Tack vare NGS är det i dag möjligt att använda så kallad helgenomsekvensering och snabbt kartlägga hela arvsmassan hos exempelvis virus eller bakterier.

NGS-dagen riktar sig till dem som arbetar med smittskyddsarbete på kliniska mikrobiologiska laboratorier, vårdhygienenheter, infektionskliniker och smittskyddsenheter. Syftet är att informera och sprida kunskap om NGS. Erfarenheter från lokal och nationell nivå står på agendan, liksom nuvarande och framtida möjliga användningsområden för NGS.

Folkhälsomyndigheten har byggt upp den nya tekniken med stöd från Myndigheten för samhällsskydd och beredskap (MSB). Arbetet har pågått sedan 2012 och i dag finns en komplett plattform för NGS och bioinformatik på plats. NGS är väl etablerat på myndigheten och används rutinmässigt för övervakning, smittspårning och utbrottsanalys för ett flertal smittämnen.

För de flesta av dessa smittämnen har NGS helt ersatt tidigare använda molekylära analyser, som PFGE, qPCR, PCR och Sangersekvensering.

Automatiska analysverktyg har utvecklats vilket gör att rapporteringen kan ske mycket snabbare i dag. Metodik och analys för metagenomik har också tagits fram, vilket möjliggör förutsättningslös bred screening av mikroorganismer. Den metoden används när riktade metoder inte får ett positivt svar och smittämnet inte har kunnat identifieras.

Kategori: Nyhet