Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram

De nationella mikrobiella övervakningsprogrammen med karaktärisering av smittämnen på nationell nivå är en viktig del i landets smittskyddsarbete. Programmen syftar till övervakning, utbrotts-, metod- och kvalitetsstöd samt till utvärdering av preventiva insatser som vaccinationer.

Nationella mikrobiella övervakningsprogram

Programmen bygger på ett samarbete mellan de kliniska mikrobiologiska laboratorierna och Folkhälsomyndigheten och kompletterar den epidemiologiska övervakning som sker genom SmiNet och andra icke-mikrobiella övervakningssystem.

Valet av smittämnen och dess omfattning baseras på den aktuella epidemiologiska situationen och prioriteras utifrån relevansen av mikrobiella övervakningsdata och möjligheten att genom preventiva insatser påverka situationen.

Resultaten för respektive program publiceras på Folkhälsomyndighetens webbplats och där så är aktuellt, vid utbrott. Resultat publiceras också i myndighetsgemensamma rapporter som Swedres-Svarm, barnvaccinationsrapporten och zoonosrapporten. Vid behov sker ytterligare rapportering som beror av det aktuella läget kring en smittsam sjukdom eller som riktar sig mot särskilda målgrupper nationellt eller internationellt.

Läs mer

Mer om respektive program: Information om de mikrobiella övervakningsprogrammen
Mer om ytterligare rapportering: Fördjupad information om de mikrobiella övervakningsprogrammen
Utbrott vi särskilt bevakar
Rapporter med statistik för antibiotikaförsäljning och antibiotikaresistens: Swedres-Svarm årsrapporter
Barnvaccinationsprogram – Allmänt program för barn
Zoonosrapport (sva.se)

Översikt på övervakade smittämnen

Mer förklaring till innehållet samt noteringar till tabell 1 finns längre ned på sidan.

Tabell 1. Lista på övervakade smittämnen i Nationella mikrobiella övervakningsprogrammet.
Smittämne	Insamling	Provsvar	Mer om respektive program
Candida auris	Alla isolat (e)	Omgående	Candida auris (svamp)
Cryptosporidium	Urval	Omgående	Cryptosporidium (parasit)
Ehec	Alla isolat (a)	Omgående	Enterohemorragisk E. coli infektion (EHEC) (bakterie)
ESBL-CARBA Enterobacterales	Alla ESBL-CARBA-producerande isolat	Omgående	ESBL-CARBA Enterobacterales (bakterie)
ESBL-CARBA Acinetobacter	Isolat med nedsatt känslighet för meropenem (I och R)	Omgående	ESBL-CARBA Acinetobacter (bakterie)
ESBL-CARBA Pseudomonas	Alla ESBL-CARBA-producerande isolat	Omgående	ESBL-CARBA Pseudomonas (bakterie)
Hepatit A	Prov från samtliga fall	Omgående	Hepatit A (virus)
Hepatit B	Prov från akuta fall	Omgående	Hepatit B (virus)
H. influenzae	Invasiva isolat, barn < 5 år	Ingen bestämd svarstid	H. influenzae (bakterie)
Influensa	Säsong	Omgående	Influensa (virus)
Legionella	Alla odlingspositiva Legionella-arter	Omgående	Legionella spp (bakterie)
L. monocytogenes	Invasiva isolat	Omgående	Listeria monocytogenes (bakterie)
M. tuberculosis	MDR/XDR-Isolat	Omgående	Mycobacterium tuberculosis (multiresistent) (bakterie)
Mpox-virus	Alla positiva prov	Omgående	Mpox-virus (virus)
MRSA	Urval	Omgående	Meticillinresistenta gula stafylokocker (MRSA) (bakterie)
Mässling	Alla prov	Omgående	Mässling (virus)
N. gonorrhoeae	Isolat, ceftriaxon/cefixim MIC>0,125 och/eller azitromycin MIC>256 (b)	Ingen bestämd svarstid	Neisseria gonorrhoeae (bakterie)
N. meningitidis	Prov/isolat från invasiv sjukdom (c)	Omgående	Neisseria meningitidis (bakterie)
Parotit	Alla prov	Omgående	Parotit (virus)
Polio/enterovirus	Alla prov	Omgående	Polio/enterovirus (virus)
Riktad resistensövervakning	Se under rubriken Insamling för riktad resistensövervakning	Omgående	Riktad resistensövervakning (bakterier)
Rotavirus	Urval	En gång per år	Rotavirus (virus)
RSV	Urval, säsong	Ingen bestämd svarstid	RS-virus (virus)
Rubella	Alla prov	En gång per år	Rubella (virus)
S. pneumoniae	Invasiva isolat	Ingen bestämd svarstid	Streptococcus pneumoniae (invasiva) (bakterie)
S. pneumoniae	Isolat, oxacillin 1 µg < 9 mm zon	Ingen bestämd svarstid	Streptococcus pneumoniae (oxacillin 1 µg < 9 mm) (bakterie)
Salmonella spp.	Inhemska isolat (d)	Omgående	Salmonella spp. (bakterie)
SARS-CoV-2 (covid-19)	Urval	Ingen bestämd svarstid	SARS-Cov-2 (virus)
VRE	Alla isolat (d)	Omgående	Vancomycinresistenta enterokocker (VRE) (bakterie)

