Ehec-diagnostik: från påvisning till isolering

Publicerad: 8 januari 2019Uppdaterad: -Folkhälsomyndigheten

Sammanfattning

Denna rapport sammanfattar utfallet av en enkätundersökning gällande hur ehec-diagnostik bedrivs vid landets kliniska mikrobiologiska laboratorier från påvisning till isolering. Undersökningen genomfördes i april 2018. Sju kliniska mikrobiologiska laboratorier i Sverige svarade på enkäten. Precis som vid en tidigare enkätundersökning 2015 varierade både kriterierna för när prov analyserades för ehec och hur man metodologiskt gick tillväga från påvisning till isolering.

Tre av sju laboratorier hade en multiplex-PCR direkt på feces för diagnostik av bakteriella fecespatogener och i denna PCR-panel ingick ehec. Kommersiell direkt-PCR-panel kunde inte särskilja stx1 från stx2. Utfallet av stx-gen kan ha betydelse för patientuppföljning varför särskiljning av stx1 och stx2 i det initiala PCR-steget kan leda till snabbare beslut hur denna uppföljning bör ske. Vid allvarlig klinisk bild är dock typ av stx-gen av underordnad betydelse. Fyra av sju laboratorier utförde ehec-analys endast på vissa prover, samtliga fyra om beställaren begärt analysen. Dessutom användes olika selektionskriterier för när ehec-analys läggs till.

Utvecklingen går mot att ehec-diagnostiken kommer att vara en del av rutinmässiga fecesdiagnostiken vid majoriteten av landets laboratorier. Indikation och klinisk bild bör då vara tydliga för de som analyserar prov såväl som för de som tolkar och bedömer relevansen av provsvaret.

Att isolera ehec efter positiv PCR är viktigt för vidare karaktärisering och typning, vilket i sin tur är viktigt för att upptäcka och hantera utbrott, samt för mikrobiell övervakning nationellt och internationellt. Isolering efter positiv PCR har bäst förutsättningar vid användningen av selektiva odlingsmedier. Flertalet selektiva medier finns att tillgå, men en begränsning finns i hur många som resursmässigt kan användas vid rutindiagnostik. Transport av prov bör ske skyndsamt så eventuell överväxt av normalflora inte sker i provet. Att plocka och vidare analysera många kolonier påverkar ytterligare möjligheten till isolering. Ct-värde samt typ av stx-gen men även andra faktorer såsom allvarlighet i sjukdomsförlopp kan användas som underlag för bedömning av hur mycket resurser som ska åtgå för isolering.

Summary

This report summarizes the outcome of a survey on how STEC diagnostics is conducted at Sweden’s clinical microbiological laboratories. The study was conducted in April 2018. Seven clinical microbiological laboratories with experience in diagnostics of STEC including isolation responded to the survey. In line with a previous survey in 2015, both the criteria for when examining samples for STEC varied greatly, in addition to the methodology used from detection to isolation.

Three out of seven laboratories had a direct multiplex PCR and in this panel STEC was included. The remaining laboratories analyzed the samples for STEC according to specific criteria and/or indications. In commercial multiplex-PCR panels, no distinction was made between stx1 and stx2 respectively. Type of stx gene gives indication on strategy for patient follow-up, why the distinction of stx1 and stx2 in the initial PCR step can lead to faster decision on patients follow-up. However, in the case of a serious illness, the type of stx gene is of secondary importance. Four out of seven laboratories did not in their routine feces analysis scheme analyse for STEC. This analyse was only performed according to specific criteria.

STEC analysis will probably be part of routine feces diagnostics at the majority of the country's laboratories in the future. Thereby, it is important that involved parties who analyze, interpret and assess the relevance of the outcome of the tests are informed regarding the indications on sample taken and the clinical picture.

Isolation of STEC after positive PCR is most effectively done by using selective culture media. There are numerous selective media available, but there is a limit to how many different types that can used for routine diagnostics. Transport of samples should be done promptly so that any overgrowth of, for example, normal flora does not occur within the sample. The amount of colonies picked further affects the ability to isolate. Setting a limit for the Ct value and type of stx gene may be relevant for assessing the amount of resources to be used for isolation, which may also vary according to the specific situation.

