Bakterier

Parasiter

Virus

Bakterier

Bordetella pertussis – mikrobiell övervakning

Syfte

Uppföljning av vaccination mot kikhosta i barnvaccinationsprogrammet. Övervakningen syftar till att upptäcka eventuella förändringar hos B. pertussis som kan leda till sämre svar på aktuella vacciner.

Omfattning

Isolat eller PCR-positivt provmaterial för B. pertussis samlas in.

Metodik

Detektion av relevanta vaccinmarkörer som pertussistoxin, pertaktin och Fim.

Till toppen | Till översikten

Clostridioides difficile – mikrobiell övervakning

Syfte

Att stödja ett långsiktigt förbättringsarbete med vårdhygien och rationellt antibiotikabruk i landet samt agera kvalitetsstöd till laboratorierna. Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till förändringar i incidens, detektera lokala utbrott, särskilt fokus ägnas åt spridningsbenägna typer i landet.

Omfattning

Laboratorierna ombeds att, oavsett diagnostisk metod, odla alla positiva prov under två veckor per år (vecka 39-40) och skicka in framodlade C. difficile-isolat. Vidare samlas även information om aktuell diagnostisk metod och prestanda per laboratorium in, samt fallens ålder, kön, uppgift om recidiv och ursprung från primär eller slutenvård.

Metodik

PCR ribotypning och fenotypisk resistensbestämning (sex antibiotika) på ett urval av typer.

Till toppen | Till översikten

Campylobacter spp – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med övervakningen är att utvärdera insatser för att minska antalet inhemska humanfall av campylobacterinfektion från livsmedel. Insamling av isolat sker vid fyra veckor under sensommaren då antalet fall av campylobacterinfektion är som högst. Denna ökning under sensommaren antas till stor del bero på en ökad förekomst av campylobacter i kycklingkött.

Omfattning

Isolat från fall rapporterade som smittade i Sverige, alternativt okänt smittland, inkomna under vecka 34-37 samlas in från samtliga laboratorier.

Metodik

Helgenomsekvensering. Ur sekvensdata extraheras art och MLST-profil och predikterad resistens för tetracyklin, quinoloner och makrolider. SNP-analyser utförs för klusterdetektion inom en ST-profil.

Till toppen | Till översikten

Ehec – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av ehec och ge stöd vid utbrottsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder. En del typer av ehec ger oftare upphov till den allvarliga följdsjukdomen HUS (hemolytiskt uremiskt syndrom). Det är viktigt att kartlägga vilka typer som är associerade med allvarlig sjukdom för att möjliggöra en bättre och mer precis diagnostik för identifiering av dessa allvarligare fall. Vid fall av HUS är det särskilt viktigt att bakterien isoleras och typas för att smittspåra och koppla ihop fall med livsmedels- djur- eller miljöisolat.

Omfattning

Alla ehec isolat samlas in. Feces för isolering vid HUS-fall där det lokala laboratoriet inte lyckats isolera.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och shigatoxintyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

ESBLCARBA Enterobacteriaceae – mikrobiell övervakning

Syfte

Att karaktärisera alla fynd av ESBLCARBA-producerande bakterieisolat i familjen Enterobacteriaceae i syfte att detektera nationella spridningar samt förändringar i resistensmekanismer och resistensmönster. ESBLCARBA producerande bakterier är ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien är resistent mot alla tillgängliga antibiotika.

Omfattning

Alla bekräftade ESBLCARBA-producerande isolat inom familjen Enterobacteriaceae samlas in. De arter som omfattas beskrivs i Falldefinitioner vid anmälan enligt smittskyddslagen (sid 21).

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution samt fenotypisk analys av ESBLCARBA-produktion. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

ESBLCARBA Acinetobacter – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa utvecklingen av karbapenemresistenta Acinetobacter spp. med fokus på förekomst av överförbara resistensgener som ger upphov till resistens mot bredspektrumantibiotikum så som meropenem. Övervakningen bidrar också till stärkt kommunikation av förekomst och typningsresultat då alla resistenta isolat karaktäriseras med samma typningsmetod och subgruppering av resistensgener både nationellt och internationellt. Karbapenemresistenta Acinetobacter spp. är vanligt förekommande och ett stort hot/problem i stora delar av Europa, och anses som ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien blir resistent mot alla tillgängliga antibiotika.

Omfattning

Isolat resistenta mot meropenem (R).

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

Invasiva grupp-A streptokocker (iGAS) – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till incidensökningar, detektera lokala utbrott och eventuella förändringar i klinisk manifestation. Särskilt fokus ägnas till typen emm1 som orsakat de senaste årens stora incidensökningar under vårvintern.

