Nationella referenslaboratorier för vissa fästingburna bakterier
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.
Ansvarigt laboratorium
Akademiska sjukhuset
- Avdeling: Klinisk Mikrobiologi
- Sektionschef: Johan Lindh
Kompletterande laboratorier
Region Jönköpings län
- Avdelning: Klinisk mikrobiologi
- Verksamhetschef: Hanna Odén Poulsen
Sahlgrenska universitetssjukhuset
- Avdelning: Klinisk mikrobiologi
- Verksamhetschef: Peter Brodin
Omfattning
Rickettsia-arter, Neoehrlichia mikurensis, Anaplasma phagocytophilum, Borrelia miyamotoi, Spiroplasma ixodetis och bevakning av ”uppkommande” bakteriella fästingburna patogener.
Fördelning av uppdrag
Vid frågor kontaktas huvudansvarigt NRL vid behov primärt. Om utredningen berör kompletterande NRL, hänvisas specifika frågor dit. Samtliga tre laboratorier kan företräda den nationella referensfunktionen.
Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset har huvudansvar för serologisk, molekylärbiologisk och odlingsbaserad diagnostik av Rickettsia-arter.
Klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska universitetssjukhuset har huvudansvar för Neoehrlichia mikurensis och Spiroplasma ixodetis samt molekylär diagnostik av Anaplasma phagocytophilum.
Klinisk mikrobiologi, Region Jönköpings län har huvudansvar för Borrelia miyamotoi och serologisk diagnostik av Anaplasma phagocytophilum.
Kontaktuppgifter och tillgänglighet
Akademiska sjukhuset
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kontaktinformation (akademiska.se)
Ledare av NRL: Kenneth Nilsson, docent, överläkare.
kenneth.l.nilsson@akademiska.se
Sahlgrenska universitetssjukhuset
Kundtjänst för Klinisk mikrobiologi: Vardagar klockan 08:00-17:00 samt helgdagar klockan 08:00-14:00 på telefon 031-342 49 45 eller epost (ange ämne Referensdiagnostik Borrelia).
Ledare för NRL: Christine Wennerås, professor, överläkare.
christine.wenneras@microbio.gu.se
Region Jönköpings län, Klinisk mikrobiologi
Kundtjänst för Klinisk mikrobiologi: Helgfri måndag-fredag klockan 08:00-16.30 på telefon 010-242 20 00 eller epost (ange ämne Referensdiagnostik Borrelia).
Ledare för NRL: Anna J Henningsson, docent, överläkare.
anna.jonsson.henningsson@rjl.se
Referensdiagnostik
| Analys | Lab | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|---|
| Antikroppspåvisning (IFA, IgG/IgM) mot Rickettsia arter (serum/plasma) | Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset | 1-4 dagar | 1 238 kr (619 kr/ antikroppsklass) |
| PCR för Rickettsia arter (cerebrospinalvätska/ ledvätska/ punktat/ buffy coat/ sår-sekret/ vävnadsbiopsi) | Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset | 1-4 dagar | 526 kr |
| Isolering av Rickettsia arter i cell-kultur (efter föregående kontakt med labbet) | Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset | 1-4 dagar | Ej fastställt |
| PCR för Anaplasma phagocytophilum (EDTA-blod) | Klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska sjukhuset | 1-7 dagar | 665 kr |
| PCR för Neoehrlichia mikurensis (EDTA-blod) | Klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska sjukhuset | 1-7 dagar | 665 kr |
| 16SrRNA PCR med efterföljande Sanger-sekvensering för Spiroplasma ixodetis och andra svårodlade fästingburna bakterier (EDTA-blod) | Klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska sjukhuset | 1-7 dagar | 665 kr (negativt prov) |
| 16SrRNA PCR med efterföljande Sanger-sekvensering för Spiroplasma ixodetis och andra svårodlade fästingburna bakterier (EDTA-blod) | Klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska sjukhuset | 1-7 dagar | 2 256 kr (positivt prov) |
| PCR för påvisning av Borrelia miyamotoi-specifik nukleinsyra i cerebrospinalvätska, plasma eller serum: realtids-PCR (flaB-genen) | Klinisk mikrobiologi, Region Jönköping | 1-7 dagar | 807 kr |
| Antikroppspåvisning mot Anaplasma phagocytophilum: Anaplasma phagocytophilum IFA IgG Kit (Focus Diagnostics, Cypress, CA, USA) | Klinisk mikrobiologi, Region Jönköping | 1-7 dagar | 255 kr |
| Påvisning av Anaplasma phagocytophilum nukleinsyra i plasma eller helblod (EDTA): realtids-PCR (gltA-genen) |
Klinisk mikrobiologi, Region Jönköping | 1-7 dagar | 807 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-07-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM's styrgrupp.
