B.1.1.7 virusvariant av särskild betydelse som först upptäcktes i Storbritannien

Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y i kombination med A570D alternativt Y144DEL)

Resultat från vecka 9 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 16 och 72 %. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte ett geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen misstänkt B.1.1.7 bland proverna som analyserats med typnings-PCR anges nedan i tabell 1 och tabell 2. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För vissa regioner saknas resultat för vissa veckor på grund av byte av laboratorium.

Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering förutsatt att virusnivåerna i provet är tillräckligt höga.

Tabell 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner vecka 5-9
RegionVecka 5&6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 9, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)
Blekinge 0 (0–3) 3,3 (0,4–11,5) 11 (6–19) 50 (41–58)
Dalarna 18 (13–25) 22 (16–28) 42 (35–50) 57 (52–62)
Gävleborg 22 (19–24) 45 (41–49) 60 (57–64) 72 (69–75)
Halland 20 (18–23) 31 (28–34) 51 (47–54) 58 (54–62)
Jämtland/ Härjedalen 20 (12–30) 27 (21–34) 50 (42–58) 56 (50–61)
Jönköping 16 (13–20) 35 (30–40) 39 (33–45) 66 (62–71)
Kalmar 23 (18–29) 43 (36–50) 49 (43–55) 71 (65–77)
Kronoberg 2,7 (1,2–5,1) 5 (3–8) 6 (3–9) 16 (12–22)
Norrbotten 6 (4–8) 14 (10–20) 11 (9–15)
Skåne 16 (14–17) 25 (24–27) 32 (30–35) 50 (48–53)
Stockholm 27 (24–31) 41 (37–45) 53 (49–58) 66 (61–70)
Sörmland 8 (6–10) 22 (18–26) 37 (33–41) 48 (43–52)
Uppsala 9 (6–13) 13 (8–21) 56 (46–65) 51 (46–57)
Värmland 12 (8–19) 17 (12–23) 26 (20–33) 46 (40–51)
Västernorrland 5 (3–9) 19 (15–24) 40 (33–46) 68 (62–73)
Västmanland 11 (9–15) 19 (14–24) 25 (20–31) 40 (34–46)
Västra Götaland 24 (23–26) 36 (34–37) 47 (45–48) 57 (55–59)
Örebro 8 (5–12) 31 (23–39) 40 (33–48) 61 (54–68)
Östergötland 18 (14–23) 13 (8–22)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 2: Antal misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner vecka 5-9.
RegionVecka 5&6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 9, antal misstänkt B.1.1.7
Blekinge 0 2 11 65
Dalarna 37 42 73 227
Gävleborg 215 335 572 681
Halland 154 256 448 387
Jämtland/ Härjedalen 17 52 77 166
Jönköping 71 113 112 317
Kalmar 55 81 139 149
Kronoberg 9 12 20 39
Norrbotten 28 32 51
Skåne 545 531 590 744
Stockholm 203 231 259 324
Sörmland 41 82 212 246
Uppsala 31 16 68 174
Värmland 18 32 49 146
Västernorrland 17 66 88 211
Västmanland 57 52 62 123
Västra Götaland 1 195 1 325 1 744 1 806
Örebro 16 42 68 134
Östergötland 63 14

Figur 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-9.

Diagrammet visar andelen prover under vecka 5 till 9 med misstänkt förekomst av virusvarianten B.1.1.7, samt 95-procentiga konfidensintervall för andelen i  Gävleborg, Skåne, Västmanland, Västra Götaland, Örebro, Blekinge, Dalarna, Halland, Jämtland Härjedalen, Jönköping, Kalmar, Kronoberg, Norrbotten, Stockholm, Sörmland, Uppsala, Värmland, Västernorrland, Östergötland.

Konstaterade fall av B.1.1.7 utifrån helgenomsekvensering

3 483 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.

B.1.351 och P.1 virusvarianter av särskild betydelse som först upptäcktes Sydafrika respektive Brasilien

Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR

Resultat från vecka 9 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0 och 20 procent. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen möjliga övriga VOC bland av analyserade prover anges nedan i tabell 3 och 4. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För vissa regioner saknas resultat för vissa veckor på grund av byte av laboratorium.