Omfattning

Alla invasiva GAS-isolat isolerade under februari-april årligen samlas in.

Metodik

emm-typning genom sekvensering av emm-genen.

Till toppen | Till översikten

H. influenzae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte

Uppföljning av Hib (Haemophilus influenzae typ b) vaccination inom barnvaccinationsprogrammet. Karaktärisering av isolat för att kunna upptäcka spridning av typer med förändrad spridningsförmåga och virulens. Dessutom följs eventuella förändringar i antibiotikaresistens samt förekomst av vaccinationsgenombrott.

Omfattning

Alla isolat från barn i ålder 0-5 år samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering med molekylär serotypning. MLST och detektion av ett urval resistensgener och resistensmutationer.

Till toppen | Till översikten

Cefalosporinresistenta Haemophilus influenzae – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa förekomsten och epidemiologin av betalaktamresistenta Haemophilus influenzae med fokus på resistens mot cefalosporiner som oftast orsakas av förändringar i penicillinbindande protein 3 (BLNAR eller PBP3) kodade av ftsI-genen. Då samhällsförvärvade infektioner med H. influenzae till största del behandlas med betalaktamer är det viktigt att övervaka förekomst av resistens och resistensmekanismer så som ökad höggradig PBP3 resistens som kan äventyra nuvarande behandling.

Omfattning

Betalaktamresistenta (MIC-värden för cefalosporiner och/eller karbapenemer över S-brytpunkten) isolat av H. influenzae vars resistens verifierats med mikrodilution samlas in. Mikrodilution utförs bland annat av referenslaboratoriet i Växjö.

Metodik

Helgenomsekvensering för detektion av mutationer i ftsI-genen, överförbara betalaktamasgener (blaTEM och blaROB) samt övriga relevanta resistensgener. Klusteranalys baserad på SNPs för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

Kolistinresistens – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa utvecklingen av kolistinresistenta Enterobacteriaceae med fokus på förekomst av den mobila resistensmekanismen mcr (mobile colistin resistance). Genen mcr har fram till november 2018 påvisats i tolv isolat, åtta isolerade från urin och fyra isolerade från feces i Sverige. Eftersom kolistin är ett viktigt behandlingsalternativ vid infektioner med multiresistenta bakterier kan en ökning få allvarliga konsekvenser för sjukvården.

Omfattning

Kolistinresistenta isolat av Enterobacteriaceae som verifierats med referensmetoden mikrodilution samlas in med följande undantag: Proteus spp., Providencia spp., Morganella morganii, Serratia spp. (naturligt resistenta mot kolistin) samt ESBLCARBA producerande Enterobacteriaceae och ehec (ingår i andra övervakningsprogram). Mikrodilution utförs bland annat av referenslaboratoriet i Växjö.

Metodik

Helgenomsekvensering för detektion av mcr och dess subvarianter. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

Legionella spp – mikrobiell övervakning

Syfte

Legionella är en anmälningspliktig och smittspårningspliktig sjukdom. Syftet med den epidemiologiska typningen av L. pneumophila är att bidra med information för att bekräfta kluster och utbrott både nationellt och internationellt. Typningen kan också användas för att jämföra sekvenstyp mellan isolat från patient med isolat från miljön. Detta möjliggör identifiering av trolig smittkälla både vid utbrott och sporadiska fall. Övriga arter av legionella samlas in i syfte att få bättre förståelse för artdiversiteten hos diagnostiserade fall.

Omfattning

Insamling av alla isolat av Legionella species från kliniska fall.

Metodik

Helgenomsekvensering av L. pneumophila där sekvenstyp (ST) erhålls samt serotypning med latexagglutination. Övriga arter av legionella artbestäms med MALDITOF.

Till toppen | Till översikten

Listeria monocytogenes – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av listeria och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder, exempelvis informationsinsatser till riskgrupper som immunsupprimerade och gravida. Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.

Omfattning

Alla invasiva isolat samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och MLST-profil. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Till toppen | Till översikten

Mycobacterium tuberculosis (multiresistent) – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med den epidemiologiska typningen är att snabbt upptäcka utbrott och kluster. Okända kopplingar mellan fall kan upptäckas och missad smittspårning påvisas och då åtgärdas/förbättras. Med hjälp av anmälan från behandlande läkare och den typning som utförs så görs en bedömning om patienten har smittats i Sverige eller ej. Multiresistent tuberkulos innebär i regel förlängd smittsamhetstid och kraftigt förlängd total behandlingstid samt stor risk för biverkningar av behandlingen. Spridning av denna form av TB är därför särskilt angelägen att identifiera, bryta och förebygga.

