23 februari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (B.1.1.7)

Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y och A570D)

Resultat från vecka 5 och 6 med typnings-PCR från 18 regioner spridda i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 0 till 27% procent. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR liksom andelen av misstänkt B.1.1.7 av de typade proven anges nedan i tabell 1 samt illustreras i figur 1.

För fem regioner har förekomsten av misstänkta B.1.1.7 från vissa delar av regionerna följts sedan vecka 4 (dessa delar utgör en delmängd av underlaget som presenteras i tabell 1 och figur 1). Andelarna för vecka 4,5 och 6 presenteras per region i tabell 2.

Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering. Underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Vissa regioner finns representerade både tabell 1 och 2. I tabell 2 finns för dessa regioner en mindre andel av regionens prover representerade jämfört med tabell 1.

Tabell 1. Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner under vecka 5 och 6.
RegionVecka 5 och 6, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 5 och 6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 5 och 6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% konfidensintervall)
Blekinge 33 0 0 (0 - 3)
Dalarna 33 37 18 (13 - 25)
Gävleborg 75 215 22 (19 - 24)
Halland 34 154 20 (18 - 23)
Jämtland Härjedalen 19 17 20 (12 - 30)
Jönköping 21 71 16 (13 - 20)
Kalmar 37 55 23 (18 - 29)
Kronoberg 33 9 2,7 (1,2 - 5,1)
Skåne 54 545 16 (14 - 17)
Stockholm 10 203 27 (24 - 31)
Sörmland 76 41 8 (6 - 10)
Uppsala 20 20 8 (5 - 12)
Värmland 21 18 12 (8 - 19)
Västernorrland 29 17 5 (3 - 9)
Västmanland 72 57 11 (9 - 15)
Västra Götaland 55 1195 24 (23 - 26)
Örebro 27 16 8 (5 - 12)
Östergötland 21 63 18 (14 - 23)

Figur 1. Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner under vecka 5 och 6. 95 procentigt konfidensintervall finns angivet med vertikala linjer.

Diagrammet visar andelen prover under vecka 5 och 6 per region med misstänkt förekomst av den brittiska varianten, samt 95-procentiga konfidensintervall för andelen. Andelen varierar mellan 0 och 27 %. Lägst andel finns i Blekinge och högst andel i Stockholm.

Tabell 2. Andel misstänkta B.1.1.7 i 5 regioner över tid per vecka för vecka 4 till 6.
RegionVecka 4, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 5, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 6, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 4, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 5, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 4, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 5, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)
Region Gävleborg 52 72 76 24 70 138 10 (7 - 15) 16 (13 - 20) 25 (21 - 29)
Region Skåne 28 39 41 129 160 255 12 (10 - 14) 12 (10 - 14) 20 (18 - 23)
Region Västmanland 44 70 74 13 23 34 7 (4 - 12) 9 (6 - 14) 13 (10 - 18)
Region Västra Götaland 15 27 33 76 233 580 12 (10 - 15) 20 (18 - 23) 38 (35 - 40)
Region Örebro 20 22 32 1 2 14 1,1 (0 - 6,2) 2,4 (0,3 - 8.4) 11 (6 - 18)

Konstaterade fall utifrån helgenomsekvensering

775 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (B.1.351) och den brasilianska varianten P.1.

Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR

Resultat från vecka 5 och 6 med typnings-PCR från 18 regioner spridda i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0 - 6 procent. Andelen av regionens fall som analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR liksom andelen av övriga VOC av de typade proven anges nedan i tabell 3.

För fem regioner har förekomsten av möjlig övriga VOC från vissa delar av regionerna följts sedan vecka 5 (dessa delar utgör en delmängd av underlaget som presenteras i tabell 3). Andelarna för vecka 5 och 6 presenteras per region i tabell 4.

Då N501Y förekommer bland annat i den sydafrikanska och brasilianska varianten tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.

Vissa regioner finns representerade i både tabell 3 och 4. I tabell 4 finns för dessa regioner en mindre andel av regionens prover representerade jämfört med tabell 3.