Då N501Y förekommer bland annat i B.1.351 och P.1 virusvarianterna tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.

Tabell 3: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5-9.
RegionVecka 5&6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 9, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)
Blekinge 0 (0–3) 0 (0–6) 1 (0–5,5) 3,8 (1,3–8,7)
Dalarna 6 (4–11) 4,1 (1,8–8) 15 (10–21) 20 (16–24)
Gävleborg 0,2 (0–0,7) 0 (0–0,5) 0,2 (0–0,8) 0,6 (0,2–1,4)
Halland 0 (0–0,5) 0,5 (0,1–1,2) 0,8 (0,3–1,6) 0,7 (0,2–1,7)
Jämtland/ Härjedalen 0 (0–4,2) 1,6 (0,3–4,5) 1,9 (0,4–5,6) 1,7 (0,5–3,9)
Jönköping 0,2 (0–1,3) 0 (0–1,1) 0,3 (0–1,9) 0,4 (0,1–1,5)
Kalmar 0 (0–1,5) 0 (0–1,9) 0,4 (0–2) 0 (0–1,7)
Kronoberg 1,2 (0,3–3) 2,7 (1,1–5,5) 1,4 (0,4–3,2) 10 (6–14)
Norrbotten 0 (0–0,7) 0 (0–1,7) 0 (0–0,8)
Skåne 0 (0–1) 1 (0–1) 1 (0–1) 0,2 (0–0,6)
Stockholm 3 (2–5) 6 (4–8) 6 (4–9) 5 (4–8)
Sörmland 1,7 (0,8–3,2) 3 (1–5) 2 (1–3) 0,8 (0,2–2)
Uppsala 0,3 (0–1,6) 0,8 (0–4,6) 1,6 (0,2–5,8) 10 (7–14)
Värmland 4,8 (1,9–9,6) 8 (5–13) 6 (3–11) 8 (5–11)
Västernorrland 0 (0–1,2) 0,3 (0–1,6) 0,9 (0,1–3,2) 0 (0–1,2)
Västmanland 2 (1–4) 2,9 (1,2–5,6) 2 (0,7–4,6) 10 (7–14)
Västra Götaland 2 (2–2) 3 (3–4) 4 (3–4) 4 (4–5)
Örebro 2,9 (1,1–6,1) 2,9 (0,8–7,3) 5,3 (2,4–9,8) 3,2 (1,3–6,5)
Östergötland 0,3 (0–1,6) 0 (0–3,5)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 4. Antal möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5-9.
RegionVecka 5&6, antal möjlig annan VOCVecka 7, antal möjlig annan VOCVecka 8, antal möjlig annan VOCVecka 9, antal möjlig annan VOC
Blekinge 0 0 1 5
Dalarna 13 8 25 79
Gävleborg 2 0 2 6
Halland 0 4 7 5
Jämtland/ Härjedalen 0 3 3 5
Jönköping 1 0 1 2
Kalmar 0 0 1 0
Kronoberg 4 7 5 23
Norrbotten 0 0 0
Skåne 17 16 12 3
Stockholm 23 31 30 27
Sörmland 9 10 11 4
Uppsala 1 1 2 34
Värmland 7 15 11 25
Västernorrland 0 1 2 0
Västmanland 10 8 5 32
Västra Götaland 92 130 136 132
Örebro 6 4 9 7
Östergötland 1 0

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Figur 2: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-9.

Diagrammet visar andelen prover under vecka 5 till 9 med möjlig förekomst av virusvarianter av särskild betydelseexklusive B.1.1.7, samt 95-procentiga konfidensintervall för andelen i  Gävleborg, Skåne, Västmanland, Västra Götaland, Örebro, Blekinge, Dalarna, Halland, Jämtland Härjedalen, Jönköping, Kalmar, Kronoberg, Norrbotten, Stockholm, Sörmland, Uppsala, Värmland, Västernorrland, Östergötland.

Konstaterade fall av B.1.351 och P.1 utifrån helgenomsekvensering

  • 170 fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
  • 8 fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 9, är 11 638.