Om publikationen

I Sverige finns inga nationella riktlinjer för hur ehec-diagnostiken vid de kliniska mikrobiologiska laboratorierna bör utföras. Snabb och korrekt diagnostik av ehec är viktigt för handläggningen av den enskilda patienten, men även för att identifiera utbrott. Denna rapport sammanfattar utfallet av en enkätundersökning som utfördes i april 2018 gällande hur ehec-diagnostik bedrivs vid landets kliniska mikrobiologiska laboratorier, från påvisning till isolering. Syftet med rapporten är att utgöra underlag till Folkhälsomyndigheten och smittskyddsenheter i tolkningen av antalet anmälda fall av ehec samt att belysa och diskutera svårigheter med ehec-diagnostik. Den kan också utgöra underlag till kliniska mikrobiologiska laboratorier när förändring eller uppstart av ehec-diagnostik ska ske.

Enkätundersökningen och rapporten har genomförts av Lisa Vennberg, ST-läkare i klinisk mikrobiologi med sidoutbildning på Folkhälsomyndigheten våren 2018, Region Örebro Län samt Cecilia Jernberg vid enheten för laborativ bakterieövervakning.

Folkhälsomyndigheten

Sara Byfors Enhetschef, Laborativ bakterieövervakning

Bakgrund

Smittämnet

Med begreppet ehec avses Escherichia coli (E. coli) som har förmåga att producera shigatoxin och framkalla blodig diarré hos människa. Sjukdomsbilden vid infektion med ehec kan dock variera från mild diarré till livshotande sjukdom. I typfallet insjuknar den smittade med buksmärtor och vattning diarré som inom 1-2 dygn utvecklas till hemorrhagisk kolit med blodiga diarréer. Normalt läker infektionen ut inom 7-14 dagar (1-3), men i minst 3-5 % av fallen utvecklas hemorrhagiskt uremiskt syndrom (HUS) (4). Prognosen vid HUS varierar, mortaliteten är ett par procent, och upp mot 40 % utvecklar en bestående njurfunktionsnedsättning (1). Risken att utveckla HUS är störst hos små barn (1, 3). Hur länge ehec utsöndras i feces efter symptomfrihet är inte fullständigt känt, men mediandurationen förefaller vara ett par veckor (5-7). Asymtomatiskt bärarskap av ehec förekommer, men prevalensen är okänd.

Förmågan att producera shigatoxin är helt avgörande för patogeniciteten hos ehec (8). Shigatoxin delas in i två typer, shigatoxin 1 (Stx1) och shigatoxin 2 (Stx2) som kodas av generna stx1 respektive stx2 (5). Stx1 och stx2 delas vidare in i olika subtyper, stx1a, c och d samt stx2a-i (9). Generna för shigatoxin är inkorporerade i profager i bakteriens kromosomala genom. En och samma E. coli kan ha mer än en profag och därmed olika kombinationer av stx-gener (8). Förekomst av stx2 är associerad med svårare sjukdomsbild än stx1 och framför allt stx-subtypen stx2a (med eller utan stx2c) är starkt associerad med utveckling av HUS (10). En annan viktig virulensfaktor hos ehec är intimin som kodas av eae-genen och medierar vidhäftning till tarmepitelet. Kombinationen av stx2 och eae är mycket starkt kopplad till blodig diarré och HUS-utveckling och ehec som varken har stx2 eller eae är endast sporadiskt associerade med HUS, med få undantag. (10).

Liksom övriga E. coli kan ehec delas in i olika serotyper utifrån vilka ytstrukturer bakterien har. Över 100 olika serotyper av ehec har associerats med infektion hos människa (11). I Sverige rapporteras drygt 500 ehec-fall per år hos människa, varav 50-60 % är inhemskt smittade. Majoriteten av fallen är sporadiska och en tydlig säsongsvariation finns med störst andel fall under sommar och höst. Högst incidens ses i åldersgruppen 1-4 år (12). Sedan 2009 orsakas majoriteten av ehec-fallen i Sverige av andra serogrupper än O157 som dominerade före 2009 (12), en dominans som bland annat kan bero av odlingspåvisningsmetodiken tidigare varit anpassad just för denna typ.

Ehec är en anmälningspliktig och smittspårningspliktig sjukdom (13). Påvisning av shigatoxin-gener i ett kliniskt prov uppfyller den rekommenderade falldefinitionen vid anmälan enligt i Smittskyddslagen, oavsett isolering av ehec-bakterien eller inte (14).

Diagnostik

Odling

Diagnostik av ehec med odling är förknippad med vissa svårigheter då ehec måste urskiljas från andra E. coli och övriga bakterier i tarmfloran. Inget enskilt odlingsmedium kan urskilja alla serotyper av ehec.