Tabell 3. Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5 och 6.
RegionVecka 5 och 6, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 5 och 6, antal möjlig annan VOCVecka 5 och 6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)
Blekinge 33 0 0 (0 - 3)
Dalarna 33 13 6 (4 - 11)
Gävleborg 75 2 0,2 (0 - 0,7)
Halland 34 0 0 (0 -0,5)
Jämtland Härjedalen 19 0 0 (0 - 4,2)
Jönköping 21 1 0,2 (0 - 1,3)
Kalmar 37 0 0 (0 - 1,5)
Kronoberg 33 4 1,2 (0,3 - 3)
Skåne 54 17 0 (0 - 1)
Stockholm 10 23 3 (2 - 5)
Sörmland 76 9 1,7 (0,8 - 3,2)
Uppsala 20 0 0 (0 - 1,4)
Värmland 21 7 4,8 (1,9 - 9,6)
Västernorrland 29 0 0 (0 - 1,2)
Västmanland 72 10 2 (1 - 4)
Västra Götaland 55 92 2 (2 - 2)
Örebro 27 6 2,9 (1,1 - 6,1)
Östergötland 21 1 0,3 (0 - 1,6)
Tabell 4. Andel möjliga övriga VOC i 5 regioner över tid per vecka för vecka 5 och 6.
RegionVecka 5, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 6, andel (%) typningsbara prover av alla positiva provVecka 5, antal möjlig annan VOCVecka 6, möjlig annan VOCVecka 5, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 6, andel (%) möjlig annan VOC(95% KI)
Region Gävleborg 72 76 1 1 0,2 (0 - 1,3) 0,2 (0 - 1)
Region Skåne 39 41 0 7 0 (0 - 0,3) 0,6 (0,2 - 1,1)
Region Västmanland 70 74 4 6 1,6 (0,4 - 4,1) 2,4 (0,9 - 5,1)
Region Västra Götaland 27 33 1 2 0,1 (0 - 0,5) 0,1 (0 -0,5)
Region Örebro 22 32 3 3 3,6 (0,8 - 10,2) 2,4 (0,5 - 6,8)

Konstaterade fall utifrån helgenomsekvensering

  • 45 fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
  • Fyra fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 4, är 4 235.

11 februari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (B.1.1.7)

Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y och A570D)

Resultat från vecka 5 med typnings-PCR från fyra regioner spridda i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 9-20 procent. Andelarna för vecka 4 och 5 presenteras per region i nedan tabell. Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering. Andelen av regionens fall som analyserats med typnings-PCR anges i tabellen nedan. Underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen kommer följas över tid och ytterligare regioner kommer att inkluderas i underlaget.

Tabell. Underlag för analys med typnings-PCR och andel misstänkta fall av B.1.1.7, per region vecka 4-5 2021
RegionAndel positiva prov i regionen som analyserats med typnings-PCR
Vecka 4
Andel positiva prov i regionen som analyserats med typnings-PCR
Vecka 5
Antal typningsbara prover
Vecka 4
Antal typningsbara prover
Vecka 5
Andel med misstänkt B.1.1.7
(95% konfidensintervall)
Vecka 4
Andel med misstänkt B.1.1.7
(95% konfidensintervall)
Vecka 5
Västra Götaland 15% 27% 628 1140 12,1 % (9,7-15) 20,4 % (18,2 -22,9)
Gävleborg 52% 72% 234 432 10,3 % (6,8-15,1) 16,2 % (12,9-20,1)
Skåne 28% 39% 1102 1323 11,7 % (9,9-13,8) 12,1 % (10,4-14)
Västmanland 44% 70% 189 246 6,9 % (3,9-11,7) 9,3 % (6,1-13,9)

Konstaterade fall utifrån helgenomsekvensering

  • 423 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (B.1.351) och den brasilianska varianten P.1.