Omfattning

Alla multiresistenta M. tuberculosis isolat samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning. Klusteranalys för att detektera eventuella släktskap. Samtliga fall inom ett kluster kopplas i SmiNet ihop under utbrott i Milou. Där kan smittskyddsenheter få information om klustret, se hur många andra fall det finns med samma typningsmönster och var någonstans i landet de befinner sig.

Till toppen | Till översikten

MRSA – mikrobiell övervakning

Syfte

Att skapa en nationell överblick avseende spa-typ och PVL-status hos MRSA (meticillinresistenta Staphylococcus aureus) isolerade från kliniska prover från nyanmälda fall, och därigenom bidra till kunskapsuppbyggnad som kan utgöra ett stöd till landets smittskydds- och vårdhygienenheter i deras arbete med att upptäcka och stoppa smittspridning av MRSA.

Omfattning

Alla isolat från kliniska fall av MRSA, det vill säga där MRSA påvisats vid utredning av sjukdomssymptom exempelvis från blod, sår och abscesser/mjukdelsinfektioner. I de fall där flera isolat odlats fram från samma patient skickas endast ett isolat.

Metodik

spa-typning (amplifiering och sekvensering av spa-genens variabla region X) i kombination med analys av PVL-status (PCR).

Till toppen | Till översikten

Neisseria gonorrhoeae – mikrobiell övervakning

Syfte

Att analysera spridningsmönster av gonokocker resistenta mot rekommenderad antibiotikaterapi i Sverige.

Omfattning

Omfattar isolat av Neisseria gonorrhoeae med MIC>0,125 mg/L av ceftriaxon eller cefixim och/eller MIC>256 mg/mL av azitromycin. Isolat skickas till nationella referenslaboratoriet i Örebro.

Metodik

Isolaten typas med helgenomsekvensering (MLST och NG-STAR som bland annat inkluderar generna för antibiotikaresistens penA och 23S rRNA).

Till toppen | Till översikten

Neisseria meningitidis – mikrobiell övervakning

Syfte

Att detektera utbrott och vid behov vaccinera riskgrupper/kontakter för att stoppa smittspridning. Att följa epidemiologi samt resistensutveckling och vid behov föreslå ändrade behandlingsrekommendationer.

Omfattning

Samtliga invasiva isolat av N. meningitidis samlas in. Utförs av nationella referenslabbet i Örebro.

Metodik

Helgenomsekvensering samt fenotypisk resistensbestämning.

Till toppen | Till översikten

Streptococcus pneumoniae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa upp pneumokockvaccinationsprogrammet för barn. Programmet bidrar även till internationell uppföljning pneumokockvaccinationer samt utgör en baslinje för eventuell införande av vaccinationer till riskgrupper.

Omfattning

Alla invasiva pneumokockisolat samlas in.

Metodik

Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning) samt molekylär typning med MLST.

Till toppen | Till översikten

Streptococcus pneumoniae (PcG MIC≥0.5) – mikrobiell övervakning

Syfte

Att utvärdera barnvaccinationsprogrammets effekter på serotypsfördelning och associerad resistensutveckling hos PNSP samt för lokal smittspårning och tillhörande smittskyddsåtgärder.

Omfattning

Alla pneumokockisolat med penicillin MIC≥0.5 samt tillhörande resistensdata (4 antibiotika) samlas in.

Metodik

Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning).

Till toppen | Till översikten

Salmonella spp. – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av salmonella och ge stöd vid utbrottsutredningar. Övervakningen syftar också till att utgöra kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt planering och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder inom olika sektorer så som livsmedelsproduktion och djurhållning (One health). Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.

Omfattning

Isolat från alla fall med inhemsk smitta av salmonella samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art och serotyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Vid behov utförs även fenotypisk analys med klassisk metodik för artbestämning och serotypning.

Till toppen | Till översikten

VRE – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med den nationella övervakningen av vankomycinresistenta enterokocker (VRE) är främst att upptäcka utbrott och kluster med nationell utbredning samt att stärka kunskapen rörande både lokala och nationella utbrott. Övervakningen syftar också till att följa eventuella förändringar i resistens samt i jämförelse med resistensdata från Svebar.

Omfattning

Samtliga VRE isolat från nyupptäckta fall samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering för verifiering av van-gen, plasmidmedierad och/eller ribosomal linezolidresistens. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Fenotypisk resistensbestämning på ett urval av isolat.

