Syfte

Anmälan av typningsresultat är en kompletterande anmälan för fall där SARS-CoV-2 tidigare påvisats med PCR, och omfattas därför inte av anmälningsplikt enligt smittskyddslagen. Enhetlig anmälan av typningsresultat till SmiNet är dock viktig för att resultaten snabbt ska nå landets smittskyddsenheter samt att nationella data över spridning av virusvarianter samt cirkulerande genetiska grupper skall kunna sammanställas och analyseras. Anmälan till SmiNet bör därför ske enligt denna instruktion.

Bakgrund

Sedan december 2020 har nya varianter av SARS-CoV-2 som fått stor spridning i vissa länder uppmärksammats. Folkhälsomyndigheten övervakar i enlighet med den europeiska smittskyddsmyndighetens (ECDC) riskbedömning särskilt förekomsten av virusvarianter av särskild betydelse (VOC). Det finns olika system att benämna dessa men huvudsakligen används den genetiska gruppen enligt Pangolin-klassificering. Aktuella VOC och deras karaktäristika beskrivs på Folkhälsomyndighetens webbplats; Övervakning av SARS-CoV-2 virusvarianter av särskild betydelse. Framöver kan vilka varianter och mutationer som särskilt övervakas förändras beroende på kunskapsläget och den epidemiologiska situationen.

För att övervaka dynamiken av cirkulerande genetiska grupper och varianter av SARS-CoV-2 är målsättningen att minst 10% av antalet PCR-positiva fall helgenomsekvenseras, med ett representativt urval för varje region. Detta i syfte att identifiera VOC som förekommer i mer än 2% av fallen av covid-19. Dessutom kan sekvensering ske med specifika frågeställningar som utbrottsutredning, smittspårning, utlandskoppling, reinfektion och vaccinationsgenombrott. Typningsresultat av all sekvensering skall rapporteras till SmiNet i form av genetisk grupp enligt Pangolin (ex. B.1.1.7), se nedan. I de fall en genetisk grupp med en ytterligare aminosyraförändring övervakas särskilt (för närvarande endast B.1.1.7 med E484K), rapporteras detta i tillägg till den genetiska gruppen (ex. B.1.1.7+E484K).

Som en del av övervakningen har flera laboratorier utvecklat typningsanalyser med PCR riktad mot genetiska förändringar vilka är karakteristiska, men inte alltid unika, för respektive VOC. Detta möjliggör snabbare svar men fortsatt typning med sekvensering kan vara nödvändig. Resultat från typnings-PCR skall rapporteras till SmiNet i form av påvisad aminosyraförändring eller vildtyp i analyserad position, se nedan.

I de fall en preliminär typning sker med typnings-PCR och följs av ett fastställande av genetisk grupp med helgenomsekvensering, skall båda resultaten anmälas. På samma sätt kan en tilläggsrapportering av B.1.1.7+E484K göras om B.1.1.7 tidigare rapporterats. Det skapas en separat post i SmiNet för varje anmälan.

Kompletterande anmälan till SmiNet av typningsresultat från helgenomsekvensering respektive typnings-PCR

Anmälan ska alltid eftersträva att innehålla de detaljer som efterfrågas i SmiNet-formulären. Nedan förtydligas vad anmälan specifikt bör innehålla när den avser typning med helgenomsekvensering.

Laboratorieanmälan av läkare vid laboratorium som utför mikrobiologisk diagnostik, eller av den som är ansvarig för ett sådant laboratorium.

  • I fältet ”Typ av anmälan” väljs Komplettering av tidigare anmälan i rullistan.
  • I fältet ”Diagnostisk metod” väljs Sekvensering i rullistan.
  • I fältet ”Övriga resultat” väljs Genotyp i rullistan.
  • I fritextfält ”Genotyp” skrivs fastställd genetisk grupp enligt Pangolin, exempelvis: B.1.1.7
  • Endast beteckningen på den genetiska gruppen ska normalt skrivas. Det är viktigt att alla punkter anges korrekt.
  • OBS! B.1.1.7 med aminosyraförändringen E484K skall specialrapporteras som: B.1.1.7+E484K
  • • En tolkningskommentar kan skrivas i fritextfältet ”Kommentar Prov” exempelvis: B.1.1.7 som först rapporterades från Storbritannien. Fältet rymmer högst 3000 tecken.

Nedan förtydligas vad anmälan specifikt bör innehålla när den avser typning med typnings-PCR.

  • I fältet ”Typ av anmälan” väljs Komplettering av tidigare anmälan i rullistan.
  • I fältet ”Diagnostisk metod” väljs Nukleinsyrapåvisning i rullistan.
  • I fältet ”Övriga resultat” väljs Genotyp i rullistan.
  • I fritextfält ”Genotyp” skrivs aminosyraförändring eller vildtyp i analyserad position. Analysresultat separeras med semikolon utan efterföljande mellanslag (ex. N501Y;A570wt) Fältet rymmer högst 50 tecken, inklusive semikolon.
  • En tolkningskommentar kan skrivas i fritextfältet ”Kommentar Prov” exempelvis: Möjlig B.1.351 som först rapporterades från Sydafrika eller P.1 som först rapporterades från Brasilien. Fältet rymmer högst 3000 tecken.