Bakterier

Virus

Bakterier

B. pertussis – mikrobiell övervakning

Syfte: Att följa eventuella förändringar hos B. pertussis-isolat som kan leda till sämre svar på aktuella vacciner.
Omfattning: Insamling sker från laboratorier med möjlighet att skicka in prov för odling. Antalet isolat som samlas årligen varierar mellan 10-100/år.
Metodik: Till och med 2014 har bakterien serotypats (Fim2, Fim3, Fim2,3). Under 2018 övervägs införande av helgenomsekvensering med analys av antigener/vaccinkomponenter (pertactin och pertussis toxin) samt resistensgener.

Till toppen | Till översikten

Clostridium difficile – mikrobiell övervakning

Syfte: Att stödja ett långsiktigt förbättringsarbete med vårdhygien och rationellt antibiotikabruk i landet samt agera kvalitetsstöd till laboratorierna. Särskilt fokus ägnas åt spridningsbenägna typer i landet.
Omfattning: Laboratorierna ombeds att oavsett diagnostisk metod odla alla positiva prov under två veckor per år (vecka 11-12 & 39-40) och skicka framodlade C. difficile-isolat till Folkhälsomyndigheten. Ca 600 isolat insamlas årligen (ca 8 % av samtliga CDI-fall). Omfattningen har i huvudsak valts för analys av trender och långsiktig utvärdering och inte för akut utbrottsanalys. Vidare samlas även information in om aktuell diagnostisk metod och prestanda per laboratorium, ålder, kön, uppgift om recidiv samt om fallets ursprung är från primär eller slutenvård.
Metodik: PCR ribotypning och fenotypisk resistenstestning (sex antibiotika). Data analyseras med trend per typ samt geografiskt klusteranalys (Fisher och Chi2) och typ/antibiotikaresistens. Analys sker två gånger per år (höst och vår).

Till toppen | Till översikten

Campylobacter – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med övervakningen är att utvärdera insatser för att minska inhemska fall av campylobacter-infektion från livsmedel. Insamling av isolat sker vid två perioder, där campylobacterfallen är som lägst (vårvinter) och som högst (sensommar).
Omfattning: Isolat från fall rapporterade som smittade i Sverige inkomna under vecka 11 och 34 samlas in från samtliga laboratorier.
Metodik: Helgenomsekvensering. Ur sekvensdata extraheras art och MLST-profil. SNP-analyser utförs för klusterdetektion inom en ST-profil.

Till toppen | Till översikten

Cefadroxilresistenta E. coli och K pneumoniae från urin – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet är att följa resistensläget avseende ESBL-producerande E. coli och K. pneumoniae samt bevaka utvecklingen av kolistinresistens och förekomst av den mobila mcr-genen.
Omfattning: Insamling sker vartannat år under en månad (mars/april) då laboratorierna tillfrågas om att delta genom att samla konsekutiva urinisolat med cefadroxilresistens. Ca 600-800 isolat insamlas för varje period.
Metodik: Ampliconbaserad NGS på ESBL-resistensgen, antibiotikaresistensbestämning (n=22) och fenotypiska ESBLA och ESBLM tester, MALDI-TOF artverifiering. Vartannat år sker endast amplikonbaserad typning. Stratifiering görs landstingsnivå och nationell nivå över tid.

Till toppen | Till översikten

Ehec – mikrobiell övervakning

Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av ehec och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder. En del typer av ehec ger oftare upphov till den allvarliga följdsjukdomen HUS (hemolytiskt uremiskt syndrom). Det är viktigt att kartlägga vilka typer som är associerade med allvarlig sjukdom för att möjliggöra en bättre och mer precis diagnostik för identifiering av dessa allvarligare fall.
Omfattning: (i) Alla isolat. Falldefinitionen tillåter anmälan utan isolering vid nukleinsyra-påvisning av shigatoxingener. (ii) Isolering från feces vid HUS-fall där laboratoriet inte lyckats isolera.
Metodik: Helgenomsekvensering. Art, serotyp, shigatoxingentyp svaras ut. Molekylär-epidemiologisk klusterdetektion utförs i form av SNP-analyser (Single Nucleotide Polymorphism) inom en ST-profil vilket används som underlag i utredningar.