Det mest använda odlingsmediet är Sorbitol-MacConkey agar (SMAC) som innehåller sorbitol istället för laktos. Ehec O157:H7 har en begränsad förmåga att fermentera sorbitol till skillnad från majoriteten av E. coli i normalfloran och växer därför med ofärgade/bleka kolonier på SMAC (15,16), vilket även hafnia, morganella och proteus gör (16). Även vissa typer av ehec, t ex O117, växer med bleka kolonier på denna platta. SMAC finns med tillsats av cefixim för att hämma proteus, och kaliumtellurit (CT-SMAC) för att öka isoleringsfrekvensen av ehec O157:H7 då telluritresistens är starkt kopplad till ehec-stammar med denna serotyp (5, 15). Begränsningen med SMAC är att de flesta icke-O157 ehec liksom sorbitolpositiva O157:H7 och O157:H- är svårdetekterade då dessa inte kan särskiljas från normalfloran.

Den ökande kunskapen om att andra serotyper än O157:H7 kan orsaka allvarlig sjukdom har medfört att kromogena agar som kan detektera fler serotyper har utvecklats. CHROMagar™ STEC använder sig av multipla enzymatiska reaktioner för att producera kromogena indikatorer och utger sig för att kunna detektera majoriteten av STEC-serotyper, däribland de viktiga serogrupperna O157, O26, O45, O111, O121 och O145. (17). Odlingsmedier där E. coli generellt växer bra och är lätt att identifiera såsom Cystine-lactose-electrolyte-deficient agar (CLED) eller UriSelect™ kan även användas, men på dessa medier ses ingen skillnad i kolonimorfologi mellan ehec och övriga E. coli, dock kan PCR från primärstryk göras för att påvisa stx-gener och därmed förekomst av ehec i provet.

Anrikning

Vid en infektion avtar mängden ehec i feces snabbt och kan utgöra mindre än 1 % av floran (5). Anrikning i till exempel buffrat peptonvatten kan användas för att öka känsligheten i det efterföljande analyssteget som kan vara PCR eller odling. Principen är att Enterobacteriaceae växer snabbare än många andra bakterier i tarmfloran (16).

Molekylärbiologiska metoder

Då falldefinitionen av ehec innefattar förmåga att producera shigatoxin måste toxinet påvisas eller förekomst av stx-gen verifieras med PCREn mängd olika PCR-analyser har utvecklats genom åren. Med realtids-PCR kan utmärkt sensitivitet och specificitet för detektion av ehec erhållas (17). Extraherat DNA direkt från feces eller från framodlade kolonier/primärstryk används som templat. Som målgen brukar stx1 och stx2-generna användas. Ytterligare målgener för viktiga virulensfaktorer kan läggas till såsom eae (intimin) eller ehxA/hlyA (enterohemolysin). Orsaken till att majoriteten av O157:H7 saknar förmågan att spjälka sorbitol är mutationer i uidA-genen (Β-D-glukuronidas), vilket kan användas i diagnostiken (15).

Flera kommersiella PCR-analyser för ehec finns, varav några endast detekterar ehec, men mer vanligt är att ehec-analysen ingår i en multiplex PCR-panel för flera olika fecespatogener (15).

Den största fördelen med PCR är den höga sensitiviteten och specificiteten för ehec oavsett serotyp. Förekomst av virulensgener samt shigatoxintyp kan analyseras, vilket är viktigt för att identifiera stammar med hög risk för HUS-utveckling. Trots att flera kommersiella PCR-system uppvisar sensitivitet på närmare 100 % och specificitet kring 98-99 % för detektion av ehec (17) bör man beakta att prestandan hos enskilda PCR-system kan variera för olika stx-subtyper (18).

Syfte med studien

I Sverige finns idag inga nationella riktlinjer för hur ehec-diagnostiken vid kliniska mikrobiologiska laboratorier bör utföras. En enkätundersökning genomförd av Folkhälsomyndigheten 2015 visade att diagnostiken vid Sveriges kliniska mikrobiologiska laboratorier uppvisar stora variationer. Kriterier för när ehec-diagnostik utförs liksom odlingsförfarandet och algoritm för hur man försöker isolera stammen skiljde sig åt. Sedan enkätundersökningen genomfördes har Smittskyddsläkarföreningens kriterier för uppföljning av ehec-positiva individer ändrats till att nu medföra att individer i förskola eller riskyrke hanteras på olika sätt beroende på om de är stx1 eller stx2-positiva. (19, 20), vilket medför att behovet av att de PCR-metoder som används kan separera stx1 från stx2 har ökat.

Med tanke på ovanstående och som en uppföljning av enkätundersökningen från 2015 har en ny undersökning avseende den aktuella ehec-diagnostiken hos de kliniska mikrobiologiska laboratorier som utför ehec-diagnostik från detektion till isolering genomförts. Resultaten presenteras i denna rapport. Rapporten diskuterar även utmaningarna och fördelarna med ehec-diagnostik fram för allt kopplat till utvecklingen av direktpåvisning i feces med PCR som kan leda till förändring i provtagningsindikation som i sin tur påverkar detektionen.