Noteringar till tabell 1

(a) För HUS-fall skickas feces där EHEC inte varit möjlig att isolera.
(b) Utförs av referenslaboratoriet för bakteriell STI vid Örebro Universitetssjukhus, se Nationella referenslaboratorier för bakteriell STI (Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Treponema pallidum, Haemophilus ducreyi, Ureaplasma urealyticum) (SLIMs webbplats)
(c) Utförs av referenslaboratoriet för patogena Neisseria vid Örebro Universitetssjukhus, se Nationellt referenslaboratorium för neisseria meningitidis (SLIMs webbplats)
(d) Vid större lokala utbrott typas ej alla avgiftsfritt.
(e) Utförs av referenslaboratoriet för svampar vid Karolinska Universitetssjukhuset , se Nationella referenslaboratorier för svampar (SLIMs webbplats)

Insamling av prover

Proven skickas tillsammans med Folkhälsomyndighetens standardremiss eller särskilt utformade följesedlar för de nationella övervakningsprogrammen för C. difficile, H. influenzae S. pneumoniae.

Provsvar

För anmälningspliktiga sjukdomar registreras resultaten i SmiNet, övriga skickas till insändande laboratorium.

SmiNet

Mer om respektive program

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Insamling för riktad resistensövervakning

OBS! För eventuell verifiering av fenotypisk resistens ska isolatet skickas till Klinisk mikrobiologi, Karlskrona.

Isolat som har skickats in under annat insamlingsprogram (till exempel ESBL-CARBA, VRE) ska inte skickas in på nytt, men ange på remissen vilken fenotypisk resistens enligt ovan som isolatet har.

Läs mer: Nationellt referenslaboratorium för antibiotikaresistens (mikrobiologi.org)

Förklaring till noteringar till tabell 2 finns längre ned på sidan.

Tabell 2. Lista på övervakade bakterier och resistenskombinationer som ingår i programmet riktad resistensövervakning.
Bakterier	Antibiotikaresistens	Provsvar
Acinetobacter species	Cefiderocol <17 mm	Omgående
Bakterieart (a)	Mycket ovanlig resistens (a)	Enligt överenskommelse
Enterobacterales	Cefiderocol – R (isolat inom ATU omfattas inte) (b)	Omgående
Enterobacterales	Imipenem-relebaktam – R (c)	Omgående
Enterobacterales	Meropenem-vaborbaktam – R (c)	Omgående
Enterobacterales	Ceftazidim-avibaktam – R (c)	Omgående
Enterobacterales	Kolistin – R (d)	Omgående
Enterococcus faecalis/faecium	Linezolid – R	Omgående
Pseudomonas aeruginosa (e)	Cefiderocol – R (isolat inom ATU omfattas inte) (b)	Omgående
Shigella sonnei	Cefotaxim/ceftazidim - R samt ciprofloxacin - R	Omgående

Noteringar i tabell 2

(a) Övriga mycket ovanliga fenotyper som påvisas vid kliniska mikrobiologiska laboratorier tas emot efter överenskommelse. Kontakt via kundtjänsts telefon 010-205 24 44 till agens-ansvarig mikrobiolog vid Enheten för laborativ bakterieövervakning.

(b) Isolat som med diskdiffusion får ett resultat inom ATU och som inte har konfirmerats omfattas inte av insamlingen. För uppdaterad information om resistensbestämning avseende cefiderocol.

EUCAST warnings concerning antimicrobial susceptibility testing products or procedures (eucast.org)

(c) Undantag för isolat med metallobetalaktamas-produktion som förklaring till resistensen (dessa skickas dock in under ESBL-CARBA).

(d) Undantag för arter med förväntad resistent fenotyp.

(e) Isolat från cystisk fibros-patienter omfattas inte av insamlingen.