Ct 30 eller lägre (tillräckligt höga virusnivåer i provet) krävs normalt för att WGS ska utföras. Använd E-remiss. Det är viktigt att kryssa i frågeställning för sekvensering enligt definitionerna nedan samt att ange relevant tillgänglig klinisk information under ”Övrig information”.

Tabell: Information till remiss för SARS-CoV-2 sekvensering
Frågeställning
(kryssas i på e-remiss)
BeskrivningAnamnes-uppgifter
Anges i "övrig information"
Reinfektion Två prover från samma patient med >3 månader mellan. Insjuknandedatum och symtom samt information om vilka prover som skall analyseras tillsammans.
Utbrottsutredning/ Smittspårning Utredning av möjliga smittsamband. Oftast räcker ett begränsat antal prover från ett utbrott. För utredning av utbrott orsakat av SARS-CoV-2 virusvarianter av särskild betydelse bör typnings-PCR användas. Vid utbrottsanalys med SNP analys (single nucleotide polymorphism), ange information om vilka prover som skall analyseras tillsammans.
Vaccinationsgenombrott Prov från vaccinerad person som insjuknar >21 dagar efter första dosen. Vaccinationsdatum dos 1 resp. 2, samt om möjligt vaccintyp, insjuknandedatum, immunsuppression (ja/nej) och sjukdomsbild (asymtomatiskt/symtomatisk).
Riktad insamling Undersökning av utvalda prover. Ange orsak till riktad insamling.