Metod

Enkätundersökning genom telefonintervju

Nio kliniska mikrobiologiska laboratorier i Sverige som utför ehec-diagnostik från detektion till isolering tillfrågades om deltagande i en enkätundersökning avseende hur aktuell ehec-diagnostik bedrivs (Hallands sjukhus Halmstad, Sahlgrenska Universitetssjukhuset, Region Skåne, Centrallasarettet Växjö, Centralsjukhuset i Karlstad, Universitetssjukhuset i Linköping, Karolinska Universitetslaboratoriet, Akademiska sjukhuset Uppsala och Norrlands Universitetssjukhus Umeå). Förfrågan om deltagande skedde per mejl och för de laboratorier som accepterade deltagande inhämtades informationen rörande laboratoriets aktuella ehec-diagnostik via en 15-30 minuter lång telefonintervju baserad på tidigare utskickade frågor. Frågorna framgår av Bilaga 1.

Resultat

Av de nio kliniska mikrobiologiska laboratorier som tillfrågades deltog sju i enkätundersökningen. Resultaten sammanfattas i tabell 1.

Vilka prover som analyseras för ehec och det initiala förfarandet

Tre av de sju deltagande laboratorierna använder en multiplex PCR direkt på feces för diagnostik av bakteriella fecespatogener och i dessa PCR-paneler ingår ehec (tillsammans med bl. a salmonella, shigella, yersinia och campylobacter), vilket medför att alla fecesprover rutinmässigt analyseras för ehec. Fyra av sju laboratorier utför ehec-analys endast på vissa prover, samtliga om beställaren begärt analysen. Dessutom används olika selektionskriterier för när ehec-analys läggs till; tre av fyra laboratorier lägger till ehec-analys om det av remissen framkommer anamnes på blodig avföring/blodig diarré, njurpåverkan eller HUS och ett av dessa laboratorier lägger även till ehec-analys om avföringen är makroskopiskt blodig. Ett laboratorium lägger till ehec-analys vid blodig diarré hos barn under 12 års ålder, men inte rutinmässigt vid anamnes på blodig diarré. Säsongsberoende kriterium i form av att ehec analyseras på alla fecesprover från barn under sex års ålder perioden maj t.o.m. september används av ett laboratorium.

Av de fyra laboratorier som inte använder direkt PCR på feces odlar tre ut provet på agarplattor medan det fjärde laboratoriet anrikar provet i Tryptic Soy Broth. PCR utförs därefter från primärstryk och beroende på plattuppsättning eventuella misstänkta kolonier, respektive anrikat material, se tabell 1. Ett av de fyra laboratorier som i grunden endast utför ehec-analys på vissa prover har även en multiplex direkt PCR på feces i form av en kommersiell gastroenteritpanel (FILMARRAY®) inkluderande ehec-analys och som den behandlande läkaren kan beställa. Se flödeschema, figur 1, för ehec-diagnostik initialt förfarande.

PCR och odlingsmedier

Samtliga tre laboratorier som utför multiplex PCR direkt på feces rutinmässigt på alla fecesprover använder sig av inhouse-PCR. De laboratorier vars direkt-PCR inte separerar stx1 och stx2 använder en annan PCR inför isoleringsförfarandet. Inför isoleringsförfarandet använder samtliga laboratorier in house-PCR. Vilka odlingsmedier som används varierar och framgår av Bilaga 2.

Figur 1.

flöde som visar ehec-diagnostik initialt förfarande

Isoleringsförfarande

Sex av de sju deltagande laboratorierna uppger att de alltid försöker isolera stammen vid ett nytt ehec-fall. Ett laboratorium har satt en gräns för isoleringsförsök i form av cycle threshold (Ct)-värde < 31 i PCR-analysen. Flera laboratorier nämner att de funderar på att införa en Ct-värdesgräns då man upplever att isoleringsförsöket sällan är framgångsrikt på prover med höga Ct-värden.

Förfarandet vid isolering skiljer sig åt mellan laboratorierna och ingen enhetlighet ses, för detaljer se bilaga 2. Antalet enskilda kolonier som testas varierar från 5 till maximalt 40. De laboratorier som använder direkt-PCR som inte separerar stx1 och stx2 analyserar generellt ett primärstryk eller slamningen från första PCR:en på nytt så att information om förekomst av stx1 respektive stx2 erhålls, även om man inte lyckas isolera stammen. Figur 2 visar antal enskilda kolonier som testas samt den andel av anmälda ehec-fall under 2017 där man lyckats isolera stammen. För beräkning av det sistnämnda har data från SmiNet används i form av antalet anmälda ehec-fall i förhållande till antalet fall där Folkhälsomyndigheten fått ett ehec-isolat inskickat (inom ramen för det mikrobiella övervakningsprogrammet 2017). Hur stor andel av ehec-fallen under 2017 där stammen lyckats isoleras varierar mellan de olika laboratorierna, som lägst 29 % och som högst 86 %.