Till toppen | Till översikten

ESBLCARBA – mikrobiell övervakning

Syfte: Att karaktärisera alla fynd av ESBLCARBA-positiva bakterieisolat i syfte att detektera nationella spridningar samt förändringar i resistens. ESBLCARBA anses som ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård p.g.a. att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien blir resistent mot alla tillgängliga antibiotika.
Omfattning: Alla bakterieisolat av ESBLCARBA insamlas. År 2014 insamlades 46 isolat, men antalet ökar snabbt.
Metodik: Helgenomsekvensering. Genetisk detektion kompletteras med fenotypisk resistensbestämning, (12 diskdiffusion, 8 gradienttest). Fenotypisk resistensgenskaraktärisering för ESBL utförs med tre diskdiffusionsmetoder.

Till toppen | Till översikten

Invasiva grupp-A streptokocker (iGAS) – mikrobiell övervakning

Syfte: Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till ökningar i incidens, detektera lokala utbrott och förändringar i klinisk manifestation. Särskilt fokus ägnas till typen emm1 som orsakat de senaste årens stora incidensökningar under vårvintern.
Omfattning: Nationell insamling av alla invasiva GAS-isolat, isolerade under februari-april årligen. Förväntat antal isolat ca 150-300st, beroende på det epidemiologiska läget. Insamlingsperioden är vald på grund av att säsongstoppen, då flest fall rapporteras, vanligtvis infaller då.
Metodik: Typning av iGAS isolat med sekvensering av ett fragment av emm-genen. Typningsresultat stratifieras på demografisk- och klinisk information som rapporterats till SmiNet (som t ex ålder, kön, geografisk lokalisation, ev klustring och klinik som t.ex. STSS, NF och peuperalsepsis). Analyser görs efter avslutad insamling och presenteras tillsammans med fallrapportering som publiceras på hösten (avser säsong jul-jun). Statistiska metoder som t ex chi2 och Fishers test används vid analyserna.

Till toppen | Till översikten

H. influenzae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte: Uppföljning av Hib (Haemophilus influenzae typ b) vaccination inom barnvaccinationsprogrammet. Karaktärisering av isolat för att kunna upptäcka spridning av typer med förändrad spridningsförmåga och virulens. Dessutom följs eventuella förändringar i antibiotikaresistens samt förekomst av vaccinationsgenombrott.
Omfattning: Alla invasiva isolat från barn i ålder 0-5 år samlas in löpande. Samtliga invasiva isolat från alla åldrar samlas in utvalda år. Vid behov exempelvis signaler om ökad antibiotikaresistens sker insamling av icke-invasiva isolat.
Metodik: Helgenomsekvensering innehållande molekylär serotypning. MLST och detektion av ett urval resistensgener och resistensmutationer. Resultaten rapporteras stratifierat på serotyp över tid.

Till toppen | Till översikten

Kolistinresistens – mikrobiell övervakning

Syfte: Att följa utvecklingen av kolistinresistenta Enterobacteriaceae med fokus på förekomst av mcr-genen. Genen mcr har fram till september 2017 påvisats i 7 isolat, 3 isolerade från urin och 4 isolerade från feces i Sverige. Eftersom kolistin är ett viktigt behandlingsalternativ vid infektioner med multiresistenta bakterier kan en ökning få allvarliga konsekvenser för sjukvården.
Omfattning: Alla kolistinresistenta isolat av Enterobacteriaceae utöver ESBLCARBA och ehec som verifierats med referensmetoden mikrodilution skickas till Folkhälsomyndigheten (detektion av mcr i ESBLCARBA och ehec ingår separata program). Mikrodilution utförs bland annat av referenslaboratoriet i Växjö.
Metodik: Helgenomsekvensering för detektion av mcr och dess subvarianter. Klusteranalys (SNP-analys) används för att bekräfta eller utesluta utbrott. Andelen mcr-positiva isolat och totala antalet kolistinresistenta isolat rapporteras.

