Analys av arvsmassan av SARS-CoV-2 med helgenomsekvensering

Undersökningarna syftar bland annat till att analysera smittans utbredning i Sverige och vilka genetiska grupper som cirkulerar. Genom att analysera arvsmassan i prov med SARS-CoV-2 från svenska fall och jämföra dessa med fall från övriga världen kan förståelsen för hur covid-19 introducerades i landet öka.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 1

Den första genetiska karakteriseringen av SARS-CoV-2 i Sverige fokuserade på de genetiska grupper som identifierats under den tidiga fasen, 31 januari 2020 när landets första fall av covid-19 diagnosticerades, till och med den 15 mars 2020 då samhällssmitta av covid-19 hade konstaterats i Sverige. Två eller tre huvudsakliga genetiska grupper av viruset identifierades bland resenärer från flera olika europeiska länder och USA redan i slutet av februari och i början av mars. Det är alltså troligt att smittan kommit in i Sverige från flera olika länder och att den spreds i dessa länder tidigare än vad som först rapporterats. Smittan introducerades sannolikt i landet vid ett flertal tillfällen.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 2

I den andra genetiska karakteriseringen stärks slutsatserna från första rapporten. Tre genetiska grupper etablerade sig i Sverige vid utbrottets start, varav främst två fortsätter att spridas. Dessa genetiska grupper har vissa skillnader med de varianter av dem som importerades från Italien och Österrike, vilket stärker hypotesen att ett flertal separata introduktioner skedde in i landet. Slutligen kan man fortsatt se en spridning av främst två av de genetiska grupperna givet resultat från sekvensering av prover från sentinelövervakningen.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 3

Det här är den tredje delen i rapportserien och täcker veckorna 24-44 2020. Rapporten innehåller en genomgång av läget globalt, i Europa och i Sverige avseende övervakningen av genetiska grupper. Rapporten visar fördelningen av genetiska grupper över tid samt analyserar förändringar av genetiska grupper i Sverige i relation till omvärlden. Spridningen av genetiska grupper i Sverige följer i stort den i Europa. Den genetiska gruppen B.1, som var en av de första genetiska grupper som rapporterades i Sverige, har nu minskat. Den genetiska gruppen B.1.1, som även den introducerades tidigt under året, fortsatte under perioden att utgöra en ansenlig del av de sekvenserade proverna. I Sverige ses även tre genetiska grupper som skiljer sig från de andra genetiska grupperna som sprids i Europa och globalt; B.1.1.302, B.1.227 och B.1.1.261. I slutet av perioden finns enbart B.1.1.302 av dessa tre genetiska grupper kvar.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 4

Den fjärde delen av rapportserien om genetisk karakterisering av SARS-CoV-2 i Sverige omfattar vecka 45, 2020 till vecka 14, 2021. Under denna period har övervakningsprogrammet för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 utökats till att omfatta 10 procent av de positiva proverna. Under slutet av 2020 uppmärksammades nya virusvarianter av särskild betydelse. I rapporten beskrivs förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse enligt ECDCs definition; B.1.1.7, B.1.1.7 med mutation E484K, B.1.351 samt P.1.

Under februari börjar B.1.1.7, som först beskrevs i Storbritannien, dominera i Sverige. Övriga varianter av betydelse håller sig på en låg nivå under perioden.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 5

Den femte delen i rapportserien om genetisk karakterisering av SARS-CoV-2 i Sverige omfattar vecka 15 till 22, 2021. Övervakningsprogrammet för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 omfattar minst 10 procent av de positiva proverna per vecka och region. I rapporten beskrivs förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse enligt ECDCs definition; B.1.1.7 (alfa), B.1.1.7 med mutation E484K, B.1.351 (beta), P.1 (gamma) samt B.1.617.2 (delta).

Under perioden fortsätter B.1.1.7 (alfa) att dominera och de övriga genetiska grupperna B.1.351 (beta), B.1.1.7 med E484K samt P.1 (gamma) förekommer fortsatt på låga nivåer. De första fallen av inhemsk och importerad B.1.617.2 (delta) påvisas i slutet av perioden.

Helgenomsekvensering av svenska SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, del 6

Den sjätte delen i rapportserien om genetisk karakterisering av SARS-CoV-2 i Sverige omfattar vecka 23 till 33, 2021. I rapporten beskrivs förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse enligt ECDCs definition under rapportperioden; B.1.1.7 (alfa), B.1.1.7 med mutation E484K, B.1.351 (beta), P.1 (gamma) samt B.1.617.2 (delta). B.1.1.7 (alfa) som dominerade under våren och i början av perioden ersätts av B.1.617.2 (delta) som mot slutet av perioden helt dominerar både i prover från inhemskt smittade och utlandsresenärer. Övriga virusvarianter av särskild betydelse rapporteras enbart i ett mindre antal fall.