Yersinia pestis (PCR och odling)

• Vid klinisk misstanke om pest.
• Konfirmation och resistensbestämning av Yersinia pestis
• Kontakta klinisk mikrobiolog i beredskap för konsultation vid misstanke om pest. Telefon 010–205 24 00.

• Blod i blododlingflaska (endast inkuberad blododlingsflaska som signalerat positiv i blododlingsskåp på lokalt laboratorium analyseras).
• Aspirat, BAL, skrap från angripen hud, sårsekret, sputum vid pneumoni och likvor vid meningit.
• Vid obduktion bör material tas från bölder, lever, mjälte och lunga.

• Blododling aerob och anaerob flaska. Alla blododlingsflaskor (innehållande blododling, eventuella sterila punktat) ska alltid skickas till lokalt kliniskt mikrobiologiskt laboratorium (KML) för inkubation i blododlingsskåp. Misstanken och provmaterial anges på remissen.
• När lokalt KML skickar inkuberad, positiv blododlingsflaska ska detektionstid och provmaterial anges på remissen.
• Aspirat från bölder: injicera 1 mL sterilt koksalt och aspirera omedelbart. Överför till sterilt provrör.
• BAL, Likvor, punktat, vävnad och biopsier i sterilt provrör. Rekommenderad provvolym är minst 2 ml.
• Sårsekret provtas med steril sårodlingspinne med flytande transportmedium.
• Sputum i steril sputumburk. Märk både ytter- och innerburk med etiketter.

OBS! Vid misstanke om pest ska det alltid tydligt noteras på remissen till lokalt mikrobiologiskt laboratorium; ”Misstanke om pest”. Därmed kan adekvata skyddsåtgärder vidtas på laboratoriet för att undvika laboratoriesmitta. Detta gäller samtliga provmaterial/remisser som skickas för bakteriologisk- och/eller mykologisk odling från patienter där pest kan misstänkas.

• Rumstemperatur.
• Provmaterial som är sannolikt smittförande omfattas av regelverk för transport av farligt gods.
• Patientprov som är direkt tagna från människa ska klassificeras som smittförande ämne kategori B och tillordnas UN 3373.
• Provmaterial som är kulturer eller andra produkter av en process vid vilken patogener avsiktligt förökats ska klassificeras som smittförande ämne kategori A och tillordnas UN 2814. Kontakta alltid laboratoriet via Kundtjänst mikrobiologi innan kategori A prov skickas.

För mer information, se Packa provet rätt.

Kontakta Kundtjänst mikrobiologi

Viktig remissinformation

OBS! Vid misstanke om pest ska det alltid tydligt noteras på remissen till lokalt mikrobiologiskt laboratorium; ”Misstanke om pest”. Därmed kan adekvata skyddsåtgärder vidtas på laboratoriet för att undvika laboratoriesmitta. Detta gäller samtliga provmaterial/remisser som skickas för bakteriologisk och/eller mykologisk odling från patienter där pest kan misstänkas.

• Anamnestiska data, inklusive sjukdomsbild, insjukningsdatum, provtagningsdatum och eventuell utlandsvistelse, ska anges på remissen.
• För positiv blododlingsflaska anges detektionstid.
• Telefonnummer till svarsmottagare ska anges på remissen. Telefonsvar lämnas för realtids-PCR. Om telefonnummer till lokalt KML som hanterar andra prov på patienten har angivits, lämnas telefonsvar även dit.

Fördjupad information om utförd diagnostik

• PCR och odling för Yersinia pestis utförs på alla prov.
• Realtids-PCR detekterar DNA av Yersinia pestis. Svar på PCR kan normalt erhållas inom 1–2 arbetsdagar.
• Resistensbestämning av Yersinia pestis utförs med mikrobuljongspädningsmetod (BMD) och tolkas enligt EUCAST riktlinjer. Svar på resistensbestämning kan normalt erhållas inom 5 arbetsdagar från provets ankomst.
• Differentialdiagnostisk allmän aerob odling: En begränsad odling för andra aeroba bakterier ingår på alla prov. Odlingstid 2 dygn. Artbestämning av kliniskt relevanta fynd utförs med MALDI-TOF och svaras ut. Däremot utförs varken anaerob odling eller resistensbestämning. På begäran kan dock isolat av riskklass 2-patogener skickas tillbaka till inremitterande laboratorium för resistensbestämning.

Fördjupad information om blododlingar med pest-frågeställning

• Blododling med misstanke om pest ska alltid skickas till lokalt kliniskt mikrobiologiskt laboratorium (KML) för inkubation i blododlingsskåp. Förlängd odling ska begäras och misstanken ska anges på remissen.
• Inkubation i blododlingsskåp på det lokala laboratoriet underlättar hanteringen och förkortar tiden både till positivt och negativt svar.
• Om blododlingsflaskan signalerar positivt och misstanke om pest kvarstår, skickar det lokala laboratoriet flaskan till Folkhälsomyndigheten, som utför analys med realtids-PCR och odling.
• OBS! Inkubation i blododlingsskåp kan inte utföras vid Folkhälsomyndigheten, vilket innebär att automatisk detektion av växt i blododlingsflaskan inte kan ske. Detta innebär att svarstiden fördröjs kraftigt och att känsligheten i odlingen försämras i de fall oinkuberade blododlingsflaskor skickas direkt till Folkhälsomyndigheten. Folkhälsomyndigheten kan inte utföra odling för anaeroba bakterier.
• Om flera flaskor från samma patient signalerar positivt vid ett KML kan en flaska skickas till Folkhälsomyndigheten och övriga behållas lokalt. Efter erhållande av ett negativt PCR-resultat för Y. pestis kan dessa odlas ut lokalt och analyseras.

Läs mer

• Säkerhetsdatablad för smittämnen
• Sjukdomsinformation om pest