Till toppen | Till översikten

Legionella – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med den epidemiologiska typningen är att med hjälp av sekvensbaserad typning (SBT) av Legionella pneumophila kunna jämföra sekvenstyp (ST) mellan patientisolat och miljöisolat som har anknytning till patienten, för att möjliggöra identifiering av trolig smittkälla. Antalet fall som anmälts till SmiNet har under de senaste åren varierat mellan dryga 120 till knappa 160 fall.
Omfattning: Under åren 2008-2014 har 74 SBT-analyser utförts på isolat eller DNA från patientprov. En del SME skickar rutinmässigt, genom kliniska laboratorier, alla patientisolat till Folkhälsomyndigheten för epidemiologisk typning. SME/kliniskt laboratorium kontaktas med förfrågan om tillgång till patientisolat i samband med analys av miljöprover som är kopplade till en smittspårning. I dagsläget sker ingen aktiv insamling av patientisolat utöver det ovannämnda.
Metodik: Sekvensbaserad typning (SBT) för Legionella pneumophila.

Till toppen | Till översikten

Listeria – mikrobiell övervakning

Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av listeria och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder, exempelvis informationsinsatser till riskgrupper som immunsupprimerade och gravida.
Omfattning: Alla invasiva isolat samlas in och typas kontinuerligt, cirka 100 isolat/år.
Metodik: Helgenomsekvensering. Art, serotyp och MLST-profil svaras ut. Molekylärepidemiologisk klusterdetektion utförs i form av SNP-analyser (Single Nucleotide Polymorphism) inom en ST-profil vilket används som underlag i utredningar.

Till toppen | Till översikten

M. tuberkulos (multiresistent) – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med den epidemiologiska typningen är att snabbt upptäcka utbrott och kluster. Med hjälp av anmälan från behandlande läkare och den typning som utförs så görs en bedömning om patienten har smittats i Sverige eller ej. Multiresistent tuberkulos innebär i regel förlängd smittsamhetstid, förlängd total behandlingstid och i vissa fall att kurativ behandling inte är möjlig. Spridning av denna form av TB är därför särskilt angelägen att identifiera, bryta och förebygga.
Omfattning: Samtliga landets multiresistenta isolat (ca 15-20 fall per år) inkommer kontinuerligt för typning inom ramen för den nationella mikrobiella övervakningen. Utöver den epidemiologiska typningen utförs också mot avgift verifiering av resistensresultat och utvidgad resistensbestämning.
Metodik: Helgenomsekvensering. Samtliga fall inom ett kluster kopplas i SmiNet ihop under utbrott i Milou. Där kan smittskyddsenheter få information om klustret, se hur många andra fall det finns med samma typningsmönster och var någonstans i landet de befinner sig.

Till toppen | Till översikten

MRSA – mikrobiell övervakning

Syfte: Att skapa en nationell överblick avseende spa-typ och PVL-status och därigenom bidra till kunskapsuppbyggnad som kan utgöra ett stöd till landets smittskydds- och vårdhygienenheter i deras arbete med att upptäcka och stoppa smittspridning av MRSA.
Genom att använda en allmänt accepterad typningsmetod förenklas kommunikation av typningsresultat såväl mellan smittskydds- och vårdhygienenheter i olika län som till ECDC och smittskyddsmyndigheter i andra länder.
Omfattning: Ett isolat från varje nytt fall som diagnostiserats och anmälts till SmiNet. Under 2016 anmäldes 4402 fall.
Metodik: spa-typning (amplifiering av spa-genens variabla region X med PCR samt sekvensering och analys av resulterande PCR-produkt) i kombination med analys av PVL-status (genpåvisning med PCR).

Till toppen | Till översikten

S. pneumoniae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte: Att följa upp pneumokockvaccinationsprogrammet för barn. Programmet bidrar även till internationell uppföljning pneumokockvaccinationer (ECDC) samt utgör en baslinje för eventuell införande av vaccinationer till riskgrupper.
Omfattning: Insamling av alla invasiva pneumokockisolat (cirka 1300 isolat per år).
Metodik: Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning) samt molekylär typning med MLST. Fördelning av typer analyseras och rapporteras stratifierat på åldersgrupp barn och över tid.

Till toppen | Till översikten

S. pneumoniae (PcG MIC≥0.5) – mikrobiell övervakning

Syfte: Att följa upp pneumokockvaccinationsprogrammet avseende resistensutveckling hos pneumokocker.
Omfattning: Insamling av alla isolat med penicillin MIC≥0.5 (cirka 300 isolat per år) samt tillhörande resistensdata (4 antibiotika).
Metodik: Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning). Fördelning av typer analyseras stratifierat på MIC>1,0 (PNSP), MIC≥0.5 och över tid.