Till toppen | Till översikten

Parasiter

Cryptosporidium – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med programmet är att kartlägga vilka arter och subtyper av cryptosporidium som orsakar inhemsk smitta. Insamlingen görs för att följa epidemiologin på nationell nivå vilket i sin tur utgör en bas för preventiva åtgärder samt för kunskapsinhämtning.

Omfattning

Prov från inhemska fall provtagna 1 augusti till och med 30 november. Representativt urval kan komma att göras. Vid lokala utbrott initieras en dialog med berörd smittskyddsenhet.

Metodik

Art fastställs för samtliga prov och majoriteten av prov subtypas med hjälp av PCR, Sangersekvensering och sekvensanalys. Art, subtyp och/eller annan epidemiologisk typning analyseras i relation till övriga epidemiologiska data inrapporterade i SmiNet, så som till exempel zoonotisk koppling, och avvikelser rapporteras till berörda.

Till toppen | Till översikten

Virus

Hepatit A – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningsprogrammet används vid utbrottskartläggning, smittspårning och smittsambandsutredning av fall av hepatit A i landet.

Omfattning

Prov från alla fall samlas in.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylär typning (PCR).

Till toppen | Till översikten

Hepatit B – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningsprogrammet för övervakning av molekylär epidemiologi för fall med akut Hepatit B. Typningsresultaten kan i sekundärt syfte användas för studera antiviral resistens, vaccine-escape studier (virusstammar av Hepatit B-viruset (HBV) som muterat så att vaccin inte skyddar effektivt). Den molekylära typningsmetodiken möjliggör dessutom att påvisa smittkedjor vilket kan användas för att rikta preventionsinsatser.

Omfattning

Folkhälsomyndigheten samlar in samtliga serum- eller plasmaprover från alla fall med akut HBV infektion.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylärt typning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Influensa – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att kunna informera sjukvård, myndigheter och allmänhet om förekomst och spridning av influensa i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och klinisk handläggning. Den nationella Influensaövervakningen består av sentinelprovtagning samt den virologiska övervakningen med molekylär typning och virusisolering. På detta sätt följs vilka influensastammar som cirkulerar i landet, om de liknar vaccinstammarna och om antivirala medel är effektiva. Utöver övervakning har Folkhälsomyndigheten en pandemiberedskap som övervakar och etablerar diagnostik för influensa med pandemisk potential.

Genom den nationella virologiska influensaövervakningen bidrar Sverige tillsammans med många andra europiska länder också till valet av stammar som ska ingå i nästa säsongs influensavaccin.

Omfattning

Influensaövervakningen bedrivs mellan vecka 40 på hösten och vecka 20 på våren. Sentinelprovtagning innebär att deltagande allmänläkare, vårdcentraler samt barn- och infektionskliniker, varje vecka tar näsprover från patienter med influensaliknande sjukdom (ILI, ARI) och skickar in dem till Folkhälsomyndigheten för analys (sub- och linjetypning). Genom sentinelprovtagningen fastställs hur många personer med influensasymtom som faktiskt har influensa.För den virologiska övervakningen ombeds de svenska laboratorierna att skicka in ett urval influensapositiva prover för sub- och linjetypning, molekylär karaktärisering av vaccinlikhet och resistens. Alla analyserna är standardiserade enligt WHO.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylär påvisning och typning (PCR, sekvensering) samt virusisolering enligt WHO:s riktlinjer.

Till toppen | Till översikten

Mässling – mikrobiell övervakning

Syfte

Mässling övervakas för att följa effekterna av vaccinationsprogrammet och för att uppfylla Världshälsoorganisationens och Sveriges krav på övervakning för att verifiera elimineringsstatus. Övervakningsprogrammet samt typning används även för att möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation, upptäcka eventuella vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland (inhemskt respektive utlandssmittade).

Omfattning

Årligen analyseras ca 30–100 prov för fördjupad genotypisk analys (typning) och/eller bekräftande serologi.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys (IgM och IgG) valideras mot WHO:s regionala laboratorium.

Till toppen | Till översikten

Parotit – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att uppfylla nationella krav för övervakning av vaccinsjukdomar. Övervakningsprogrammet används för att upptäcka anhopning av fall, möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation (eller sporadiska fall), upptäcka ev. vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland.

Omfattning

Årligen analyseras ca 30–50 prov för fördjupad genotypisk analys och/eller bekräftande serologi.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG).