Möjliga fall utifrån typnings-PCR som påvisat mutation i spikegenen som ger upphov till N501Y men inte A570D

Resultat från vecka 5 med typnings-PCR från fyra regioner spridda i landet visar att 9 prov under vecka 5 hade en mutation i spikegenen som ger upphov till N501Y men inte A570D. Då N501Y förekommer bland annat i den sydafrikanska och brasilianska varianten tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.

Konstaterade fall utifrån helgenomsekvensering

  • Sexton fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering. Merparten av fallen är kopplade till resande från Sydafrika men enstaka fall utan sådan koppling utreds.
  • Inget fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier. Nämnardata anges utifrån provtagningsindikation. Ett stort antal prov från vecka 4 och framåt är under pågående analys. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade.

  1. Prov från fall med resehistorik, eller koppling till person med resehistorik.
    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 4: 191.
  1. Slumpvisa prov från fall med covid-19 som skickas in från landets kliniska mikrobiologiska laboratorier för helgenomsekvensering.
    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 4: 546.
  2. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 4, oberoende av kategori (inklusive 1 och 2 ovan): 1270.

Nämnardata SGTF-PCR

Då så kallade Spike Gene Target Failure (SGTF)-prov i Sverige utgörs av flera olika genetiska varianter och inte bara B.1.1.7 upphör rapportering om förekomst med denna metod från och med v.5 för denna kategori.

2 februari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (lineage B.1.1.7)

Det finns 155 fall bekräftade fall av B.1.1.7 påvisade i landet, med och utan resekoppling till Storbritannien. Då fallen som sekvenseras utgör ett begränsat stickprov och genomförandet av sekvensering ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7. För att få snabbare svar på förekomsten av B.1.1.7 i landet så sker nu även analyser med en riktad mutations-PCR. Metoden möjliggör ett mer omfattande stickprov och snabbare svar avseende förekomsten av B.1.1.7 i landet. Resultat från vecka 4 med den metoden på ett stickprov från fyra regioner spridda i landet visar förekomst på cirka 11 procent (variation mellan 7-12 procent). Under vecka 4 analyserades cirka 2200 fall (motsvarar drygt 10 % av landets totala fall under vecka 4) med denna mutations-PCR. Resultaten är preliminära och kommer att valideras med sekvensering. Andelen kommer följas över tid och ytterligare regioner kommer också att inkluderas i stickprovet för analys.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (lineage B.1.351)

Sex fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering, alla fallen är kopplade till resande från Sydafrika. Arbete pågår för att få ett mer omfattande stickprov genom analys med en liknande mutations-PCR som beskrivs ovan. Utifrån sekvensering av slumpmässigt utvalda prov finns inga indikationer på någon omfattande förekomst av B.1.351 i landet.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån tre olika huvudsakliga kriterier. Nämnardata anges nedan för respektive kriterium. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare sekvenseringar är färdiganalyserade. Prov från fall med resehistorik, eller nära kontakt med sådant fall, till riskland (för närvarande Storbritannien, Sydafrika, Brasilien, Norge).

    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 3: 160.
  1. Slumpvisa prov från fall med covid-19 som skickas in från landets kliniska mikrobiologiska laboratorier för sekvensövervakning.
    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 3: 391.
  2. Prov från fall med covid-19 där den diagnostiska PCR-analysen signalerat för möjlig förekomst av de genetiska förändringar som bland annat förekommer i den brittiska varianten VOC202012/01 (lineage B.1.1.7). Så kallade Spike Gene Target Failure (SGTF)-prov.
    • Totalt sekvenserade SGTF-positiva prov från vecka 51 till och med vecka 3: 255.
  3. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 3, oberoende av kategori: 806.