Till toppen | Till översikten

Salmonella spp. – mikrobiell övervakning

Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av salmonella och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder. För att rikta salmonellakontrollprogrammet rätt, "från jord till bord", används informationen om cirkulerande typer av salmonella även inom ett One Health-perspektiv.
Omfattning: Isolat från alla fall med inhemsk smitta av salmonella (för utlandssmitta görs typningen mot avgift).
Metodik: Biokemisk artverifikation och serotypning. För S. Typhimurium, monofasisk S. Typhimurium och S. Enteritidis utförs även MLVA. Helgenomsekvensering vid utbrottsutredningar där SNP-analys görs.

Till toppen | Till översikten

VRE – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med den nationella övervakningen av vankomycinresistenta enterokocker (VRE) är främst att upptäcka utbrott och kluster med nationell utbredning samt att stärka kunskapen rörande både lokala och nationella utbrott. Övervakningen syftar också till att följa eventuella förändringar i resistens.
Omfattning: Samtliga isolat av vankomycinresistenta Enterococcus faecalis och faecium isolat från nyupptäckta fall skickas från landets mikrobiologiska laboratorier till Folkhälsomyndigheten. Vid större lokala utbrott inom ett landsting (mer än 15 isolat av samma typ) initieras en dialog med berört smittskyddsenhet kring vilka isolat som fortsatt bör typas.
Metodik: Artbestämning med MALDI-TOF, resistensbestämning (10 antibiotika), epidemiologisk typning med helgenomsekvensering och SNP/klusteranalys. Verifiering sker av resistensgener vanA, vanB, vanC, vanD samt övriga van-gener och plasmidmedierad linezolidresistens.

Till toppen | Till översikten

Virus

Hepatit A – mikrobiell övervakning

Syfte: Övervakningsprogrammet används vid utbrottskartläggning (smittspårning vid utbrottssituation eller sporadiska fall) och smittsambandsutredning med fokus på (misstänkta) inhemska fall av Hepatit A. Prov skickas till Folkhälsomyndigheten (FoHM) för typning efter primärdiagnostik på virologiska laboratorier.
Omfattning: Årligen analyseras cirka 50 - 200 prov (ingen systematisk insamling sker).
Metodik: För analys av prov genomförs molekylärt typning (PCR samt sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Hepatit B – mikrobiell övervakning

Syfte: Baslinjestudie avseende molekylär epidemiologi för fall med akut Hepatit B (HBV), inför eventuellt införande av Hepatit-B vaccination i allmänna barnvaccinationsprogrammet. Typningsresultaten kan i sekundärt syfte användas för vaccine-escape studier (virusstammar av Hepatit B-viruset (HBV) som muterat så att vaccin inte skyddar effektivt). Den molekylära typningsmetodiken möjliggör dessutom att påvisa smittkedjor vilket kan användas för att rikta preventionsinsatser.
Omfattning: Sedan januari 2013 samlar FoHM in samtliga serum- eller plasmaprover från alla fall med akut HBV infektion för mikrobiellt typning samt resistensbestämning.
Metodik: För analys av prov genomförs molekylärt typning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Influensa – mikrobiell övervakning

Syfte: Den nationella Influensaövervakningen består av sentinelprovtagning samt den virologiska övervakningen med molekylär typning och virusisolering. Folkhälsomyndigheten (FOHM) kan på detta sätt följa vilka influensastammar som cirkulerar i landet, om de liknar vaccinstammarna om antivirala medel är effektiva eller om resistens har utvecklats. Denna kunskap kan påverka prognoserna kring epidemins utveckling och den praktiska handläggningen av patienter. Utöver övervakning har FoHM en pandemiberedskap som övervakar och etablerar diagnostik för influensa med pandemisk potential.
Övervakning genomförs för att kunna informera sjukvård, myndigheter och allmänhet om förekomst och spridning av influensa i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och klinisk handläggning. Genom den nationella virologiska influensaövervakningen bidrar Sverige också, tillsammans med många andra europiska länder också till valet av stammar som ska ingå i nästa säsongs influensavaccin.
Omfattning: Influensaövervakningen bedrivs mellan vecka 40 på hösten och vecka 20 på våren. Sentinelprovtagning innebär att deltagande allmänläkare, vårdcentraler samt barn- och infektionskliniker, varje vecka tar näsprover från patienter med influensaliknande sjukdom (ILI, ARI) och skickar in dem till FoHM för analys (sub- och linjetypning). FoHM erbjuder kostnadsfri analys för alla prover som skickas in och provsvar lämnas till insändaren. Genom sentinelprovtagningen fastställs hur många personer med influensasymtom som faktiskt har influensa.
För den virologiska övervakningen ombeds de svenska laboratorierna att skicka in ett urval influensapositiva prover för sub- och linjetypning, molekylär karaktärisering av vaccinlikhet och resistens. Ett urval av de inskickade proverna isoleras och skickas till WHO-laboratoriet i Storbritannien för karaktärisering. Därigenom kan de svenska proverna bidra till valet av stammar som ska ingå i nästa säsongs influensavaccin.
Metodik: För analys av prov genomförs molekylär påvisning och typning (PCR, sekvensering) samt virusisolering enligt WHO:s riktlinjer.