Figur 2. Isoleringsfrekvens av ehec och antal kolonier testade. Andel EHEC-fall där stammen kunnat isoleras saknas för lab 3 och 6 pga att dessa tillhör storstadsregioner med flera olika laboratorier varför beräkningarna blir osäkra. De lab som använder direkt PCR på feces rutinmässigt på alla prov är lab 4, 5 och 6.

diagram som visar isolering av stam ehec

*Andel går ej att visa.

Övriga aspekter av ehec-diagnostiken

Samtliga laboratorier har ehec-diagnostiken som ackrediterad metod. Majoriteten av laboratorierna lämnar ett preliminärt svar då den första PCR-analysen blir positiv för ehec, smittskyddsenheten underrättas och SmiNet-anmälan görs. Kompletterande svar lämnas efter isoleringsförsök. Vid uppföljande prov från patient med känd ehec görs generellt ett nytt isoleringsförsök om stammen inte isolerats i tidigare prov. Om stammen däremot isolerats i ett tidigare prov och samma kombination av gener (stx1, stx2 och/eller eae) detekteras i det uppföljande provet svarar majoriteten av laboratorierna att inget nytt isoleringsförsök görs förutsatt att smittskyddsenheten inte begär det.

Diskussion

Snabb och korrekt diagnostik av ehec är viktigt för handläggningen av den enskilda patienten, men även för att identifiera utbrott.

Ska man analysera alla prover för ehec eller endast vissa?

Incidensen av ehec påverkas bland annat av förekomst av eventuella utbrott och varierar från år till år. Stor skillnad i incidens beror även på om ehec-analys utförs rutinmässigt eller om den endast utförs på vissa prover. När t ex region Örebro införde multiplex PCR-panel på feces i juni 2017 ökade antal fall markant. Tidigare hade ehec-analys enbart utförts på specifik begäran. Antalet anmälda ehec-fall de senaste fem åren hade i regionen legat på mellan 0-5 fall årligen men år 2017 anmäldes 39 fall (21). Utvecklingen går mot att allt fler laboratorier inför direkt-PCR på feces. Fördelen blir att fler fall diagnosticeras, även fall där den behandlande läkaren inte misstänkt ehec och inte då hade specifikt efterfrågat analysen. En tidig diagnos kan förhindra annan onödig utredning, förhindra antibiotikabehandling som eventuellt kan öka risken för HUS, samt minska risken för smittspridning. En nackdel kan vara att PCR-analyserna är så känsliga att även mycket låga mängder ehec detekteras, vars kliniska relevans kan vara svårbedömd hos t ex en symptomfri patient eller om provet tagits på fel indikation. Att fler fall hittas innebär även ett merarbete för laboratorierna och smittskyddsenheterna och det är ännu inte känt hur stor effekt detta har på möjligheten att upptäcka utbrott och förhindra smittspridning eller om det primärt är tämligen asymtomatiska patienter med låg risk att smitta andra som hittas i tillägg vid rutinmässig ehec-analys.

Svårigheter med att tillämpa selektionskriterier för när ehec-analys ska utföras är att viktiga anamnestiska uppgifter såsom blodiga diarréer/njursvikt inte alltid framgår av remissen. Problem med åldersberoende selektionskriterier är att även om högst incidens ses i de lägsta åldersgrupperna förekommer infektion med ehec och HUS i alla åldrar. Säsongsberoende tillägg av ehec-analys under sommar/höst kan användas, men allvarliga infektioner med ehec förekommer året runt. Ett utbrott av ehec O157 där smittkällan utgjordes av kött som slaktats hösten 2016 orsakade flera HUS-fall första kvartalet 2017 på grund av att köttet varit fryst innan konsumtion (22).

Multiplex-PCR direkt på feces som inkluderar ehec-analys kommer att vara en del av den rutinmässiga fecesdiagnostiken för allt fler av landets laboratorier. Detta innebär att fler ehec-fall diagnosticeras. Orsak till provtagning och klinisk bild bör vara tydligt för de som analyserar prov såväl för de som tolkar och bedömer relevansen av provsvaret.

Vilka odlingsmedier och vilken PCR ska användas och hur ska man isolera stammen?

