Bakterier
- B. pertussis
- Clostridioides difficile
- Campylobacter
- Ehec
- ESBLCARBA Enterobacteriaceae
- ESBLCARBA Acinetobacter
- Invasiva grupp-A streptokocker (iGAS)
- H. influenzae (invasiva)
- H. influenzae (cefalosporinresistenta)
- Kolistinresistenta Enterobacteriaceae
- Legionella
- Listeria
- M. tuberkulos (multiresistent)
- MRSA
- Neisseria gonorrhoeae
- Neisseria meningitidis
- S. pneumoniae (invasiva)
- S. pneumoniae (PcG MIC≥0.5)
- Salmonella spp.
- VRE
Parasiter
Virus
Bakterier
Bordetella pertussis – mikrobiell övervakning
Syfte: Uppföljning av vaccination mot kikhosta i barnvaccinationsprogrammet. Övervakningen syftar till att upptäcka eventuella förändringar hos B. pertussis som kan leda till sämre svar på aktuella vacciner.
Omfattning: Isolat eller PCR-positivt provmaterial för B. pertussis samlas in.
Metodik: Detektion av relevanta vaccinmarkörer som pertussistoxin, pertaktin och Fim.
Clostridioides difficile – mikrobiell övervakning
Syfte: Att stödja ett långsiktigt förbättringsarbete med vårdhygien och rationellt antibiotikabruk i landet samt agera kvalitetsstöd till laboratorierna. Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till förändringar i incidens, detektera lokala utbrott, särskilt fokus ägnas åt spridningsbenägna typer i landet.
Omfattning: Laboratorierna ombeds att, oavsett diagnostisk metod, odla alla positiva prov under två veckor per år (vecka 39-40) och skicka in framodlade C. difficile-isolat. Vidare samlas även information om aktuell diagnostisk metod och prestanda per laboratorium in, samt fallens ålder, kön, uppgift om recidiv och ursprung från primär eller slutenvård.
Metodik: PCR ribotypning och fenotypisk resistensbestämning (sex antibiotika) på ett urval av typer.
Campylobacter spp – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med övervakningen är att utvärdera insatser för att minska inhemska fall av campylobacter-infektion från livsmedel. Insamling av isolat sker vid två perioder, där campylobacterfallen är som lägst (vårvinter) och som högst (sensommar).
Omfattning: Isolat från fall smittade i Sverige under vecka 11-12 och 34-35 samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering. Multilocus sequence typing (MLST) samt klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
Ehec – mikrobiell övervakning
Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av ehec och ge stöd vid utbrottsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder. En del typer av ehec ger oftare upphov till den allvarliga följdsjukdomen HUS (hemolytiskt uremiskt syndrom). Det är viktigt att kartlägga vilka typer som är associerade med allvarlig sjukdom för att möjliggöra en bättre och mer precis diagnostik för identifiering av dessa allvarligare fall. Vid fall av HUS är det särskilt viktigt att bakterien isoleras och typas för att smittspåra och koppla ihop fall med livsmedels- djur- eller miljöisolat.
Omfattning: Alla ehec isolat samlas in. Feces för isolering vid HUS-fall där det lokala laboratoriet inte lyckats isolera.
Metodik: Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och shigatoxintyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
ESBLCARBA Enterobacteriaceae – mikrobiell övervakning
Syfte: Att karaktärisera alla fynd av ESBLCARBA-producerande bakterieisolat i familjen Enterobacteriaceae i syfte att detektera nationella spridningar samt förändringar i resistensmekanismer och resistensmönster. ESBLCARBA producerande bakterier är ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien är resistent mot alla tillgängliga antibiotika.
Omfattning: Alla bekräftade ESBLCARBA-producerande isolat inom familjen Enterobacteriaceae samlas in. De arter som omfattas beskrivs i Falldefinitioner vid anmälan enligt smittskyddslagen (sid 21).
Metodik: Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution samt fenotypisk analys av ESBLCARBA-produktion. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
ESBLCARBA Acinetobacter – mikrobiell övervakning
Syfte: Att följa utvecklingen av karbapenemresistenta Acinetobacter spp. med fokus på förekomst av överförbara resistensgener som ger upphov till resistens mot bredspektrumantibiotikum så som meropenem. Övervakningen bidrar också till stärkt kommunikation av förekomst och typningsresultat då alla resistenta isolat karaktäriseras med samma typningsmetod och subgruppering av resistensgener både nationellt och internationellt. Karbapenemresistenta Acinetobacter spp. är vanligt förekommande och ett stort hot/problem i stora delar av Europa, och anses som ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien blir resistent mot alla tillgängliga antibiotika.