Nämnardata SGTF-PCR

  • Cirka 15 % av landets fall har under vecka 51 till och med vecka 4, analyserats med en PCR-metod som kan detektera SGTF. För v.4 analyserades drygt 11% av landets fall med sådan metod.
  • Bland de prov som analyseras med SGTF-PCR-metod enligt ovan har 7,5% av dem under perioden v. 51–4 i sin tur uppvisat SGTF-positivitet. Under v.4 uppvisar 9,6% SGTF-positivitet.
  • Det finns stora variationer mellan regionerna avseende SGTF-positivitet. Andelen prov mellan och inom respektive region som analyseras med denna metod varierar också från vecka till vecka varför det är svårt att dra några generella slutsatser. Nämnardata har också kompletterats med aktörer som lämnat in nya data retroaktivt varför justeringar också görs retroaktivt för tidigare rapporteringsdatum.
  • Sekvensering av stickprov visar att det finns flera olika genetiska grupper bland de virus som är SGTF-positiva varför ovan data inte kan översättas som förekomst av B.1.1.7.

25 januari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (lineage B.1.1.7)

Totalt har 95 fall upptäckts i Sverige. Fallen rapporteras från flera olika regioner. 64 av fallen är reserelaterade. 29 fall saknar resekoppling och av dessa är cirka hälften av fallen sekundärfall. För två av fallen saknas uppgift.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (lineage B.1.351)

Tre fall har bekräftats i Sverige, fallen är kopplade till resande från Sydafrika.

Nämnardata helgenomsekvensering

Prover från fall med covid-19 selekteras för helgenomsekvensering utifrån tre olika kategorier och nämnardata anges nedan för respektive kategori. Observera att antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare sekvenseringar är färdiganalyserade. Vissa förändringar i kategorisering av nämnardata har gjorts mellan vecka 3 och 4 och jämförelse mellan dessa veckor är inte möjliga. Nämnardata för vecka 3 är därför borttagna.

  1. Prov från fall med resehistorik, eller nära kontakt med sådant fall, till riskland (för närvarande Storbritannien, Sydafrika, Brasilien, Norge).
    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 2: 132.
  2. Slumpvisa prov från fall med covid-19 som skickas in från landets kliniska mikrobiologiska laboratorier för allmän sekvensövervakning.
    • Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 2: 266.
  3. Prov från fall med covid-19 där den diagnostiska PCR-analysen signalerat för möjlig förekomst av de genetiska förändringar som bland annat förekommer i den brittiska varianten VOC202012/01 (lineage B.1.1.7). Så kallade Spike Gene Target Failure (SGTF)-prov.
    • Totalt sekvenserade SGTF-positiva prov från vecka 51 till och med vecka 2: 208.
  4. Totalt sekvenserade prov tagna v.51, oberoende av kategori från vecka 51 till och med vecka 2: 661.

Nämnardata SGTF-PCR

  • Cirka 15% av landets fall under vecka 51 till och med vecka 3, har analyserats med en PCR-metod som kan detektera SGTF. Andelen av landets prov som analyserats med sådan PCR-metod har för de regioner som berörs varit relativt konstant under de senaste fyra veckorna.
  • Bland de prov som analyseras med SGTF-PCR-metod enligt ovan har 7,4% av dem under perioden v. 51–3 i sin tur uppvisat SGTF-positivitet. Under v.3 uppvisar 8,5% SGTF-positivitet.

19 januari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (lineage B.1.1.7)

Totalt har 55 fall upptäckts i Sverige. Fallen rapporteras från flera olika regioner och 16 fall saknar resekoppling.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (lineage B.1.351)

Två fall har bekräftats i Sverige, fallen är kopplade till resande från Sydafrika.

12 januari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (lineage B.1.1.7)

Totalt har 25 fall upptäckts i Sverige. Fallen rapporteras från flera olika regioner och 8 fall saknar resekoppling.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (lineage B.1.351)

Två fall har bekräftats i Sverige, fallen är kopplade till resande från Sydafrika.

7 januari 2021

Brittiska virusvarianten, VOC202012/01 (lineage B.1.1.7)

Totalt 17 fall upptäckts i Sverige. Fallen rapporteras från flera olika regioner och 5 fall saknar resekoppling.

Sydafrikanska virusvarianten, 501.V2 (lineage B.1.351)

Ett fall har bekräftats i Sverige, fallet är kopplat till resande från Sydafrika.