Ehec-diagnostiken bör innefatta detektion av både O157:H7 och övriga serotyper, något man måste beakta i sitt val av odlingsmedium. Det är dock svårt att utifrån denna begränsande undersökning dra slutsatser om vilket odlingsmedium/vilken kombination av odlingsmedier som helst bör användas. De PCR-metoder som används behöver kunna skilja på stx1 och stx2då detta ger information huruvida ehec-stammen är en låg- eller högrisk-stam avseende HUS-utveckling, vilket har stor betydelse för smittskyddsenhetens fortsatta hantering av fallet. Det är en fördel att erhålla denna information redan i direkt PCR-analysen.

Isolering krävs för vidare karaktärisering med serotypning och helgenomsekvensering som ger information om stx-subtyp, virulensgener, resistensgener och evolutionära samband vilket är viktigt ut epidemiologisk synpunkt. Alla deltagande laboratorier har olika förfaranden vid isoleringsförsök och isoleringsfrekvensen ligger kring 50 % för flera laboratorier. Två laboratorier avviker dock, det ena isolerar stammen i en lägre andel av fallen (29 %) och det andra lyckas isolera stammen i en mycket hög andel av fallen (86 %). Det är svårt att dra slutsatser om exakt vad i deras diagnostiska flöde som orsakar dessa resultat. Faktorer som kan inverka på att isoleringsfrekvensen är lägre vid det första laboratoriet är att inga selektiva agarplattor för ehec används, vilket potentiellt kan minska träffsäkerheten när kolonier plockas. Laboratoriet får även prover skickat till sig från ett annat laboratorium i regionen och transporten skulle kunna inverka negativt i form av överväxt av normalfloran. Det laboratorium som isolerar ehec-stammen i en mycket hög andel av fallen analyserar betydligt fler kolonier än övriga laboratorier.

Särskiljning av stx1 och stx2 i det initiala PCR-steget kan leda till snabbare möjlighet för beslut hur patientuppföljning bör ske.

Flertal selektiva medier finns att tillgå, men en begränsning finns i hur många som resursmässigt kan användas vid rutindiagnostik. Selektiva plattor är att föredra än mer generella. Transport av prov bör ske skyndsamt så eventuell överväxt av t. ex normalflora inte sker i provet.

Svårigheter med ehec-diagnostik och framtida utmaningar

En av svårigheterna med ehec-diagnostik är att bedöma hur ehec-stammen bäst isoleras och hur extensivt isoleringsförsök som bör göras. Antalet kolonier som testas påverkar givetvis möjligheten till isolering, men samtidigt har de kliniska laboratoriernas resurser en begränsning. Då multiplexa PCR-paneler direkt på faeces blir allt vanligare med följden att fler ehec-fall diagnosticeras kommer denna fråga att bli än mer aktuell. Ur ett kliniskt perspektiv och smittskyddshänseende är det meningsfullt att dela in ehec-stammar i högrisk- respektive lågrisk-stammar avseende allvarlig sjukdom, då framför allt HUS, utifrån stx-profil. I Sverige hanteras individer i riskyrke/på förskola olika beroende på förekomst av stx1 eller stx2 och eventuell HUS-koppling (19, 20). I Danmark och Norge utför Statens Serum Institut respektive Folkhelseinstituttet löpande en riskvärdering av specifika ehec-stammars association med HUS och beroende på stx-subtyp delas stammarna in i HUS-associerade respektive övriga/lågvirulenta och smittskyddsåtgärder regleras därefter (23-25). Generellt sett görs idag i Sverige ingen skillnad mellan stx1- och stx2-positiva prover avseende hur extensivt isoleringsförsök som görs, förutom vid HUS-fall då orginalprovet kan skickas till Folkhälsomyndigheten vid isoleringssvårigheter på det kliniska laboratoriet. I analogi med att det är meningsfullt att vidta olika smittskyddsåtgärder beroende på stx-typ skulle det kunna vara meningsfullt att anpassa isoleringsförsökets omfattning utifrån stx-typ. Vid allvarlig klinisk bild såsom HUS bör isolering av stammen alltid eftersträvas oavsett stx-typ. Ct-värde, oavsett stx-typ, skulle också kunna utgöra en fingervisning om när isoleringsförsök kan lyckas.

Typ av stx-gen samt Ct-värde kan komma att ha betydelse för bedömning av hur mycket resurser som ska åtgå vid isolering om prioriteringar är nödvändiga. Vid allvarlig klinisk bild är typ av stx-gen av underordnad betydelse och isolering av stammen bör alltid eftersträvas.