Akademiska sjukhuset, Klinisk mikrobiologi
Analyssvar lämnas i pappersformat. Vid behov av mer brådskande svar kan laboratoriets kundtjänst kontaktas på 018-611 39 16.
Sahlgrenska sjukhuset, Klinisk mikrobiologi
Provsvar levereras normalt i pappersformat. Provsvar kan även faxas eller skickas digitalt för kunder som har avtal med Sahlgrenska sjukhuset.
Region Jönköping,
Analyssvar lämnas i nuläget i pappersformat.
Referensmaterial
Akademiska Sjukhuset
Kontrollmaterial för molekylärbiologisk och serologisk diagnostik kan efter överenskommelse tillhandahållas i begränsad omfattning.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Material innehållande DNA från Neoehrlichia mikurensis kan tillhandahållas efter överenskommelse. Tillgången är begränsad.
Region Jönköping
Avidentifierade prover (serum/DNA) kan tillhandahållas efter överenskommelse för t.ex. valideringar och kontrollmaterial. Tillgången är begränsad.
Expertstöd
Akademiska Sjukhuset
Expertstöd vid diagnostik av infektioner orsakade av Rickettsia arter.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Expertstöd vid diagnostik av infektioner orsakade av eoehrlichia mikurensis, Anaplasma phagocytophilum och Spiroplasma ixodetis.
Region Jönköping
Expertstöd vid primärdiagnostik av infektioner orsakade av Borrelia miyamotoi och Anaplasma phagocytophilum.
Utveckling och samverkan
Akademiska Sjukhuset
Aktiv forskning och utveckling pågår rörande diagnostik och frågeställningar kring Rickettsia-arters förekomst och manifestationer. Deltar i skandinaviska och internationella nätverk samt samarbetsprojekt med fokus på olika aspekter av fästingburna infektioner.
Sahlgrenska Universitetssjukhuset
Aktiv forskning och utveckling rörande diagnostik och grundläggande frågeställningar kring neoehrlichios. Omfattande nationell samverkan kring fästingburna infektioner. Deltar i skandinaviska och europeiskt nätverk samt samarbetsprojekt med fokus på olika aspekter av fästingburna infektioner inklusive deltagande i EU-Interreg-projektet NorthTick (se nedan).
Region Jönköping
Verksamheten arbetar med att utveckla och validera nya metoder utifrån behov, själva eller i samverkan med andra laboratorier. Vi har ett omfattande skandinaviskt och europeiskt nätverk, bl a inom EU-Interreg-projektet NorthTick (fram till våren 2023) där vi samverkar med laboratorier i sju länder runt Nordsjön, i frågor gällande diagnostik, behandling och prevention samt forskning om fästingburna infektioner.
Omvärldsbevakning och beredskap
Genom forskning och aktivt deltagande i skandinaviska och europeiska nätverk, konferensdeltagande och litteraturbevakning håller vi oss uppdaterade om utbredning och nya riskområden för olika fästingburna agens och följer utvecklingen inom diagnostik och behandling. Inom de europeiska nätverksprojekten deltar vi i screening av fästingar och vektorer för såväl vårt lands nya fästingarter, nya bakteriella patogener och nya transmissionsvägar. Detta kompletteras av epidemiologisk övervakning av ”nya” infektioner.
Vi har lång erfarenhet av användning av 16SrRNA-PCR följt av traditionell Sanger-sekvensering för att påvisa med gängse teknik normalt icke-odlingsbara bakteriella patogener i såväl blod som i likvor. Vi har även kunskap kring och tillgång till olika NGS-plattformar, inklusive Genomisk 10x-Chromium-teknologi som bidrog till framgångsrik de novo sekvensering av Neoehrlichia mikurensis, som är ett typexempel av en nyuppkommen (år 2010), svårodlad fästingburen bakteriell patogen.