Huvudregeln är att miljöbalken och annan lagstiftning ska tillämpas parallellt. Det innebär att miljöbalken och andra lagar kan tillämpas samtidigt på verksamheter och åtgärder. Men ibland anges det uttryckligen att speciallagstiftning ska tillämpas framför miljöbalken, till exempel gäller detta vissa bestämmelser i strålskyddslagen (2018:396). När det gäller frågor som huvudsakligen avser arbetsmiljön och skydd mot ohälsa i arbete gäller bestämmelserna i arbetsmiljölagen (1977:1160) framför miljöbalken.