Färre än hälften av de kliniska mikrobiologiska laboratorierna i Sverige utför isolering av ehec, något som kunde visas vid enkätundersökningen 2015. Utvecklingen går mot att allt fler inför ehec som en del av den rutinmässiga feces diagnostiken med multiplex-PCR, men liknande utveckling har inte skett avseende isolering. Det kan därmed ses som troligt att än fler PCR positiva ehec-prov kommer att skickas mellan laboratorier inom landet för försök till isolering vilket kan ha en negativ effekt på möjligheten att isolera. En annan utmaning är att det inte finns en tydlighet i logistiken kring ett ehec-prov där tre laboratorier kan bli involverade från det första PCR-positiva svaret fram till den epidemiologiska typningen vid Folkhälsomyndigheten. Framför allt i utbrottsituationer där snabba svar krävs för att få en förståelse för om fall tillhör ett utbrott eller ej så kan denna procedur med att skicka ehec-prov mellan olika laboratorier vara utmanande i förståelsen för hos vem och hur långt analysen har kommit, varför det finns ett behov att framöver att göra en översyn även över detta förfarande.

Konklusion

Denna undersökning visar att ehec-diagnostiken fortfarande uppvisar stora variationer mellan de olika laboratorierna i landet med varierande isoleringsfrekvens. Vid tolkning av statistiken över antalet anmälda ehec-fall är det viktigt att beakta vilket urval av prover som analyseras för ehec samt med vilken diagnostisk metod proverna analyserats vid respektive region/landsting. En mer likriktad algoritm för ehec-diagnostik är därför önskvärt.

