B.1.1.7 virusvariant av särskild betydelse som först upptäcktes i Storbritannien även kallad VOC202012/01

Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y i kombination med A570D alternativt Y144DEL)

Resultat från vecka 8 med typnings-PCR från 19 regioner i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 6 och 60 procent. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna (8–100 %) och underlaget utgör inte ett geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen misstänkt B.1.1.7 bland proverna som analyserats med typnings-PCR anges nedan i tabell 1. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop.

För fem regioner har förekomsten av misstänkta B.1.1.7 från vissa delar av regionerna följts sedan vecka 4 (dessa regioner utgör en delmängd av underlaget som presenteras i tabell 1). Andelarna för vecka 4–8 presenteras per region i tabell 2.

Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering förutsatt att virusnivåerna i provet är tillräckligt höga. Data från 5 regioner finns representerade i både tabell 1 och 2, för dessa är data i tabell 2 är en delmängd av data i tabell 1.

Tabell 1: Antal och andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner vecka 5-8
RegionVecka 5&6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 5&6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)*Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)*Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)
Blekinge 0 2 11 0
(0–3)
3,3
(0,4–11,5)
11
(6–19)
Dalarna 37 42 73 18
(13–25)
22
(16–28)
42
(35–50)
Gävleborg 215 335 572 22
(19–24)
45
(41–49)
60
(57–64)
Halland 154 256 448 20
(18–23)
31
(28–34)
51
(47–54)
Jämtland/
Härjedalen
17 52 77 20
(12–30)
27
(21–34)
50
(42–58)
Jönköping 71 113 112 16
(13–20)
35
(30–40)
39
(33–45)
Kalmar 55 81 139 23
(18–29)
43
(36–50)
49
(43–55)
Kronoberg 9 12 20 2,7
(1,2–5,1)
5
(3–8)
6
(4–9)
Norrbotten 28 32 51 6
(4–8)
14
(10–20)
11
(9–15)
Skåne 545 531 590 16
(14–17)
25
(24–27)
32
(30–35)
Stockholm 203 231 259 27
(24–31)
41
(37–45)
53
(49–58)
Sörmland 41 82 212 8
(6–10)
22
(18–26)
37
(33–41)
Uppsala 31 16 68 9
(6–13)
13
(8–21)
57
(47–66)
Värmland 18 32 49 12
(8–19)
17
(12–23)
26
(20–33)
Västernorrland 17 66 88 5
(3–9)
19
(15–24)
40
(33–46)
Västmanland 57 52 62 11
(9–15)
19
(14–24)
25
(20–31)
Västra Götaland 1 195 1 325 1 744 24
(23–26)
36
(34–37)
47
(45–48)
Örebro 16 42 68 8
(5–12)
31
(23–39)
40
(33–48)
Östergötland 63 14 18
(14–23)
13
(8–22)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 2: Antal och andel misstänkta B.1.1.7 i 5 regioner över tid per vecka för vecka 4-8.
RegionVecka 4, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 5, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 4, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)*Vecka 5, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)*Vecka 6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)*Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI*Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)
Gävleborg 24 70 138 327 571 10
(7–15)
16
(13–20)
25
(21–29)
45
(41–48)
60
(57–63)
Skåne 129 160 255 376 429 12
(10–14)
12
(10–14)
20
(18–23)
28
(25–30)
38
(35–41)
Västmanland 13 23 34 52 62 7
(4–12)
9
(6–14)
13
(10–18)
19
(14–24)
25
(20–31)
Västra Götaland 76 233 580 720 656 12
(10–15)
20
(18–23)
38
(35–40)
44
(41–46)
56
(53–59)
Örebro 1 2 14 42 68 1,1 (0–6,2) 2,4
(0,3–8,4)
11
(6–18)
31
(23–39)
40
(33–48)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Figur 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i i 5 regioner över tid per vecka för vecka 4-8.

Diagrammet visar andelen prover under vecka 4 till 8 i Gävleborg, Skåne, Västmanland, Västra Götaland och Örebro  med misstänkt förekomst av virusvarianten B.1.1.7, samt 95-procentiga konfidensintervall för andelen.

Konstaterade fall av B.1.1.7 utifrån helgenomsekvensering

1 785 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.

B.1.351 och P.1 virusvarianter av särskild betydelse som först upptäcktes Sydafrika respektive Brasilien

Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR

Resultat från vecka 8 med typnings-PCR från 19 regioner i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0 och 15 procent. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna (8 -100 %) och underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen möjliga övriga VOC bland av analyserade prover anges nedan i tabell 3.