Omfattning: Isolat resistenta mot meropenem (R).
Metodik: Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
Invasiva grupp-A streptokocker (iGAS) – mikrobiell övervakning
Syfte: Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till incidensökningar, detektera lokala utbrott och eventuella förändringar i klinisk manifestation. Särskilt fokus ägnas till typen emm1 som orsakat de senaste årens stora incidensökningar under vårvintern.
Omfattning: Alla invasiva GAS-isolat isolerade under februari-april årligen samlas in.
Metodik: emm-typning genom sekvensering av emm-genen.
H. influenzae (invasiva) – mikrobiell övervakning
Syfte: Uppföljning av Hib (Haemophilus influenzae typ b) vaccination inom barnvaccinationsprogrammet. Karaktärisering av isolat för att kunna upptäcka spridning av typer med förändrad spridningsförmåga och virulens. Dessutom följs eventuella förändringar i antibiotikaresistens samt förekomst av vaccinationsgenombrott.
Omfattning: Alla isolat från barn i ålder 0-5 år samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering med molekylär serotypning. MLST och detektion av ett urval resistensgener och resistensmutationer.
Cefalosporinresistenta Haemophilus influenzae – mikrobiell övervakning
Syfte: Att följa förekomsten och epidemiologin av betalaktamresistenta Haemophilus influenzae med fokus på resistens mot cefalosporiner som oftast orsakas av förändringar i penicillinbindande protein 3 (BLNAR eller PBP3) kodade av ftsI-genen.
Då samhällsförvärvade infektioner med H. influenzae till största del behandlas med betalaktamer är det viktigt att övervaka förekomst av resistens och resistensmekanismer så som ökad höggradig PBP3 resistens som kan äventyra nuvarande behandling.
Omfattning: Betalaktamresistenta (MIC-värden för cefalosporiner och/eller karbapenemer över S-brytpunkten) isolat av H. influenzae vars resistens verifierats med mikrodilution samlas in. Mikrodilution utförs bland annat av referenslaboratoriet i Växjö.
Metodik: Helgenomsekvensering för detektion av mutationer i ftsI-genen, överförbara betalaktamasgener (blaTEM och blaROB) samt övriga relevanta resistensgener. Klusteranalys baserad på SNPs för detektion av eventuella släktskap.
Kolistinresistens – mikrobiell övervakning
Syfte: Att följa utvecklingen av kolistinresistenta Enterobacteriaceae med fokus på förekomst av den mobila resistensmekanismen mcr (mobile colistin resistance). Genen mcr har fram till november 2018 påvisats i tolv isolat, åtta isolerade från urin och fyra isolerade från feces i Sverige. Eftersom kolistin är ett viktigt behandlingsalternativ vid infektioner med multiresistenta bakterier kan en ökning få allvarliga konsekvenser för sjukvården.
Omfattning: Kolistinresistenta isolat av Enterobacteriaceae som verifierats med referensmetoden mikrodilution samlas in med följande undantag: Proteus spp., Providencia spp., Morganella morganii, Serratia spp. (naturligt resistenta mot kolistin) samt ESBLCARBA producerande Enterobacteriaceae och ehec (ingår i andra övervakningsprogram). Mikrodilution utförs bland annat av referenslaboratoriet i Växjö.
Metodik: Helgenomsekvensering för detektion av mcr och dess subvarianter. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
Legionella spp – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med den epidemiologiska typningen är att bidra med information för att bekräfta kluster och utbrott både nationellt och internationellt. Legionella är en anmälningspliktig och smittspårningspliktig sjukdom och under 2017 rapporterades 196 legionellafall i Sverige, vilket är en ökning mot tidigare år. Typningen kan också användas för att jämföra sekvenstyp mellan isolat från patient med isolat från miljön. Detta möjliggör identifiering av trolig smittkälla både vid utbrott och sporadiska fall.
Omfattning: Alla odlingspositiva Legionella-arter samlas in.
Metodik: Sekvensbaserad typning (SBT) av sju genfragment där sekvenstyp (ST) erhålls samt serotypning av L. pneumophila.
