Instruktion till laboratorier för insändande av prover för sekvensering och typning av SARS-CoV-2
Sekvensering och genetisk typning av SARS-CoV-2 görs av Folkhälsomyndigheten vid specifika frågeställningar som kräver djupare sekvensanalys.
- Ct 30 eller lägre (tillräckligt höga virusnivåer i provet) krävs normalt för att WGS ska utföras.
- Använd E-remiss. Det är viktigt att kryssa i frågeställning för sekvensering enligt definitionerna nedan samt att ange relevant tillgänglig klinisk information (Anamnes-uppgifter) under ”Övrig information”.
E-remiss SARS-Cov-2 (covid 19) sekvensering eller typnings-PCR (corona.infosolutions.se)
| Frågeställning | Beskrivning | Anamnes-uppgifter |
|---|---|---|
| Reinfektion | Två prover från samma patient med >3 månader mellan. | Insjuknandedatum och symtom samt information om vilka prover som skall analyseras tillsammans. |
| Utbrottsutredning/ Smittspårning | Detaljerad utredning av möjliga smittsamband. Oftast räcker ett begränsat antal prover från ett utbrott. | Utbrottsanalys utförs med SNP analys (single nucleotide polymorphism). Ange information om vilka prover som skall analyseras tillsammans. |
| Riktad insamling | Undersökning av utvalda prover. | Ange orsak till riktad insamling. |