Referenser

  1. Folkhälsomyndigheten. Infektion med EHEC/VTEC. Ett nationellt strategidokument [Internet]. 2015 [citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/publicerat-material/publikationsarkiv/i/infektion-med-ehecvtec-ett-nationellt-strategidokument/
  2. Bennet JE, Dolin R, Blaser MJ. Mandell, Douglas and Bennett’s principles and practice of infectious diseases. 8 rev. uppl. Philadelphia: Elsevier Saunders; c2015. ISBN: 978-0-323-40161-6.
  3. Tarr PI, Gordon CA, Chandler WL. Shiga-toxin-producing Escherichia coli and haemolytic uraemic syndrome. Lancet. 2005 Mar;365:1073–86.
  4. Folkhälsomyndighetens kvartalsrapporter; Mikrobiell övervakning av ehec 2016 kvartal 1 till och med 2018 kvartal 1 [Internet]. [citerad 2018-04-02]. Hämtade från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/mikrobiologi-laboratorieanalyser/mikrobiella-och-immunologiska-overvakningsprogram/overvakning-av-ehec/
  5. Paton JC, Paton AW. Pathogenesis and diagnosis of shiga toxin-producing Escherichia coli infection. Clin Microbiol Rev. 1998 Jul;11(3):450-79.
  6. Mead PS, Griffin PM. Escherichia coli O157:H7. Lancet. 1998 Oct;352:1207–12.
  7. Matussek A, Einemo IM, Jogenfors A, Löfdahl S, Löfgren S. Shiga toxin-producing Escherichia coli in diarrheal stool of Swedish children: Evaluation of polymerase chain reaction screening and duration of shiga toxin shedding. J Pediatric Infect Dis Soc. 2016 Jun;5(2):147-51.
  8. Krüger A, Lucchesi PM. Shiga toxins and stx phages: highly diverse entities. Microbiology. 2015 Mar;161:451–462.
  9. Food and Agriculture Organization of the United Nations World Health Organization. Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and food: attribution, characterization and monitoring [Internet]. 2018. [citerad 20 sept 2018]. Hämtad från: http://www.fao.org/3/ca0032en/CA0032EN.pdf
  10. Scheutz F. Taxonomy meets public health: The case of shiga toxin-producing Escherichia coli. Microbiol Spectrum. 2014 Jun;2(3). doi:10.1128/microbiolspec.EHEC-0019-2013.
  11. Brooks JT, Sowers EG, Wells JG, Greene KD, Griffin PM, Hoekstra JM et al. Non-O157 shiga toxin–producing Escherichia coli infections in the United States, 1983–2002. J Infect Dis. 2005 Oct; 192(8):1422–9.
  12. Statistik från Folkhälsomyndigheten, Enterohemorragisk E. coli infektion (EHEC) [Internet]. [citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/folkhalsorapportering-statistik/statistikdatabaser-och-visualisering/sjukdomsstatistik/enterohemorragisk-e-coli-infektion-ehec/
  13. Folkhälsomyndigheten. Anmälningspliktiga och smittspårningspliktiga sjukdomar [Internet]. [Uppdaterad 2016-08-29; citerad 2018-04-02]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/overvakning-och-rapportering/anmalningspliktiga-sjukdomar/
  14. Folkhälsomyndigheten. Falldefinitioner vid anmälan enligt smittskyddslagen [Internet]. 2018. [citerad 2018-10-08]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/contentassets/d109fac1689846edb
    6ce7292c0588e39/falldefinitioner-anmalan-smittskyddslagen-01209-
    2017.pdf (PDF, 829 kB)
  15. Bryan A, Youngster I, McAdam AJ. Shiga toxin producing Escherichia coli. Clin Lab Med. 2015 Jun;35(2):247-72.
  16. Folkhälsomyndigheten. Referensmetodik för laboratoriediagnostik vid kliniskt mikrobiologiska laboratorier: Tarminfektioner. 2:a upplagan 2002. Bilaga 1a. Bakteriologiska referenssubstrat [Internet]. [citerad 2018-04-02]. Hämtad från: http://referensmetodik.folkhalsomyndigheten.se/w/Bilaga_1a._Bakteriolo
    giska_referenssubstrat
  17. Parsons BD, Zelyas N, Berenger BM, Chui L. Detection, characterization and typing of shiga toxin-producing Escherichia coli. Front Microbiol. 2016 Apr;7:478.
  18. Margot H, Cernela N, Iversen C, Zweifel C, Stephen R. Evaluation of seven different commercially available real-time PCR assays for detection of shiga toxin 1 and 2 gene subtypes. J Food Prot. 2013 May;76(5):871-3.
  19. Nolskog P, Svenungsson B, Jernberg C. Nya rutiner för smittskyddsåtgärder vid EHEC-infektion. Läkartidningen 2017;33-34.
  20. Smittskyddsläkarföreningen. Smittskyddsblad EHEC (enterohemorragisk Echerichia coli)-infektion Läkarinformation. [uppdaterad 2017-04-28; citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://slf.se/smittskyddslakarforeningen/app/uploads/2018/05/ehec-laxxkarinfo-170428.pdf
  21. Statistik från Folkhälsomyndigheten, Enterohemorragisk E. coli infektion (EHEC) [Internet]. [citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/folkhalsorapportering-statistik/statistikdatabaser-och-visualisering/sjukdomsstatistik/enterohemorragisk-e-coli-infektion-ehec/?t=county
  22. Folkhälsomyndigheten. Ehec O157 (Sverige september 2016-februari 2017) [Internet]. [uppdaterad 2017-04-07; citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/utbrott/utbrottsarkiv/ehec-o157-sverige-september-november-2016/
  23. Statens Serum Institut. Hæmolytisk uræmisk syndrom, Særligt for sundhedsfagligt personale [Internet]. [uppdaterad 2017-01-30; citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.ssi.dk/Service/Sygdomsleksikon/H/Haemolytisk%20uraem
    isk%20syndrom.aspx
  24. Sundhedsstyrelsen. Retningslinjer for håndtering af hæmolytisk uræmisk syndrom (HUS) og verocytotoxinproducerende E. coli (VTEC) [Internet]. 2015. [citerad 20 sept 2018]. Hämtad från: http://sundhedsstyrelsen.dk/da/sundhed/smitsomme-
    sygdomme/~/media/F1BB62D970B545CBB309AD0A692DE90E.ashx
  25. Folkhelseinstituttet. E. coli-enteritt (inkludert EHEC-infeksjon og HUS) - veileder for helsepersonell [Internet]. [uppdaterdad 2018-06-04; citerad 2018-09-20]. Hämtad från: https://www.fhi.no/nettpub/smittevernveilederen/sykdommer-a-a/e.-coli-enteritt-inkludert-ehec-inf/

Ehec-diagnostik: från påvisning till isolering

Denna rapport sammanfattar utfallet av en enkätundersökning som utfördes i april 2018 gällande hur ehec-diagnostik bedrivs vid landets kliniska mikrobiologiska laboratorier, från påvisning till isolering. Syftet med rapporten är att utgöra underlag till Folkhälsomyndigheten och smittskyddsenheter i tolkningen av antalet anmälda fall av ehec samt att belysa och diskutera svårigheter med ehec-diagnostik. Den kan också utgöra underlag till kliniska mikrobiologiska laboratorier när förändring eller uppstart av ehec-diagnostik ska ske.

  • Författare: Folkhälsomyndigheten
  • Publicerad: 8 januari 2019
  • Uppdaterad: -

Öppna publikationen

Läs publikation

Beställ

Denna publikation finns ej för beställning.

Gå till toppen av sidan