Listeria monocytogenes – mikrobiell övervakning
Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av listeria och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder, exempelvis informationsinsatser till riskgrupper som immunsupprimerade och gravida. Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.
Omfattning: Alla invasiva isolat samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och MLST-profil. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.
Mycobacterium tuberculosis (multiresistent) – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med den epidemiologiska typningen är att snabbt upptäcka utbrott och kluster. Okända kopplingar mellan fall kan upptäckas och missad smittspårning påvisas och då åtgärdas/förbättras. Med hjälp av anmälan från behandlande läkare och den typning som utförs så görs en bedömning om patienten har smittats i Sverige eller ej. Multiresistent tuberkulos innebär i regel förlängd smittsamhetstid och kraftigt förlängd total behandlingstid samt stor risk för biverkningar av behandlingen. Spridning av denna form av TB är därför särskilt angelägen att identifiera, bryta och förebygga.
Omfattning: Alla multiresistenta M. tuberculosis isolat samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning. Klusteranalys för att detektera eventuella släktskap. Samtliga fall inom ett kluster kopplas i SmiNet ihop under utbrott i Milou. Där kan smittskyddsenheter få information om klustret, se hur många andra fall det finns med samma typningsmönster och var någonstans i landet de befinner sig.
MRSA – mikrobiell övervakning
Syfte: Att skapa en nationell överblick avseende spa-typ och PVL-status hos MRSA (meticillinresistenta Staphylococcus aureus) isolerade från kliniska prover från nyanmälda fall, och därigenom bidra till kunskapsuppbyggnad som kan utgöra ett stöd till landets smittskydds- och vårdhygienenheter i deras arbete med att upptäcka och stoppa smittspridning av MRSA.
Omfattning: Alla isolat från kliniska fall av MRSA, det vill säga där MRSA påvisats vid utredning av sjukdomssymptom exempelvis från blod, sår och abscesser/mjukdelsinfektioner. I de fall där flera isolat odlats fram från samma patient skickas endast ett isolat.
Metodik: spa-typning (amplifiering och sekvensering av spa-genens variabla region X) i kombination med analys av PVL-status (PCR).
Neisseria gonorrhoeae – mikrobiell övervakning
Syfte: Att analysera spridningsmönster av gonokocker resistenta mot rekommenderad antibiotikaterapi i Sverige.
Omfattning: Omfattar isolat av Neisseria gonorrhoeae med MIC>0,125 mg/L av ceftriaxon eller cefixim och/eller MIC>256 mg/mL av azitromycin. Isolat skickas till nationella referenslaboratoriet i Örebro.
Metodik: Isolaten typas med helgenomsekvensering (MLST och NG-STAR som bland annat inkluderar generna för antibiotikaresistens penA och 23S rRNA).
Neisseria meningitidis – mikrobiell övervakning
Syfte: Att detektera utbrott och vid behov vaccinera riskgrupper/kontakter för att stoppa smittspridning. Att följa epidemiologi samt resistensutveckling och vid behov föreslå ändrade behandlingsrekommendationer.
Omfattning: Samtliga invasiva isolat av N. meningitidis samlas in. Utförs av nationella referenslabbet i Örebro.
Metodik: Helgenomsekvensering samt fenotypisk resistensbestämning.
Streptococcus pneumoniae (invasiva) – mikrobiell övervakning
Syfte: Att följa upp pneumokockvaccinationsprogrammet för barn. Programmet bidrar även till internationell uppföljning pneumokockvaccinationer samt utgör en baslinje för eventuell införande av vaccinationer till riskgrupper.
Omfattning: Alla invasiva pneumokockisolat samlas in.
Metodik: Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning) samt molekylär typning med MLST.
Streptococcus pneumoniae (PcG MIC>0.5) – mikrobiell övervakning
Syfte: Att utvärdera barnvaccinationsprogrammets effekter på serotypsfördelning och associerad resistensutveckling hos PNSP samt för lokal smittspårning och tillhörande smittskyddsåtgärder.
Omfattning: Alla pneumokockisolat med penicillin MIC≥0.5 samt tillhörande resistensdata (4 antibiotika) samlas in.
Metodik: Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning).
Salmonella spp. – mikrobiell övervakning
Syfte: Att upptäcka nationella utbrott och kluster av salmonella och ge stöd vid utbrottsutredningar. Övervakningen syftar också till att utgöra kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt planering och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder inom olika sektorer så som livsmedelsproduktion och djurhållning (One health). Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.
