Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 34 2017 (PDF, 447 kB)

Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 11 2017 (PDF, 478 kB)

Om typningstekniken

Campylobacterisolat typas med helgenomsekvensering, den metod som har den mest detaljerade upplösningen av tillgängliga typningstekniker. I det första steget i analysen definieras och indelas isolaten i så kallade sekvenstyper (ST-typer). Detta är en uppdelning enligt en sedan tidigare internationellt etablerad teknik, multi locus sequence typing (MLST) som är en grövre uppdelning. I den analysen identifieras skillnader i sju gener och utifrån detta erhålls en ST-typ som består av ett löpnummer. Utöver MLST-analys görs även en klusteranalys, en så kallad Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-analys, där man jämför isolatens gemensamma arvsmassa inom ST-grupperna i detalj och identifierar skillnader mellan enskilda nukleotider.

Insamlingsperioder

Vecka 11 är normalt lågsäsong för campylobacterinfektion och den insamlingsperioden avser att spegla den diversitet av typer som finns i Sverige när det normalt också är mycket låg prevalens av campylobacter hos svensk kyckling. Antalet rapporterade sjukdomsfall under vecka 11 2017 låg dock fem gånger högre än normalt, därav är denna vecka inte en genomsnittlig lågsäsongsvariation i Sverige. Rapporten för vecka 11 visar även jämförelse med campylobacterisolat från kycklingkött från en kartläggningsstudie genomförd av Livsmedelsverket vecka 12, 13 och 14. Vecka 34 är normalt högsäsong för campylobacterinfektion hos människa och prevalensen hos kyckling går också upp under sommarmånaderna. Insamlingen vecka 34 2017 avsåg att spegla den genetiska variationen under en vecka under denna högsäsong samt undersöka möjligheterna till att identifiera kluster, där en gemensam smittkälla då kan ses som trolig.

Campylobacter från butik och klinik

Isolaten från övervakningsprogrammet 2017 har ingått i en gemensam rapport från Folkhälsomyndigheten och Livsmedelsverket.

Campylobacter från butik och klinik – jämförelser under och efter utbrottet 2016–2017

Rapporten redovisar resultaten från de mikrobiologiska analyser av campylobacter från patientisolat samt isolat från färskt kycklingkött från butik under och efter det stora campylobacterutbrottet (2016–2017). Syftet med analyserna var att förtydliga orsakerna till utbrottet och även den starka koppling som finns mellan förekomst av campylobacter i kycklingkött och sjukdomsfall hos människor. Resultaten visar att utbrottstammen (ST-918) härrörde från Sveriges största kycklingslakteri. Utbrottsstammen fanns fortfarande kvar ett halvår (augusti 2017) efter det att problem med förorenade transportburar identifierats, den var spridd bland ett flertal gårdar och den orsakade alltjämt betydande sjuklighet i befolkningen.