Till toppen | Till översikten

Polio/enterovirus – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med programmet är övervakning och certifiering av ett poliofritt Sverige enligt uppdraget från Socialdepartementet och Världshälsoorganisationen (WHO). Ett sekundärt syfte är övervakning av övriga enterovirus (exklusive polio) i prover ifrån patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit.

Omfattning

Enligt Folkhälsomyndighetens föreskrifter om poliodiagnostik vid virusorsakad meningoencefalit (HSLF-FS 2015:5) skall ett virologiskt laboratorium, vid fynd av enterovirus i prover ifrån patienter med meningoencefalit skicka avföringsprov till Folkhälsomyndigheten för typning av enterovirus och uteslutning av polio. Årligen analyseras 300-500 prov.

Metodik

För analys av prov genomförs både virusisolering enligt WHO:s riktlinjer samt molekylär serotypning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Rotavirus – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med övervakningsprogrammet är att skapa en baslinjestudie för Sverige avseende rotavirusgenotyper inför införande av rotavirusvaccination i det allmänna barnvaccinationsprogrammet. Vid införande av ett nytt vaccin är det viktigt att genomföra studier som utvärderar vaccinpåverkan och effektivitet för att kunna besluta om rekommendationer för dess framtida användning samt för att tillåta en mer exakt uppskattning av effekterna av gällande vaccinationsstrategier.

Omfattning

Övervakningen består i en frivillig insamling av positiva rotavirusprover från mikrobiologiska laboratorier för molekylär typning på Folkhälsomyndigheten. Prover insamlas året runt och ett urval analyseras i slutet av kalenderåret. Årligen analyseras 100–200 prover. Urvalet görs så att en balanserad fördelning av kön/län/ålder erhålls.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering).

Till toppen | Till översikten

Rubella – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att uppfylla Världshälsoorganisationens (WHO) och Sveriges krav för att verifiera elimineringsstatus av rubella.

Omfattning

Årligen analyseras 1–50 prov.

Metodik

Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG) vilken valideras mot WHO:s regionala Laboratorium. Alla prov som tyder på en pågående rubellainfektion samlas in.

Till toppen | Till översikten

SARS-Cov-2 – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningen har som syfte att öka kunskapen om förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning. Därutöver övervakas befolkningens immunitet mot sjukdomen, exempelvis görs uppföljningar efter covid-19 vaccination.

Omfattning

Under 2021 är målet att arvsmassan från minst 10 procent av prover positiva för SARS-CoV-2 RNA skall kartläggas (helgenomsekvenseras) och omfattar ett slumpvist urval av prov från både sjukhusvårdade covid-19-patienter samt patienter från öppenvården/samhället. Av de prov som sekvenseras bör 5 procent komma från sjukhusvårdade, och övriga 95 procent från öppenvård/samhälle. Vidare samlas prov in vid misstanke om reinfektion, genombrottsinfektion efter vaccination och vid utbrott där man bland annat önskar undersöka SARS-CoV-2 virusvarianter av särskild betydelse. SARS-CoV-2-analyser är inkluderade i den övervakningen som kallas sentinel och som etablerats med syftet att övervaka förekomsten av influensa. SARS-CoV-2 positiva prover från denna övervakning kommer även att sekvenseras med helgenomsekvensering.

Avseende förekomst av SARS-CoV-2 i befolkningen genomförs undersökningar och studier där prover insamlas genom egenprovtagning för påföljande analys med PCR. Dessa undersökningar görs både på nationell och regional nivå.

Avseende förekomst av antikroppar mot SARS-CoV-2 genomförs tvärsnittsundersökningar där cirka 12 000 prover analyseras för närvaro av antikroppar. Proverna härrör från landets regioner och utgörs av prover från blodgivare eller överblivna prover från primärvården. Dessa undersökningar genomförs vid olika tidpunkter för att få en bild av hur förekomsten av antikroppar utvecklas över tid i populationen. Utöver detta sker riktade seroprevalensstudier i delar av befolkningen. I syfte att övervaka effekten av covid-19 vaccin som administreras i befolkningen under 2021 kommer tre mikrobiologiska analyser inkluderas. Dessa inkluderar analys av arvsmassa från SARS-CoV-2 genom helgenomsekvensering, analys av antikroppsvaret efter vaccination och analys av T-cellssvaret efter vaccination.

Metodik

För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. För serologisk analys används flera olika metoder. Bindande SARS-CoV-2 antikroppar och neutraliserande antikroppar kommer att mätas. Analyser av specifika T celler mot olika delar av virus eller vaccin kommer att ske.

Till toppen | Till översikten