Omfattning: Isolat från alla fall med inhemsk smitta av salmonella samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering med analys för art och serotyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Vid behov utförs även fenotypisk analys med klassisk metodik för artbestämning och serotypning.
VRE – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med den nationella övervakningen av vankomycinresistenta enterokocker (VRE) är främst att upptäcka utbrott och kluster med nationell utbredning samt att stärka kunskapen rörande både lokala och nationella utbrott. Övervakningen syftar också till att följa eventuella förändringar i resistens samt i jämförelse med resistensdata från Svebar.
Omfattning: Samtliga VRE isolat från nyupptäckta fall samlas in.
Metodik: Helgenomsekvensering för verifiering av van-gen, plasmidmedierad och/eller ribosomal linezolidresistens. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Fenotypisk resistensbestämning på ett urval av isolat.
Parasiter
Cryptosporidium – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med programmet är att kartlägga vilka arter och subtyper av Cryptosporidium som orsakar inhemsk smitta. Insamlingen görs för samla kunskap om epidemiologin på nationell nivå vilket i sin tur utgör en bas för preventiva åtgärder och för att kunna upptäcka utbrott.
Omfattning: Prov från inhemska fall provtagna 1 augusti till och med 30 november. Representativt urval kan komma att göras. Vid lokala utbrott initieras en dialog med berörd smittskyddsenhet.
Metodik: Art fastställs för samtliga prov och subtyp respektive ytterligare epidemiologisk typning utförs när så är relevant och kan omfatta, PCR, RFLP, sangersekvensering, NGS amplikonsekvensering och sekvensanalys. Art, subtyp och/eller annan epidemiologisk typ analyseras i relation till övriga epidemiologiska data inrapporterade i SmiNet, så som till exempel zoonotisk koppling, och avvikelser rapporteras till berörda.
Virus
Hepatit A – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakningsprogrammet används vid utbrottskartläggning, smittspårning och smittsambandsutredning av fall av hepatit A i landet.
Omfattning: Prov från alla fall samlas in.
Metodik: För analys av prov genomförs molekylär typning (PCR).
Hepatit B – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakningsprogrammet för övervakning av molekylär epidemiologi för fall med akut Hepatit B. Typningsresultaten kan i sekundärt syfte användas för studera antiviral resistens, vaccine-escape studier (virusstammar av Hepatit B-viruset (HBV) som muterat så att vaccin inte skyddar effektivt). Den molekylära typningsmetodiken möjliggör dessutom att påvisa smittkedjor vilket kan användas för att rikta preventionsinsatser.
Omfattning: Folkhälsomyndigheten samlar in samtliga serum- eller plasmaprover från alla fall med akut HBV infektion.
Metodik: För analys av prov genomförs molekylärt typning (PCR och sekvensering).
Influensa – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakning genomförs för att kunna informera sjukvård, myndigheter och allmänhet om förekomst och spridning av influensa i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och klinisk handläggning. Den nationella Influensaövervakningen består av sentinelprovtagning samt den virologiska övervakningen med molekylär typning och virusisolering. På detta sätt följs vilka influensastammar som cirkulerar i landet, om de liknar vaccinstammarna och om antivirala medel är effektiva. Utöver övervakning har Folkhälsomyndigheten en pandemiberedskap som övervakar och etablerar diagnostik för influensa med pandemisk potential.
Genom den nationella virologiska influensaövervakningen bidrar Sverige tillsammans med många andra europiska länder också till valet av stammar som ska ingå i nästa säsongs influensavaccin.
Omfattning: Influensaövervakningen bedrivs mellan vecka 40 på hösten och vecka 20 på våren. Sentinelprovtagning innebär att deltagande allmänläkare, vårdcentraler samt barn- och infektionskliniker, varje vecka tar näsprover från patienter med influensaliknande sjukdom (ILI, ARI) och skickar in dem till Folkhälsomyndigheten för analys (sub- och linjetypning). Genom sentinelprovtagningen fastställs hur många personer med influensasymtom som faktiskt har influensa.För den virologiska övervakningen ombeds de svenska laboratorierna att skicka in ett urval influensapositiva prover för sub- och linjetypning, molekylär karaktärisering av vaccinlikhet och resistens. Alla analyserna är standardiserade enligt WHO.
