Campylobacterisolat typas med helgenomsekvensering, den metod som har den mest detaljerade upplösningen av tillgängliga typningstekniker. I det första steget i analysen definieras och indelas isolaten i så kallade sekvenstyper (ST-typer). Detta är en uppdelning enligt en sedan tidigare internationellt etablerad teknik, multi locus sequence typing (MLST) som är en grövre uppdelning. I den analysen identifieras skillnader i sju gener och utifrån detta erhålls en ST-typ som består av ett löpnummer. Utöver MLST-analys görs även en klusteranalys, en så kallad Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-analys, där man jämför isolatens gemensamma arvsmassa inom ST-grupperna i detalj och identifierar skillnader mellan enskilda nukleotider.

Vecka 11 är normalt lågsäsong för campylobacterinfektion och 2017 års insamlingsomgång avsåg att spegla den diversitet av typer som finns i Sverige när det normalt också är mycket låg prevalens av campylobacter hos svensk kyckling. Antalet rapporterade sjukdomsfall under vecka 11 2017 låg dock fem gånger högre än normalt, därav är denna vecka inte en genomsnittlig lågsäsongsvariation i Sverige. Vecka 34 är normalt högsäsong för campylobacterinfektion hos människa och prevalensen hos kyckling går också upp under sommarmånaderna. Den planerade insamlingen för vecka 34 avser därmed spegla en normal högsäsong. Rapporten för vecka 11 visar fördelningen av campylobactertyper från personer smittade i Sverige samt en jämförelse med campylobacterisolat från kycklingkött från en kartläggningsstudie genomförd av Livsmedelsverket vecka 12, 13 och 14.

Epidemiologisk typning av campylobacterisolat insamlade vecka 11 2017 (PDF, 478 kB)