Till toppen | Till översikten

Mässling – mikrobiell övervakning

Syfte: Mässling övervakas för att följa effekterna av vaccinationsprogrammet och för att uppfylla Världshälsoorganisationens (WHO) och Sveriges krav på övervakning för att verifiera elimineringsstatus. Övervakningsprogrammet samt typning används även för att möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation, upptäcka eventuella vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland (inhemskt respektive utlandssmittade).
Omfattning: Årligen analyseras ca 30 - 100 prov för fördjupad genotypisk analys (typning) och/eller bekräftande serologi.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys (IgM och IgG) valideras mot WHO:s regionala laboratorium.

Till toppen | Till översikten

Parotit – mikrobiell övervakning

Syfte: Övervakning genomförs för att uppfylla nationella krav för övervakning av vaccinsjukdomar. Övervakningsprogrammet används för att upptäcka anhopning av fall, möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation (eller sporadiska fall), upptäcka ev. vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland.
Omfattning: Årligen analyseras ca 30 - 50 prov för fördjupad genotypisk analys och/eller bekräftande serologi.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG).

Till toppen | Till översikten

Polio/enterovirus – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med programmet är övervakning och certifiering av ett poliofritt Sverige enligt uppdraget från Socialdepartementet och Världshälsoorganisationen (WHO). Ett sekundärt syfte är övervakning av övriga enterovirus (exklusive polio) i prover ifrån patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit.
Omfattning: Enligt Folkhälsomyndighetens (FoHM) föreskrifter om poliodiagnostik vid virusorsakad meningoencefalit (HSLF-FS 2015:5) skall ett virologiskt laboratorium, vid fynd av enterovirus i prover ifrån patienter med meningoencefalit skicka avföringsprov till FoHM för typning av enterovirus och uteslutning av polio. Årligen analyseras 300-450 prov.
Metodik: För analys av prov genomförs både virusisolering enligt WHO:s riktlinjer samt molekylär serotypning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Rotavirus – mikrobiell övervakning

Syfte: Syftet med övervakningsprogrammet är att skapa en baslinjestudie för Sverige avseende molekylär epidemiologi inför (ett eventuellt) införande av rotavirusvaccination i det allmänna barnvaccinationsprogrammet. Vid införande av ett nytt vaccin är det viktigt att genomföra studier som utvärderar vaccinpåverkan och effektivitet för att kunna besluta om rekommendationer för dess framtida användning samt för att tillåta en mer exakt uppskattning av effekterna av gällande vaccinationsstrategier.
Omfattning: Övervakningen påbörjades 2007 och består i en frivillig insamling av positiva rotavirusprover från mikrobiologiska laboratorier i hela landet för molekylär typning på Folkhälsomyndigheten (FoHM). Prover insamlas året runt och ett urval analyseras i slutet av kalenderåret. Årligen insamlas ca: 300–500 prov varav 100–200 analyseras och typningsdata återkopplas till laboratorierna. Urvalet görs så att en balanserad fördelning av kön/län/ålder erhålls.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Rubella – mikrobiell övervakning

Syfte: Övervakning genomförs för att uppfylla Världshälsoorganisationens (WHO) och nationella krav för att verifiera elimineringsstatus av rubella.
Omfattning: Årligen analyseras 0-50 prov (alla prov som tyder på en pågående rubellainfektion samlas in).
Metodik: Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG) vilken valideras mot WHO:s regionala Laboratorium.

Till toppen | Till översikten