Metodik: För analys av prov genomförs molekylär påvisning och typning (PCR, sekvensering) samt virusisolering enligt WHO:s riktlinjer.
Mässling – mikrobiell övervakning
Syfte: Mässling övervakas för att följa effekterna av vaccinationsprogrammet och för att uppfylla Världshälsoorganisationens och Sveriges krav på övervakning för att verifiera elimineringsstatus. Övervakningsprogrammet samt typning används även för att möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation, upptäcka eventuella vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland (inhemskt respektive utlandssmittade).
Omfattning: Årligen analyseras ca 30 - 100 prov för fördjupad genotypisk analys (typning) och/eller bekräftande serologi.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys (IgM och IgG) valideras mot WHO:s regionala laboratorium.
Parotit – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakning genomförs för att uppfylla nationella krav för övervakning av vaccinsjukdomar. Övervakningsprogrammet används för att upptäcka anhopning av fall, möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation (eller sporadiska fall), upptäcka ev. vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland.
Omfattning: Årligen analyseras ca 30 - 50 prov för fördjupad genotypisk analys och/eller bekräftande serologi.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG).
Polio/enterovirus – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med programmet är övervakning och certifiering av ett poliofritt Sverige enligt uppdraget från Socialdepartementet och Världshälsoorganisationen (WHO). Ett sekundärt syfte är övervakning av övriga enterovirus (exklusive polio) i prover ifrån patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit.
Omfattning: Enligt Folkhälsomyndighetens föreskrifter om poliodiagnostik vid virusorsakad meningoencefalit (HSLF-FS 2015:5) skall ett virologiskt laboratorium, vid fynd av enterovirus i prover ifrån patienter med meningoencefalit skicka avföringsprov till Folkhälsomyndigheten för typning av enterovirus och uteslutning av polio. Årligen analyseras 300-500 prov.
Metodik: För analys av prov genomförs både virusisolering enligt WHO:s riktlinjer samt molekylär serotypning (PCR och sekvensering).
Rotavirus – mikrobiell övervakning
Syfte: Syftet med övervakningsprogrammet är att skapa en baslinjestudie för Sverige avseende rotavirusgenotyper inför införande av rotavirusvaccination i det allmänna barnvaccinationsprogrammet. Vid införande av ett nytt vaccin är det viktigt att genomföra studier som utvärderar vaccinpåverkan och effektivitet för att kunna besluta om rekommendationer för dess framtida användning samt för att tillåta en mer exakt uppskattning av effekterna av gällande vaccinationsstrategier.
Omfattning: Övervakningen består i en frivillig insamling av positiva rotavirusprover från mikrobiologiska laboratorier för molekylär typning på Folkhälsomyndigheten. Prover insamlas året runt och ett urval analyseras i slutet av kalenderåret. Årligen analyseras 100-200 prover. Urvalet görs så att en balanserad fördelning av kön/län/ålder erhålls.
Metodik: Molekylär typning (PCR och sekvensering).
Rubella – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakning genomförs för att uppfylla Världshälsoorganisationens (WHO) och Sveriges krav för att verifiera elimineringsstatus av rubella.
Omfattning: Årligen analyseras 1-50 prov.
Metodik: Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG) vilken valideras mot WHO:s regionala Laboratorium. Alla prov som tyder på en pågående rubellainfektion samlas in.
SARS-Cov-2 – mikrobiell övervakning
Syfte: Övervakningen har som syfte att informera sjukvård, myndigheter och allmänhet om förekomst och spridning av coronaviruset i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning.
Omfattning: Från och med maj 2020 samlas 5-10 prover per månad och klinisk mikrobiologiskt laboratorium in för typning på Folkhälsomyndigheten. För perioden februari-april har cirka 400 prover insamlats. Utöver denna provinsamling inkluderas SARS-Cov-2-analyser i sentinelprovtagningen som etablerats för influensaövervakning (uppskattningsvis 6 000-7 000 prover under 2020) där ett urval av positiva prov kommer att sekvenseras med helgenomsekvensering. Inom kohortstudierna (Hälsorapport) samlas prover regelbundet in genom självprovtagning för analys med PCR. En tvärsnittsstudie med cirka 12 000 prover för antikroppspåvisning tagna från flera regioner vid olika tidpunkter genomförs.
Metodik: För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. För serologisk analys används flera olika metoder.