 | 25 |
| Västernorrland | 0 | 1 | 2 | 0 |
| Västmanland | 10 | 8 | 5 | 32 |
| Västra Götaland | 92 | 130 | 136 | 132 |
| Örebro | 6 | 4 | 9 | 7 |
| Östergötland | 1 | 0 | – | – |
*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.
Figur 2: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-9.
Konstaterade fall av B.1.351 och P.1 utifrån helgenomsekvensering
- 170 fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
- 8 fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
Nämnardata helgenomsekvensering
Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 9, är 11 638.