Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet från 27 januari 2023

Nationell mikrobiell övervakning är en del i Folkhälsomyndighetens uppdrag när det gäller att följa och analysera utvecklingen av smittsamma sjukdomar och bidrar med underlag för de åtgärder som görs för att minska deras förekomst.

Indikationer för helgenomsekvensering av SARS-CoV-2 inom det nationella mikrobiella övervakningsprogrammet riktar sig de kliniska mikrobiologiska laboratorierna. Indikationen anpassas vid förändringar i det epidemiologiska läget.

Relaterad läsning

Covid-19 veckorapporter

Instruktion för kompletterande anmälan i SmiNet av typningsresultat för SARS-CoV-2

Syftet med instruktionen är att vägleda läkare vid laboratorium hur anmälan till SmiNet ska ske (automatiserat eller manuellt) avseende typning av SARS-CoV-2 med typnings-PCR respektive helgenomsekvensering (WGS).

Syfte

Anmälan av typningsresultat är en kompletterande anmälan för fall där SARS-CoV-2 tidigare påvisats med PCR, och innefattas av smittskyddslagen Kap 2, 6§ punkten 5, "andra uppgifter av betydelse för smittskyddet". Enhetlig anmälan av typningsresultat till SmiNet är viktig för att typningsresultatet snabbt ska nå landets smittskyddsenheter och Folkhälsomyndigheten så att spridning av virusvarianter skall kunna övervakas. Anmälan till SmiNet görs enligt denna instruktion.

Bakgrund

Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 med stor spridning i vissa länder uppmärksammats. Folkhälsomyndigheten övervakar i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av "virusvarianter av särskild betydelse" (VOC). Det finns olika system att benämna dessa men huvudsakligen används den genetiska gruppen enligt Pangolin-klassificering samt WHO:s benämning med grekiska bokstäver. De varianter och mutationer som särskilt övervakas kan komma att förändras beroende på kunskapsläget och den epidemiologiska situationen.

För att övervaka dynamiken av cirkulerande varianter av SARS-CoV-2 undersöks ett representativt urval av PCR-positiva fall med helgenomsekvensering (WGS). Typningsresultat från all WGS skall rapporteras till SmiNet i form av genetisk grupp enligt Pangolin (ex. BA.2). I de fall en genetisk grupp med en ytterligare aminosyraförändring övervakas särskilt, rapporteras detta i tillägg till den genetiska gruppen (ex. B.1.1.7+E484K).

Som en del av övervakningen har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive VOC. Detta möjliggör snabbare svar men fortsatt typning med WGS kan vara nödvändig. Resultat från typnings-PCR skall rapporteras till SmiNet i form av påvisad aminosyraförändring eller vildtyp i analyserad position.

I de fall en preliminär typning sker med typnings-PCR och följs av ett fastställande av genetisk grupp med WGS, skall båda resultaten anmälas. På samma sätt kan en tilläggsrapportering av B.1.1.7+E484K göras om B.1.1.7 tidigare rapporterats. Det skapas en separat post i SmiNet för varje anmälan.

Kompletterande anmälan till SmiNet av typningsresultat från helgenomsekvensering respektive typnings-PCR

Anmälan ska alltid eftersträva att innehålla de detaljer som efterfrågas i SmiNet-formulären. I instruktionen förtydligas vad anmälan specifikt bör innehålla när den avser typning med helgenomsekvensering.

Laboratorieanmälan av läkare vid laboratorium som utför mikrobiologisk diagnostik, eller av den som är ansvarig för ett sådant laboratorium.

• I fältet ”Typ av anmälan” väljs Komplettering av tidigare anmälan i rullistan.
• I fältet ”Diagnostisk metod” väljs Sekvensering i rullistan.
• I fältet ”Övriga resultat” väljs Genotyp i rullistan.
• I fritextfält ”Genotyp” skrivs fastställd genetisk grupp enligt Pangolin, exempelvis: BA.2
• Endast beteckningen på den genetiska gruppen ska normalt skrivas. Det är viktigt att alla punkter anges korrekt.
• En tolkningskommentar kan skrivas i fritextfältet ”Kommentar Prov” Fältet rymmer högst 3 000 tecken.

I instruktionen förtydligas vad anmälan specifikt bör innehålla när den avser typning med typnings-PCR:

• I fältet ”Typ av anmälan” väljs Komplettering av tidigare anmälan i rullistan.
• I fältet ”Diagnostisk metod” väljs Nukleinsyrapåvisning i rullistan.
• I fältet ”Övriga resultat” väljs Genotyp i rullistan.
• I fritextfält ”Genotyp” skrivs aminosyraförändring eller vildtyp i analyserad position. Analysresultat separeras med semikolon utan efterföljande mellanslag (ex. N501Y;A570wt). Om detta format inte är möjligt att helt följa på grund av tekniska begränsningar (exempelvis begränsat antal tecken som kan hanteras av laboratoriedatasystemet), kan adekvata förändringar göras, så länge resultatet är konsekvent och logiskt. Fältet rymmer högst 50 tecken, inklusive semikolon.
• En tolkningskommentar kan skrivas i fritextfältet ”Kommentar Prov” exempelvis: Misstänkt B.1.617.2 (delta). Fältet rymmer högst 3 000 tecken.