För fem regioner har förekomsten av möjlig övriga VOC från vissa delar av regionerna följts sedan vecka 5 (dessa regioner utgör en delmängd av underlaget som presenteras i tabell 3). Andelarna för vecka 5-8 presenteras per region i tabell 4.

Då N501Y förekommer bland annat i B.1.351 och P.1 virusvarianterna tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering.

Data från 5 regioner finns representerade både tabell 3 och 4, för dessa är data i tabell 4 är en delmängd av data i tabell 3.

Tabell 3: Antal och andel möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5-8
RegionVecka 5&6, antal möjlig annan VOCVecka 7, antal möjlig annan VOCVecka 8, antal möjlig annan VOCVecka 5&6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)*Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)*Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)
Blekinge 0 0 3 0
(0–3)
0
(0–6)
3
(0,6–8,6)
Dalarna 13 8 25 6
(4–11)
4,1
(1,8–8)
15
(10–21)
Gävleborg 2 0 2 0,2
(0–0,7)
0
(0–0,5)
0,2
(0–0,8)
Halland 0 4 7 0
(0–0,5)
0,5
(0,1–1,2)
0,8
(0,3–1,6)
Jämtland/
Härjedalen
0 3 3 0
(0–4,2)
1,6
(0,3–4,5)
1,9
(0,4–5,6)
Jönköping 1 0 1 0,2
(0–1,3)
0
(0–1,1)
0,3
(0–1,9)
Kalmar 0 0 1 0
(0–1,5)
0
(0–1,9)
0,4
(0–2)
Kronoberg 4 7 3 1,2
(0,3–3)
2,7
(1,1–5,5)
0,8
(0,2–2,4)
Norrbotten 0 0 0 0
(0–0,7)
0
(0–1,7)
0
(0–0,8)
Skåne 17 16 12 0
(0–1)
1
(0–1)
1
(0–1)
Stockholm 23 31 30 3
(2–5)
6
(4–8)
6
(4–9)
Sörmland 9 10 11 1,7
(0,8–3,2)
3
(1–5)
2
(1–3)
Uppsala 1 1 9 0,3
(0–1,6)
0,8
(0–4,6)
7,5
(3,5–13,8)
Värmland 7 15 11 4,8
(1,9–9,6)
8
(5–13)
6
(3–11)
Västernorrland 0 1 2 0
(0–1,2)
0,3
(0–1,6)
0,9
(0,1–3,2)
Västmanland 10 8 5 2
(1–4)
2,9
(1,2–5,6)
2
(0,7–4,6)
Västra Götaland 92 130 136 2
(2–2)
3
(3–4)
4
(3–4)
Örebro 6 4 9 2,9
(1,1–6,1)
2,9
(0,8–7,3)
5,3
(2,4–9,8)
Östergötland 1 0 0,3
(0–1,6)
0
(0–3,5)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 4. Antal och andel möjliga övriga VOC i 5 regioner över tid per vecka för vecka 5-8.
RegionVecka 5, antal möjlig annan VOCVecka 6, antal möjlig annan VOCVecka 7, antal möjlig annan VOCVecka 8, antal möjlig annan VOCVecka 5, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)*Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)*Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)
Gävleborg 1 1 0 2 0,2
(0–1,3)
0,2
(0–1)
0
(0–0,5)
0,2
(0–0,8)
Skåne 0 7 11 7 0
(0–0,3)
0,6
(0,2–1,1)
1
(0–1)
0,6
(0,3–1,3)
Västmanland 4 6 8 5 1,6
(0,4–4,1)
2,4
(0,9–5,1)
2,9
(1,2–5,6)
2
(0,7–4,6)
Västra Götaland 1 2 12 7 0,1
(0–0,5)
0,1
(0–0,5)
1
(0–1)
0,6
(0,2–1,2)
Örebro 3 3 4 9 3,6
(0,8–10,2)
2,4
(0,5–6,8)
2,9
(0,8–7,3)
5,3
(2,4–9,8)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Figur 2: Andel möjliga i 5 regioner över tid per vecka för vecka 4-8.

Diagrammet visar andelen prover under vecka 5 till 8 i Gävleborg, Skåne, Västmanland, Västra Götaland och Örebro  med misstänkt förekomst av virusvarianterna B.1.351 och P.1, samt 95-procentiga konfidensintervall för andelen.

Konstaterade fall av B.1.351 och P.1 utifrån helgenomsekvensering

  • 139 fall av B.1.351 har bekräftats i Sverige genom sekvensering.
  • 8 fall av P.1. har bekräftats i Sverige genom sekvensering.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 8, är 7 540.