Uppdaterad 17 oktober 2019

Sekvensering av 16S med NGS

2017-06-21: Folkhälsomyndigheten erbjuder från och med juni 2017 massiv parallellsekvensering (NGS) av genen som kodar för den ribosomala RNA-strukturen 16S (16SrRNA-genen) för artidentifikation av bakterier.

Sekvensering av 16S för identifiering av flera olika bakterier i samma prov.

Metoden sekvenserar de variabla regionerna V3-V4 i 16SrRNA-genen med ett 460 bp långt fragment och klarar tack vare stort sekvenseringsdjup av att identifiera flera olika bakterier i samma prov. Metoden använder en intern kontrollsekvens som underlättar bedömning av lågpositiva och negativa prover och som ger en indikation på halten bakterier i provmaterialet. Provmaterial som tas emot är endast extraherat DNA, från både uppodlade bakterier och från alla typer av kliniska material.

Kontakta Folkhälsomyndigheten inför första analysomgången för prisuppgift och instruktioner.